test/jalview/util/ShiftListTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8
   9 public class ShiftListTest
  10 {
  11
  12   @Test
  13   public void testParseMap()
  14   {
  15     assertNull(ShiftList.parseMap(null));
  16     assertNull(ShiftList.parseMap(new int[]
  17     {}));
  18
  19     /*
  20      * Gap map showing residues in aligned positions 2,3,6,8,9,10,12
  21      */
  22     int[] gm = new int[]
  23     { 2, 3, 6, 8, 9, 10, 12 };
  24     List<int[]> shifts = ShiftList.parseMap(gm).getShifts();
  25     assertEquals(4, shifts.size());
  26
  27     // TODO are these results (which pass) correct??
  28     assertEquals("[0, 2]", Arrays.toString(shifts.get(0)));
  29     assertEquals("[4, 2]", Arrays.toString(shifts.get(1)));
  30     assertEquals("[7, 1]", Arrays.toString(shifts.get(2)));
  31     assertEquals("[11, 1]", Arrays.toString(shifts.get(3)));
  32   }
  33 }