test/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSourceTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import java.io.ByteArrayInputStream;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.Arrays;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  38 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  39 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.util.MapList;
  42 import jalview.xml.binding.embl.EntryType;
  43 import jalview.xml.binding.embl.EntryType.Feature;
  44 import jalview.xml.binding.embl.EntryType.Feature.Qualifier;
  45 import jalview.xml.binding.embl.XrefType;
  46
  47 public class EmblXmlSourceTest
  48 {
  49
  50   // adapted from http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/X07547&display=xml
  51   // dna and translations truncated for convenience
  52   static final String TESTDATA = "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\" ?>"
  53           + "<ROOT>"
  54           + "<entry accession=\"X07547\" version=\"1\" entryVersion=\"8\""
  55           + " dataClass=\"STD\" taxonomicDivision=\"PRO\""
  56           + " moleculeType=\"genomic DNA\" sequenceLength=\"7499\" topology=\"linear\""
  57           + " firstPublic=\"1988-11-10\" firstPublicRelease=\"18\""
  58           + " lastUpdated=\"1999-02-10\" lastUpdatedRelease=\"58\">"
  59           + "<secondaryAccession>X07574</secondaryAccession>"
  60           + "<description>C. trachomatis plasmid</description>"
  61           + "<keyword>plasmid</keyword><keyword>unidentified reading frame</keyword>"
  62           + "<xref db=\"EuropePMC\" id=\"PMC107176\" secondaryId=\"9573186\" />"
  63           + "<xref db=\"MD5\" id=\"ac73317\" />"
  64           /*
  65            * first CDS (range and translation changed to keep test data manageable)
  66            */
  67           + "<feature name=\"CDS\" location=\"complement(46..57)\">"
  68           // test the case of >1 cross-ref to the same database (JAL-2029)
  69           + "<xref db=\"UniProtKB/Swiss-Prot\" id=\"B0BCM4\" secondaryId=\"2.1\" />"
  70           + "<xref db=\"UniProtKB/Swiss-Prot\" id=\"P0CE20\" />"
  71           + "<qualifier name=\"note\"><value>ORF 8 (AA 1-330)</value></qualifier>"
  72           + "<qualifier name=\"protein_id\"><value>CAA30420.1</value></qualifier>"
  73           + "<qualifier name=\"translation\"><value>MLCF</value></qualifier>"
  74           + "</feature>"
  75           /*
  76            * second CDS (range and translation changed to keep test data manageable)
  77            */
  78           + "<feature name=\"CDS\" location=\"4..15\">"
  79           + "<xref db=\"UniProtKB/Swiss-Prot\" id=\"B0BCM3\" />"
  80           + "<qualifier name=\"protein_id\"><value>CAA30421.1</value></qualifier>"
  81           + "<qualifier name=\"translation\"><value>MSSS</value></qualifier>"
  82           + "</feature>"
  83           /*
  84            * third CDS is made up - has no xref - code should synthesize
  85            * one to an assumed EMBLCDSPROTEIN accession
  86            */
  87           + "<feature name=\"CDS\" location=\"join(4..6,10..15)\">"
  88           + "<qualifier name=\"protein_id\"><value>CAA12345.6</value></qualifier>"
  89           + "<qualifier name=\"translation\"><value>MSS</value></qualifier>"
  90           + "</feature>"
  91           /*
  92            * sequence (modified for test purposes)
  93            * emulates EMBL XML 1.2 which splits sequence data every 60 characters
  94            * see EmblSequence.setSequence
  95            */
  96           + "<sequence>GGTATGTCCTCTAGTACAAAC\n"
  97           + "ACCCCCAATATTGTGATATAATTAAAAACATAGCAT"
  98           + "</sequence></entry></ROOT>";
  99
 100   private EmblXmlSource testee;
 101
 102   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 103   public void setUp()
 104   {
 105     testee = new EmblXmlSource()
 106     {
 107
 108       @Override
 109       public String getDbSource()
 110       {
 111         return null;
 112       }
 113
 114       @Override
 115       public String getDbName()
 116       {
 117         return null;
 118       }
 119
 120       @Override
 121       public String getTestQuery()
 122       {
 123         return null;
 124       }
 125
 126       @Override
 127       public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 128       {
 129         return null;
 130       }
 131     };
 132   }
 133
 134   @Test(groups = "Functional")
 135   public void testGetCdsRanges()
 136   {
 137     /*
 138      * Make a (CDS) Feature with 5 locations
 139      */
 140     Feature cds = new Feature();
 141     cds.setLocation(
 142             "join(10..20,complement(30..40),50..60,70..80,complement(110..120))");
 143
 144     int[] exons = testee.getCdsRanges("EMBL", cds);
 145     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110]",
 146             Arrays.toString(exons));
 147   }
 148
 149   @Test(groups = "Functional")
 150   public void testGetSequence()
 151   {
 152     // not the whole sequence but enough for this test...
