test/jalview/structure/AtomSpecTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structure;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertNull;
  25 import static org.testng.Assert.fail;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class AtomSpecTest
  30 {
  31   @Test
  32   public void testFromChimeraAtomSpec()
  33   {
  34     AtomSpec as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec("#1:12.B");
  35     assertEquals(as.getModelNumber(), 1);
  36     assertEquals(as.getPdbResNum(), 12);
  37     assertEquals(as.getChain(), "B");
  38     assertNull(as.getPdbFile());
  39
  40     // no model - default to zero
  41     as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(":13.C");
  42     assertEquals(as.getModelNumber(), 0);
  43     assertEquals(as.getPdbResNum(), 13);
  44     assertEquals(as.getChain(), "C");
  45     assertNull(as.getPdbFile());
  46
  47     // model.submodel
  48     as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec("#3.2:15");
  49     assertEquals(as.getModelNumber(), 3);
  50     assertEquals(as.getPdbResNum(), 15);
  51     assertEquals(as.getChain(), "");
  52     assertNull(as.getPdbFile());
  53
  54     String spec = "3:12.B";
  55     try
  56     {
  57       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  58       fail("Expected exception for " + spec);
  59     } catch (IllegalArgumentException e)
  60     {
  61       // ok
  62     }
  63
  64     spec = "#3:12-14.B";
  65     try
  66     {
  67       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  68       fail("Expected exception for " + spec);
  69     } catch (IllegalArgumentException e)
  70     {
  71       // ok
  72     }
  73
  74     spec = "";
  75     try
  76     {
  77       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  78       fail("Expected exception for " + spec);
  79     } catch (IllegalArgumentException e)
  80     {
  81       // ok
  82     }
  83
  84     spec = null;
  85     try
  86     {
  87       as = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(spec);
  88       fail("Expected exception for " + spec);
  89     } catch (NullPointerException e)
  90     {
  91       // ok
  92     }
  93   }
  94
  95   @Test
  96   public void testFromChimeraXAtomSpec()
  97   {
  98     AtomSpec as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec("#1/B:12");
  99     assertEquals(as.getModelNumber(), 1);
 100     assertEquals(as.getPdbResNum(), 12);
 101     assertEquals(as.getChain(), "B");
 102     assertNull(as.getPdbFile());
 103
 104     // no model - default to zero
 105     as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec("/C:13");
 106     assertEquals(as.getModelNumber(), 0);
 107     assertEquals(as.getPdbResNum(), 13);
 108     assertEquals(as.getChain(), "C");
 109     assertNull(as.getPdbFile());
 110
 111     // model.submodel
 112     as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec("#3.2/:15");
 113     assertEquals(as.getModelNumber(), 3);
 114     assertEquals(as.getPdbResNum(), 15);
 115     assertEquals(as.getChain(), "");
 116     assertNull(as.getPdbFile());
 117
 118     String spec = "3:12.B";
 119     try
 120     {
 121       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 122       fail("Expected exception for " + spec);
 123     } catch (IllegalArgumentException e)
 124     {
 125       // ok
 126     }
 127
 128     spec = "#3:12-14.B";
 129     try
 130     {
 131       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 132       fail("Expected exception for " + spec);
 133     } catch (IllegalArgumentException e)
 134     {
 135       // ok
 136     }
 137
 138     spec = "";
 139     try
 140     {
 141       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 142       fail("Expected exception for " + spec);
 143     } catch (IllegalArgumentException e)
 144     {
 145       // ok
 146     }
 147
 148     spec = null;
 149     try
 150     {
 151       as = AtomSpec.fromChimeraXAtomspec(spec);
 152       fail("Expected exception for " + spec);
 153     } catch (NullPointerException e)
 154     {
 155       // ok
 156     }
 157   }
 158 }