test/jalview/util/DBRefUtilsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.Mapping;
  31 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.gui.JvOptionPane;
  35
  36 import java.util.List;
  37
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 public class DBRefUtilsTest
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Test the method that selects DBRefEntry items whose source is in a supplied
  53    * list
  54    */
  55   @Test(groups = { "Functional" })
  56   public void testSelectRefs()
  57   {
  58     assertNull(DBRefUtils.selectRefs(null, null));
  59     assertNull(DBRefUtils.selectRefs(null, DBRefSource.CODINGDBS));
  60
  61     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1.2", "A12345");
  62     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1.2", "A12346");
  63     // Source is converted to upper-case by this constructor!
  64     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("Uniprot", "1.2", "A12347");
  65     DBRefEntry[] dbrefs = new DBRefEntry[] { ref1, ref2, ref3 };
  66     String[] sources = new String[] { "EMBL", "UNIPROT" };
  67
  68     DBRefEntry[] selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  69     assertEquals(3, selected.length);
  70     assertSame(ref1, selected[0]);
  71     assertSame(ref2, selected[1]);
  72     assertSame(ref3, selected[2]);
  73
  74     sources = new String[] { "EMBL" };
  75     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  76     assertEquals(1, selected.length);
  77     assertSame(ref1, selected[0]);
  78
  79     sources = new String[] { "UNIPROT" };
  80     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  81     assertEquals(2, selected.length);
  82     assertSame(ref2, selected[0]);
  83     assertSame(ref3, selected[1]);
  84
  85     sources = new String[] { "EMBLCDS" };
  86     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  87     assertNull(selected);
  88
  89     sources = new String[] { "embl", "uniprot" };
  90     selected = DBRefUtils.selectRefs(dbrefs, sources);
  91     assertEquals(3, selected.length);
  92     assertSame(ref1, selected[0]);
  93     assertSame(ref2, selected[1]);
  94     assertSame(ref3, selected[2]);
  95   }
  96
  97   /**
  98    * Test the method that converts (currently three) database names to a
  99    * canonical name (not case-sensitive)
 100    */
 101   @Test(groups = { "Functional" })
 102   public void testGetCanonicalName()
 103   {
 104     assertNull(DBRefUtils.getCanonicalName(null));
 105     assertEquals("", DBRefUtils.getCanonicalName(""));
 106     assertEquals("PDB", DBRefUtils.getCanonicalName("pdb"));
 107     assertEquals("PDB", DBRefUtils.getCanonicalName("Pdb"));
 108     assertEquals("UNIPROT",
 109             DBRefUtils.getCanonicalName("uniprotkb/swiss-prot"));
 110     assertEquals("UNIPROT", DBRefUtils.getCanonicalName("uniprotkb/trembl"));
 111     assertEquals("UNIPROT",
 112             DBRefUtils.getCanonicalName("UNIPROTKB/SWISS-PROT"));
 113     assertEquals("UNIPROT", DBRefUtils.getCanonicalName("UNIPROTKB/TREMBL"));
 114     assertEquals("UNIPROTKB/SWISS-CHEESE",
 115             DBRefUtils.getCanonicalName("UNIPROTKB/SWISS-CHEESE"));
 116     assertEquals("ENSEMBL", DBRefUtils.getCanonicalName("Ensembl"));
 117
 118     // these are not 'known' to Jalview
 119     assertEquals("PFAM", DBRefUtils.getCanonicalName("PFAM"));
 120     assertEquals("pfam", DBRefUtils.getCanonicalName("pfam"));
 121
 122   }
 123   /**
 124    * Test 'parsing' a DBRef - non PDB case
 125    */
 126   @Test(groups = { "Functional" })
 127   public void testParseToDbRef()
 128   {
 129     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "ABCD");
 130     DBRefEntry ref = DBRefUtils.parseToDbRef(seq, "EMBL", "1.2", "a7890");
 131     DBRefEntry[] refs = seq.getDBRefs();
 132     assertEquals(1, refs.length);
 133     assertSame(ref, refs[0]);
 134     assertEquals("EMBL", ref.getSource());
 135     assertEquals("1.2", ref.getVersion());
 136     assertEquals("a7890", ref.getAccessionId());
 137     assertTrue(seq.getAllPDBEntries().isEmpty());
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Test 'parsing' a DBRef - Stockholm PDB format
 142    */
 143   @Test(groups = { "Functional" })
 144   public void testParseToDbRef_PDB()
 145   {
 146     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "ABCD");
 147     DBRefEntry ref = DBRefUtils.parseToDbRef(seq, "pdb", "1.2",
 148             "1WRI A; 7-80;");
 149     // TODO: correct PDBEntry and PDB DBRef accessions need to be generated for
 150     // PDB ref in Stockholm
 151
 152     DBRefEntry[] refs = seq.getDBRefs();
 153     assertEquals(1, refs.length);
 154     assertSame(ref, refs[0]);
 155     assertEquals("PDB", ref.getSource());
 156     assertEquals("1.2", ref.getVersion());
 157     // DBRef id is pdbId + chain code
 158     assertEquals("1WRIA", ref.getAccessionId());
 159     assertEquals(1, seq.getAllPDBEntries().size());
 160     PDBEntry pdbRef = seq.getAllPDBEntries().get(0);
 161     assertEquals("1WRI", pdbRef.getId());
 162     assertNull(pdbRef.getFile());
 163     assertEquals("A", pdbRef.getChainCode());
 164     assertEquals("PDB", pdbRef.getType());
 165   }
 166
 167   /**
 168    * Test the method that searches for matches references - case when we are