 153     List<SequenceI> peptides = new ArrayList<>();
 154     List<EntryType> entries = getEmblEntries();
 155     assertEquals(1, entries.size());
 156     EntryType entry = entries.get(0);
 157     String sourceDb = "EMBL";
 158     SequenceI dna = testee.getSequence(sourceDb, entry, peptides);
 159
 160     /*
 161      * newline has been removed from sequence
 162      */
 163     String seq = dna.getSequenceAsString();
 164     assertEquals(
 165             "GGTATGTCCTCTAGTACAAACACCCCCAATATTGTGATATAATTAAAAACATAGCAT",
 166             seq);
 167
 168     /*
 169      * peptides should now have five entries:
 170      * EMBL product and two Uniprot accessions for the first CDS / translation
 171      * EMBL product and one Uniprot accession for the second CDS / "
 172      * EMBL product only for the third
 173      */
 174     assertEquals(6, peptides.size());
 175     assertEquals("CAA30420.1", peptides.get(0).getName());
 176     assertEquals("MLCF", peptides.get(0).getSequenceAsString());
 177     assertEquals("UNIPROT|B0BCM4", peptides.get(1).getName());
 178     assertEquals("MLCF", peptides.get(1).getSequenceAsString());
 179     assertEquals("UNIPROT|P0CE20", peptides.get(2).getName());
 180     assertEquals("MLCF", peptides.get(2).getSequenceAsString());
 181     assertEquals("CAA30421.1", peptides.get(3).getName());
 182     assertEquals("MSSS", peptides.get(3).getSequenceAsString());
 183     assertEquals("UNIPROT|B0BCM3", peptides.get(4).getName());
 184     assertEquals("MSSS", peptides.get(4).getSequenceAsString());
 185     assertEquals("CAA12345.6", peptides.get(5).getName());
 186     assertEquals("MSS", peptides.get(5).getSequenceAsString());
 187
 188     /*
 189      * verify dna sequence has dbrefs
 190      * - to 'self' (synthesized dbref)
 191      * - to EuropePMC
 192      * - to MD5 (with null version as "0")
 193      * - with CDS mappings to the peptide 'products'
 194      */
 195     MapList mapToSelf = new MapList(new int[] { 1, 57 },
 196             new int[]
 197             { 1, 57 }, 1, 1);
 198     MapList cds1Map = new MapList(new int[] { 57, 46 }, new int[] { 1, 4 },
 199             3, 1);
 200     MapList cds2Map = new MapList(new int[] { 4, 15 }, new int[] { 1, 4 },
 201             3, 1);
 202     MapList cds3Map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 15 },
 203             new int[]
 204             { 1, 3 }, 3, 1);
 205
 206     DBRefEntry[] dbrefs = dna.getDBRefs();
 207     assertEquals(7, dbrefs.length);
 208
 209     DBRefEntry dbRefEntry = dbrefs[0];
 210     assertEquals("EMBL", dbRefEntry.getSource());
 211     assertEquals("X07547", dbRefEntry.getAccessionId());
 212     assertEquals("1", dbRefEntry.getVersion());
 213     assertNotNull(dbRefEntry.getMap());
 214     assertNull(dbRefEntry.getMap().getTo());
 215     assertEquals(mapToSelf, dbRefEntry.getMap().getMap());
 216
 217     dbRefEntry = dbrefs[1];
 218     // DBRefEntry constructor puts dbSource in upper case
 219     assertEquals("EUROPEPMC", dbRefEntry.getSource());
 220     assertEquals("PMC107176", dbRefEntry.getAccessionId());
