test/jalview/structure/Mapping.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   6 import jalview.datamodel.Annotation;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import org.junit.Test;
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  12 import MCview.PDBfile;
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  14 public class Mapping
  15 {
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  17   @Test
  18   public void testPDBentryMapping() throws Exception
  19   {
  20     Sequence sq = new Sequence(
  21             "1GAQ A subseq 126 to 219",
  22             "EIVKGVCSNFLCDLQPGDNVQITGPVGKEMLMPKDPNATIIMLATGTGIAPFRSFLWKMFFEKHDDYKFNGLGWLFLGVPTSSSLLYKEEFGKM");
  23     Sequence sq1 = new Sequence(sq);
  24     String inFile;
  25     StructureSelectionManager ssm = new jalview.structure.StructureSelectionManager();
  26     // Associate the 1GAQ pdb file with the subsequence 'imported' from another
  27     // source
  28     PDBfile pde = ssm.setMapping(new SequenceI[]
  29     { sq }, new String[]
  30     { "A" }, inFile = "examples/1gaq.txt", jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  31     assertTrue("PDB File couldn't be found", pde != null);
  32     StructureMapping[] mp = ssm.getMapping(inFile);
  33     assertTrue("No mappings made.", mp != null && mp.length > 0);
  34     boolean hasSecStr=false,hasTemp=false;
  35     for (StructureMapping origMap:mp)
  36     {
  37       if (origMap.getSequence()==sq)
  38       {
  39         assertEquals("Mapping was incomplete.", sq.getLength() - 1,
  40                 (origMap.getPDBResNum(sq.getEnd()) - origMap
  41                         .getPDBResNum(sq.getStart())));
  42         // sanity check - if this fails, mapping from first position in sequence
  43         // we want to transfer to is not where we expect
  44         assertEquals(1, origMap.getSeqPos(126));
  45         SequenceI firstChain = pde.getSeqs().get(0);
  46         // Compare the annotated positions on the PDB chain sequence with the
  47         // annotation on the associated sequence
  48         for (AlignmentAnnotation alan : firstChain.getAnnotation())
  49         {
  50           AlignmentAnnotation transfer = origMap.transfer(alan);
  51           System.out.println("pdb:" + firstChain.getSequenceAsString());
  52           System.out.println("ann:" + alan.toString());
  53           System.out.println("pdb:" + sq.getSequenceAsString());
  54           System.out.println("ann:" + transfer.toString());
  55
  56           for (int p = 0, pSize = firstChain.getLength() - 1; p < pSize; p++)
  57           {
  58             // walk along the pdb chain's jalview sequence
  59             int rseqpos;
  60             int fpos = origMap.getSeqPos(rseqpos = firstChain
  61                     .findPosition(p));
  62             // only look at positions where there is a corresponding position in
  63             // mapping
  64             if (fpos < 1)
  65             {
  66               continue;
  67             }
  68             // p is index into PDB residue entries
  69             // rseqpos is pdb sequence position for position p
  70             // fpos is sequence position for associated position for rseqpos
  71             int tanpos = sq.findIndex(fpos);
  72             if (transfer.annotations.length <= tanpos)
  73             {
  74               // gone beyond mapping to the sequence
  75               break;
  76             }
  77             Annotation a = transfer.annotations[sq.findIndex(fpos)], b = alan.annotations[p];
  78             assertEquals("Non-equivalent annotation element at " + p + "("
  79                     + rseqpos + ")"
  80                             + " expected at " + fpos + " (alIndex "
  81                             + sq.findIndex(fpos) + ")",
  82                     a == null ? a : a.toString(),
  83                     b == null ? b : b.toString());
  84             System.out.print("(" + a + "|" + b + ")");
  85           }
  86
  87         }
  88       }
  89     }
  90     hasSecStr = false;
  91     hasTemp = false;
  92     // test for presence of transferred annotation on sequence
  93     for (AlignmentAnnotation alan : sq.getAnnotation())
  94     {
  95       if (alan.hasIcons)
  96       {
  97         hasSecStr = true;
  98       }
  99       if (alan.graph == alan.LINE_GRAPH)
 100       {
 101         hasTemp = true;
 102       }
 103     }
 104     assertTrue("No secondary structure transferred to associated sequence.",hasSecStr);
 105     assertTrue("No temperature factor transferred to associated sequence.",hasTemp);
 106   }
 107
 108 }