test/jalview/structures/models/AAStructureBindingModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structures.models;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.api.SequenceRenderer;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  35 import jalview.datamodel.Sequence;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.gui.JvOptionPane;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormats;
  40 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  41 import jalview.structure.AtomSpec;
  42 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  43 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  44 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.SuperposeData;
  45
  46 import java.awt.Color;
  47 import java.io.IOException;
  48 import java.util.Arrays;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.List;
  51
  52 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  53 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  54 import org.testng.annotations.Test;
  55
  56 /**
  57  * Unit tests for non-abstract methods of abstract base class
  58  *
  59  * @author gmcarstairs
  60  *
  61  */
  62 public class AAStructureBindingModelTest
  63 {
  64
  65   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  66   public void setUpJvOptionPane()
  67   {
  68     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  69     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  70   }
  71
  72   /*
  73    * Scenario: Jalview has 4 sequences, corresponding to 1YCS (chains A and B), 3A6S|B, 1OOT|A
  74    */
  75   private static final String PDB_1 = "HEADER    COMPLEX (ANTI-ONCOGENE/ANKYRIN REPEATS) 30-SEP-96   1YCS              \n"
  76           + "ATOM      2  CA  VAL A  97      24.134   4.926  45.821  1.00 47.43           C  \n"
  77           + "ATOM      9  CA  PRO A  98      25.135   8.584  46.217  1.00 41.60           C  \n"
  78           + "ATOM     16  CA  SER A  99      28.243   9.596  44.271  1.00 39.63           C  \n"
  79           + "ATOM     22  CA  GLN A 100      31.488  10.133  46.156  1.00 35.60           C  \n"
  80           // artificial jump in residue numbering to prove it is correctly
  81           // mapped:
  82           + "ATOM     31  CA  LYS A 102      33.323  11.587  43.115  1.00 41.69           C  \n"
  83           + "ATOM   1857  CA  GLU B 374       9.193 -16.005  95.870  1.00 54.22           C  \n"
  84           + "ATOM   1866  CA  ILE B 375       7.101 -14.921  92.847  1.00 46.82           C  \n"
  85           + "ATOM   1874  CA  VAL B 376      10.251 -13.625  91.155  1.00 47.80           C  \n"
  86           + "ATOM   1881  CA  LYS B 377      11.767 -17.068  91.763  1.00 50.21           C  \n"
  87           + "ATOM   1890  CA  PHE B 378       8.665 -18.948  90.632  1.00 44.85           C  \n";
  88
  89   private static final String PDB_2 = "HEADER    HYDROLASE                               09-SEP-09   3A6S              \n"
  90           + "ATOM      2  CA  MET B   1      15.366 -11.648  24.854  1.00 32.05           C  \n"
  91           + "ATOM     10  CA  LYS B   2      16.846  -9.215  22.340  1.00 25.68           C  \n"
  92           + "ATOM     19  CA  LYS B   3      15.412  -6.335  20.343  1.00 19.42           C  \n"
  93           + "ATOM     28  CA  LEU B   4      15.629  -5.719  16.616  1.00 15.49           C  \n"
  94           + "ATOM     36  CA  GLN B   5      14.412  -2.295  15.567  1.00 12.19           C  \n";
  95
  96   private static final String PDB_3 = "HEADER    STRUCTURAL GENOMICS                     04-MAR-03   1OOT              \n"
  97           + "ATOM      2  CA  SER A   7      29.427   3.330  -6.578  1.00 32.50           C  \n"
  98           + "ATOM      8  CA  PRO A   8      29.975   3.340  -2.797  1.00 17.62           C  \n"
  99           + "ATOM     16  CA ALYS A   9      26.958   3.024  -0.410  0.50  8.78           C  \n"
 100           + "ATOM     33  CA  ALA A  10      26.790   4.320   3.172  1.00 11.98           C  \n"
 101           + "ATOM     39  CA AVAL A  12      24.424   3.853   6.106  0.50 13.83           C  \n";
