test/jalview/structure/StructureMappingTest.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Mapping;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10 import jalview.util.MapList;
  11
  12 import java.util.HashMap;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class StructureMappingTest
  18 {
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testGetPDBResNumRanges()
  21   {
  22     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
  23
  24     StructureMapping mapping = new StructureMapping(null, null, null, null,
  25             map, null);
  26
  27     List<int[]> ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  28     assertTrue(ranges.isEmpty());
  29
  30     map.put(1, new int[] { 12, 20 }); // 1 maps to 12
  31     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(2, 3);
  32     assertTrue(ranges.isEmpty());
  33     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  34     assertEquals(ranges.size(), 1);
  35     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  36     assertEquals(ranges.get(0)[1], 12);
  37
  38     map.put(2, new int[] { 13, 20 }); // 2 maps to 13
  39     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 2);
  40     assertEquals(ranges.size(), 1);
  41     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  42     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
  43
  44     map.put(3, new int[] { 15, 20 }); // 3 maps to 15 - break
  45     ranges = mapping.getPDBResNumRanges(1, 5);
  46     assertEquals(ranges.size(), 2);
  47     assertEquals(ranges.get(0)[0], 12);
  48     assertEquals(ranges.get(0)[1], 13);
  49     assertEquals(ranges.get(1)[0], 15);
  50     assertEquals(ranges.get(1)[1], 15);
  51   }
  52
  53   @Test(groups = "Functional")
  54   public void testEquals()
  55   {
  56     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "ABCDE");
  57     SequenceI seq2 = new Sequence("seq1", "ABCDE");
  58     String pdbFile = "a/b/file1.pdb";
  59     String pdbId = "1a70";
  60     String chain = "A";
  61     String mappingDetails = "these are the mapping details, honest";
  62     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
  63
  64     Mapping seqToPdbMapping = new Mapping(seq1,
  65             new MapList(new int[]
  66             { 1, 5 }, new int[] { 2, 6 }, 1, 1));
  67     StructureMapping sm1 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain,
  68             map, mappingDetails, seqToPdbMapping);
  69     assertFalse(sm1.equals(null));
  70     assertFalse(sm1.equals("x"));
  71
  72     StructureMapping sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain,
  73             map, mappingDetails, seqToPdbMapping);
  74     assertTrue(sm1.equals(sm2));
  75     assertTrue(sm2.equals(sm1));
  76     assertEquals(sm1.hashCode(), sm2.hashCode());
  77
  78     // with different sequence
  79     sm2 = new StructureMapping(seq2, pdbFile, pdbId, chain, map,
  80             mappingDetails, seqToPdbMapping);
  81     assertFalse(sm1.equals(sm2));
  82     assertFalse(sm2.equals(sm1));
  83
  84     // with different file
  85     sm2 = new StructureMapping(seq1, "a/b/file2.pdb", pdbId, chain, map,
  86             mappingDetails, seqToPdbMapping);
  87     assertFalse(sm1.equals(sm2));
  88     assertFalse(sm2.equals(sm1));
  89
  90     // with different pdbid (case sensitive)
  91     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, "1A70", chain, map,
  92             mappingDetails, seqToPdbMapping);
  93     assertFalse(sm1.equals(sm2));
  94     assertFalse(sm2.equals(sm1));
  95
  96     // with different chain
  97     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, "B", map,
  98             mappingDetails, seqToPdbMapping);
  99     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 100     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 101
 102     // map is ignore for this test
 103     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain, null,
 104             mappingDetails, seqToPdbMapping);
 105     assertTrue(sm1.equals(sm2));
 106     assertTrue(sm2.equals(sm1));
 107
 108     // with different mapping details
 109     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain, map,
 110             "different details!", seqToPdbMapping);
 111     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 112     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 113
 114     // with different seq to pdb mapping
 115     Mapping map2 = new Mapping(seq1,
 116             new MapList(new int[]
 117             { 1, 5 }, new int[] { 3, 7 }, 1, 1));
 118     sm2 = new StructureMapping(seq1, pdbFile, pdbId, chain, map,
 119             mappingDetails, map2);
 120     assertFalse(sm1.equals(sm2));
 121     assertFalse(sm2.equals(sm1));
 122   }
 123 }