 169    * matching a reference with no mappings
 170    */
 171   @Test(groups = { "Functional" })
 172   public void testSearchRefs_noMapping()
 173   {
 174     DBRefEntry target = new DBRefEntry("EMBL", "2", "A1234");
 175
 176     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // matches
 177     // constructor changes embl to EMBL
 178     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("embl", "1", "A1234"); // matches
 179     // constructor does not upper-case accession id
 180     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "a1234"); // no match
 181     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "1", "A1234"); // no match
 182     // ref5 matches although it has a mapping - ignored
 183     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234");
 184     ref5.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 }, new int[] { 1,
 185         1 }, 1, 1)));
 186
 187     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(new DBRefEntry[] {
 188         ref1, ref2, ref3, ref4, ref5 }, target);
 189     assertEquals(3, matches.size());
 190     assertSame(ref1, matches.get(0));
 191     assertSame(ref2, matches.get(1));
 192     assertSame(ref5, matches.get(2));
 193   }
 194
 195   /**
 196    * Test the method that searches for matches references - case when we are
 197    * matching a reference with a mapping
 198    */
 199   @Test(groups = { "Functional" })
 200   public void testSearchRefs_withMapping()
 201   {
 202     DBRefEntry target = new DBRefEntry("EMBL", "2", "A1234");
 203     final Mapping map1 = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 },
 204             new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
 205     target.setMap(map1);
 206
 207     // these all match target iff mappings match
 208     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // no map: matches
 209     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // =map: matches
 210     final Mapping map2 = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 },
 211             new int[] { 1, 1 }, 1, 1));
 212     ref2.setMap(map2);
 213
 214     // different map: no match
 215     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234");
 216     final Mapping map3 = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 },
 217             new int[] { 1, 1 }, 2, 2));
 218     ref3.setMap(map3);
 219
 220     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(new DBRefEntry[] {
 221         ref1, ref2, ref3 }, target);
 222     assertEquals(2, matches.size());
 223     assertSame(ref1, matches.get(0));
 224     assertSame(ref2, matches.get(1));
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Test the method that searches for matching references based on accession id
 229    * only
 230    */
 231   @Test(groups = { "Functional" })
 232   public void testSearchRefs_accessionid()
 233   {
 234
 235     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "A1234"); // matches
 236     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("embl", "1", "A1234"); // matches
 237     // constructor does not upper-case accession id
 238     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "a1234"); // no match
 239     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "1", "A1235"); // no match
 240     // ref5 matches although it has a mapping - ignored
 241     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234");
 242     ref5.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 }, new int[] { 1,
 243         1 }, 1, 1)));
 244
 245     DBRefEntry[] dbrefs = new DBRefEntry[] { ref1, ref2, ref3, ref4, ref5 };
 246     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(dbrefs, "A1234");
 247     assertEquals(3, matches.size());
 248     assertSame(ref1, matches.get(0));
 249     assertSame(ref2, matches.get(1));
 250     assertSame(ref5, matches.get(2));
 251   }
 252
 253   /**
 254    * Test the method that searches for matches references - case when we are
 255    * matching a reference with null (any) accession id
 256    */
 257   @Test(groups = { "Functional" })
 258   public void testSearchRefs_wildcardAccessionid()
 259   {
 260     DBRefEntry target = new DBRefEntry("EMBL", "2", null);
 261
 262     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1234"); // matches
 263     // constructor changes embl to EMBL
 264     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("embl", "1", "A1235"); // matches
 265     // constructor does not upper-case accession id
 266     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1236"); // matches
 267     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "1", "A1234"); // no match
 268     // ref5 matches although it has a mapping - ignored
 269     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("EMBL", "1", "A1237");
 270     ref5.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 1 }, new int[] { 1,
 271         1 }, 1, 1)));
 272
 273     List<DBRefEntry> matches = DBRefUtils.searchRefs(new DBRefEntry[] {
 274         ref1, ref2, ref3, ref4, ref5 }, target);
 275     assertEquals(4, matches.size());
 276     assertSame(ref1, matches.get(0));
 277     assertSame(ref2, matches.get(1));
 278     assertSame(ref3, matches.get(2));
 279     assertSame(ref5, matches.get(3));
 280   }
 281 }