 102
 103   /**
 104    * Multichain PDB with identical sequences imported - Binding should correctly
 105    * recover chain mappings for each derived sequence
 106    */
 107   private static final String PDB_4_MC = "HEADER    HYDROLASE                               09-SEP-09   3A6S              \n"
 108           + "ATOM      2  CA  MET A   1      15.366 -11.648  24.854  1.00 32.05           C  \n"
 109           + "ATOM     10  CA  LYS A   2      16.846  -9.215  22.340  1.00 25.68           C  \n"
 110           + "ATOM     19  CA  LYS A   3      15.412  -6.335  20.343  1.00 19.42           C  \n"
 111           + "ATOM     28  CA  LEU A   4      15.629  -5.719  16.616  1.00 15.49           C  \n"
 112           + "ATOM     36  CA  GLN A   5      14.412  -2.295  15.567  1.00 12.19           C  \n"
 113           + "ATOM   1030  CA  MET B   1      18.869  -7.572   3.432  1.00 31.52           C  \n"
 114           + "ATOM   1038  CA  LYS B   2      19.182 -10.025   6.313  1.00 26.41           C  \n"
 115           + "ATOM   1047  CA  LYS B   3      17.107 -12.963   7.534  1.00 19.71           C  \n"
 116           + "ATOM   1056  CA  LEU B   4      16.142 -13.579  11.164  1.00 14.81           C  \n"
 117           + "ATOM   1064  CA  GLN B   5      14.648 -17.005  11.785  1.00 13.38           C  \n";
 118
 119   // TODO: JAL-2227 - import mmCIF PISA assembly & identify master/copy chains
 120
 121   @Test(groups= {"Functional"})
 122   public void testImportPDBPreservesChainMappings() throws IOException
 123   {
 124     AlignmentI importedAl = new jalview.io.FormatAdapter().readFile(
 125             PDB_4_MC, DataSourceType.PASTE, FileFormats.getInstance()
 126                     .forName(jalview.io.FileFormat.PDB.toString()));
 127     // ideally, we would match on the actual data for the 'File' handle for
 128     // pasted files,
 129     // see JAL-623 - pasting is still not correctly handled...
 130     PDBEntry importedPDB = new PDBEntry("3A6S", "", Type.PDB,
 131             "Paste");
 132     AAStructureBindingModel binder = new AAStructureBindingModel(
 133             StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(null),
 134             new PDBEntry[]
 135             { importedPDB },
 136             new SequenceI[][]
 137             { importedAl.getSequencesArray() }, null)
 138     {
 139
 140       @Override
 141       public void updateColours(Object source)
 142       {
 143         // TODO Auto-generated method stub
 144
 145       }
 146
 147       @Override
 148       public void releaseReferences(Object svl)
 149       {
 150         // TODO Auto-generated method stub
 151
 152       }
 153
 154       @Override
 155       public String[] getStructureFiles()
 156       {
 157         // TODO Auto-generated method stub
 158         return null;
 159       }
 160
 161       @Override
 162       public String superposeStructures(AlignmentI[] alignments,
 163               int[] structureIndices, HiddenColumns[] hiddenCols)
 164       {
 165         // TODO Auto-generated method stub
 166         return null;
 167       }
 168
 169       @Override
 170       public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 171       {
 172         // TODO Auto-generated method stub
 173
 174       }
 175
 176       @Override
 177       public void setBackgroundColour(Color col)
 178       {
 179         // TODO Auto-generated method stub
 180
 181       }
 182
 183       @Override
 184       public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 185       {
 186         // TODO Auto-generated method stub
 187
 188       }
 189
 190       @Override
 191       public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
 192       {
 193         // TODO Auto-generated method stub
 194         return null;
 195       }
 196
 197       @Override
 198       public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
 199       {
 200         // TODO Auto-generated method stub
 201         return null;
 202       }
 203
 204       @Override
 205       protected StructureMappingcommandSet[] getColourBySequenceCommands(
