test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.api.analysis.DistanceModelI;
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class ScoreMatrixPrinter
  32 {
  33
  34   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  35   public void setUpJvOptionPane()
  36   {
  37     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  38     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  39   }
  40
  41   @Test(groups = { "Functional" })
  42   public void printAllMatrices()
  43   {
  44     for (DistanceModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
  45     {
  46       System.out.println("Matrix " + sm.getName());
  47       System.out.println(sm.toString());
  48     }
  49   }
  50
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void printHTMLMatrices()
  53   {
  54     for (DistanceModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
  55     {
  56       if (sm instanceof ScoreMatrix)
  57       {
  58         System.out.println("Matrix " + sm.getName());
  59         System.out.println(((ScoreMatrix) sm).outputMatrix(true));
  60       }
  61     }
  62   }
  63
  64 }