 206               String[] files, SequenceRenderer sr, AlignmentViewPanel avp)
 207       {
 208         // TODO Auto-generated method stub
 209         return null;
 210       }
 211
 212       @Override
 213       public List<String> getChainNames()
 214       {
 215         // TODO Auto-generated method stub
 216         return null;
 217       }
 218
 219       @Override
 220       protected void colourBySequence(
 221               StructureMappingcommandSet[] colourBySequenceCommands)
 222       {
 223         // TODO Auto-generated method stub
 224
 225       }
 226
 227       @Override
 228       public void colourByCharge()
 229       {
 230         // TODO Auto-generated method stub
 231
 232       }
 233
 234       @Override
 235       public void colourByChain()
 236       {
 237         // TODO Auto-generated method stub
 238
 239       }
 240     };
 241     String[][] chains = binder.getChains();
 242     assertFalse(chains == null || chains[0] == null,
 243             "No chains discovered by binding");
 244     assertEquals(2, chains[0].length);
 245     assertEquals("A", chains[0][0]);
 246     assertEquals("B", chains[0][1]);
 247   }
 248   AAStructureBindingModel testee;
 249
 250   AlignmentI al = null;
 251
 252   /**
 253    * Set up test conditions with three aligned sequences,
 254    */
 255   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 256   public void setUp()
 257   {
 258     SequenceI seq1a = new Sequence("1YCS|A", "-VPSQK");
 259     SequenceI seq1b = new Sequence("1YCS|B", "EIVKF-");
 260     SequenceI seq2 = new Sequence("3A6S", "MK-KLQ");
 261     SequenceI seq3 = new Sequence("1OOT", "SPK-AV");
 262     al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1a, seq1b, seq2, seq3 });
 263     al.setDataset(null);
 264
 265     /*
 266      * give pdb files the name generated by Jalview for PASTE source
 267      */
 268     PDBEntry[] pdbFiles = new PDBEntry[3];
 269     pdbFiles[0] = new PDBEntry("1YCS", "A", Type.PDB, "INLINE1YCS");
 270     pdbFiles[1] = new PDBEntry("3A6S", "B", Type.PDB, "INLINE3A6S");
 271     pdbFiles[2] = new PDBEntry("1OOT", "A", Type.PDB, "INLINE1OOT");
 272     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[3][];
 273     seqs[0] = new SequenceI[] { seq1a, seq1b };
 274     seqs[1] = new SequenceI[] { seq2 };
 275     seqs[2] = new SequenceI[] { seq3 };
 276     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 277             .getStructureSelectionManager(null);
 278
 279     ssm.setMapping(new SequenceI[] { seq1a, seq1b }, null, PDB_1,
 280             DataSourceType.PASTE, null);
 281     ssm.setMapping(new SequenceI[] { seq2 }, null, PDB_2,
 282             DataSourceType.PASTE, null);
 283     ssm.setMapping(new SequenceI[] { seq3 }, null, PDB_3,
 284             DataSourceType.PASTE, null);
 285
 286     testee = new AAStructureBindingModel(ssm, pdbFiles, seqs, null)
 287     {
 288       @Override
 289       public String[] getStructureFiles()
 290       {
 291         return new String[] { "INLINE1YCS", "INLINE3A6S", "INLINE1OOT" };
 292       }
 293
 294       @Override
 295       public void updateColours(Object source)
 296       {
 297       }
 298
 299       @Override
 300       public void releaseReferences(Object svl)
 301       {
 302       }
 303
 304       @Override
 305       public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 306       {
 307       }
 308
 309       @Override
 310       public List<String> getChainNames()
 311       {
 312         return null;
 313       }
 314
 315       @Override
 316       public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 317       {
 318       }
 319
 320       @Override
 321       public String superposeStructures(AlignmentI[] als, int[] alm,
 322               HiddenColumns[] alc)
 323       {
 324         return null;
 325       }
 326
 327       @Override
 328       public void setBackgroundColour(Color col)
 329       {
 330       }
 331
 332       @Override
 333       protected StructureMappingcommandSet[] getColourBySequenceCommands(
 334               String[] files, SequenceRenderer sr, AlignmentViewPanel avp)
 335       {
 336         return null;
 337       }
 338
 339       @Override
 340       public SequenceRenderer getSequenceRenderer(
 341               AlignmentViewPanel alignment)
 342       {
 343         return null;
 344       }
 345
 346       @Override
 347       protected void colourBySequence(
 348               StructureMappingcommandSet[] colourBySequenceCommands)
 349       {
 350       }
 351
 352       @Override
 353       public void colourByChain()
 354       {
 355       }
 356
 357       @Override
 358       public void colourByCharge()
 359       {
 360       }
 361
 362       @Override
 363       public FeatureRenderer getFeatureRenderer(
 364               AlignmentViewPanel alignment)
 365       {
 366         return null;
 367       }
 368     };
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Verify that the method determines that columns 2, 5 and 6 of the alignment
 373    * are alignable in structure
 374    */
 375   @Test(groups = { "Functional" })
 376   public void testFindSuperposableResidues()
 377   {
 378     /*
 379      * create a data bean to hold data per structure file
 380      */
 381     SuperposeData[] structs = new SuperposeData[testee.getStructureFiles().length];
 382     for (int i = 0; i < structs.length; i++)
 383     {
 384       structs[i] = testee.new SuperposeData(al.getWidth());
 385     }
 386     /*
 387      * initialise BitSet of 'superposable columns' to true (would be false for
 388      * hidden columns)
 389      */
 390     BitSet matched = new BitSet();
 391     for (int i = 0; i < al.getWidth(); i++)
 392     {
 393       matched.set(i);
 394     }
 395
 396     int refStructure = testee
 397             .findSuperposableResidues(al, matched, structs);
 398
 399     assertEquals(0, refStructure);
 400
 401     /*
 402      * only ungapped, structure-mapped columns are superposable
 403      */
 404     assertFalse(matched.get(0)); // gap in first sequence
 405     assertTrue(matched.get(1));
 406     assertFalse(matched.get(2)); // gap in third sequence
 407     assertFalse(matched.get(3)); // gap in fourth sequence
 408     assertTrue(matched.get(4));
 409     assertTrue(matched.get(5)); // gap in second sequence
 410
 411     assertEquals("1YCS", structs[0].pdbId);
 412     assertEquals("3A6S", structs[1].pdbId);
 413     assertEquals("1OOT", structs[2].pdbId);
 414     assertEquals("A", structs[0].chain); // ? struct has chains A _and_ B
 415     assertEquals("B", structs[1].chain);
 416     assertEquals("A", structs[2].chain);
 417     // the 0's for unsuperposable positions propagate down the columns:
 418     assertEquals("[0, 97, 98, 99, 100, 102]",
 419             Arrays.toString(structs[0].pdbResNo));
 420     assertEquals("[0, 2, 0, 3, 4, 5]", Arrays.toString(structs[1].pdbResNo));
 421     assertEquals("[0, 8, 0, 0, 10, 12]",
 422             Arrays.toString(structs[2].pdbResNo));
 423   }
 424
 425   @Test(groups = { "Functional" })
 426   public void testFindSuperposableResidues_hiddenColumn()
 427   {
 428     SuperposeData[] structs = new SuperposeData[al.getHeight()];
 429     for (int i = 0; i < structs.length; i++)
 430     {
 431       structs[i] = testee.new SuperposeData(al.getWidth());
 432     }
 433     /*
 434      * initialise BitSet of 'superposable columns' to true (would be false for
 435      * hidden columns)
 436      */
 437     BitSet matched = new BitSet();
 438     for (int i = 0; i < al.getWidth(); i++)
 439     {
 440       matched.set(i);
 441     }
 442
 443     // treat column 5 of the alignment as hidden
 444     matched.clear(4);
 445
 446     int refStructure = testee
 447             .findSuperposableResidues(al, matched, structs);
 448
 449     assertEquals(0, refStructure);
 450
 451     // only ungapped, structure-mapped columns are not superposable
 452     assertFalse(matched.get(0));
 453     assertTrue(matched.get(1));
 454     assertFalse(matched.get(2));
 455     assertFalse(matched.get(3));
 456     assertFalse(matched.get(4)); // superposable, but hidden, column
 457     assertTrue(matched.get(5));
 458   }
 459 }