 221     assertEquals("9573186", dbRefEntry.getVersion());
 222     assertNull(dbRefEntry.getMap());
 223
 224     dbRefEntry = dbrefs[2];
 225     assertEquals("MD5", dbRefEntry.getSource());
 226     assertEquals("ac73317", dbRefEntry.getAccessionId());
 227     assertEquals("0", dbRefEntry.getVersion());
 228     assertNull(dbRefEntry.getMap());
 229
 230     dbRefEntry = dbrefs[3];
 231     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
 232     assertEquals("B0BCM4", dbRefEntry.getAccessionId());
 233     assertSame(peptides.get(1), dbRefEntry.getMap().getTo());
 234     assertEquals(cds1Map, dbRefEntry.getMap().getMap());
 235
 236     dbRefEntry = dbrefs[4];
 237     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
 238     assertEquals("P0CE20", dbRefEntry.getAccessionId());
 239     assertSame(peptides.get(2), dbRefEntry.getMap().getTo());
 240     assertEquals(cds1Map, dbRefEntry.getMap().getMap());
 241
 242     dbRefEntry = dbrefs[5];
 243     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
 244     assertEquals("B0BCM3", dbRefEntry.getAccessionId());
 245     assertSame(peptides.get(4), dbRefEntry.getMap().getTo());
 246     assertEquals(cds2Map, dbRefEntry.getMap().getMap());
 247
 248     dbRefEntry = dbrefs[6];
 249     assertEquals("EMBLCDSPROTEIN", dbRefEntry.getSource());
 250     assertEquals("CAA12345.6", dbRefEntry.getAccessionId());
 251     assertSame(peptides.get(5), dbRefEntry.getMap().getTo());
 252     assertEquals(cds3Map, dbRefEntry.getMap().getMap());
 253
 254     /*
 255      * verify peptides have dbrefs
 256      * - to EMBL sequence (with inverse 1:3 cds mapping)
 257      * - to EMBLCDS (with 1:3 mapping)
 258      * - direct (no mapping) to other protein accessions
 259      */
 260     MapList proteinToCdsMap1 = new MapList(new int[] { 1, 4 },
 261             new int[]
 262             { 1, 12 }, 1, 3);
 263     MapList proteinToCdsMap2 = new MapList(new int[] { 1, 3 },
 264             new int[]
 265             { 1, 9 }, 1, 3);
 266
 267     // dbrefs for first CDS EMBL product CAA30420.1
 268     dbrefs = peptides.get(0).getDBRefs();
 269     assertEquals(5, dbrefs.length);
 270     assertEquals(DBRefSource.EMBL, dbrefs[0].getSource());
 271     assertEquals("CAA30420.1", dbrefs[0].getAccessionId());
 272     // TODO: verify getPrimaryDBRefs() for peptide products
 273     assertEquals(cds1Map.getInverse(), dbrefs[0].getMap().getMap());
 274     assertEquals(DBRefSource.EMBLCDS, dbrefs[1].getSource());
 275     assertEquals("CAA30420.1", dbrefs[1].getAccessionId());
 276     assertEquals(proteinToCdsMap1, dbrefs[1].getMap().getMap());
 277     assertEquals(DBRefSource.EMBLCDSProduct, dbrefs[2].getSource());
 278     assertEquals("CAA30420.1", dbrefs[2].getAccessionId());
 279     assertNull(dbrefs[2].getMap());
 280     assertEquals(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "2.1", "B0BCM4"),
 281             dbrefs[3]);
 282     assertNull(dbrefs[3].getMap());
 283     assertEquals(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "0", "P0CE20"),
 284             dbrefs[4]);
 285     assertNull(dbrefs[4].getMap());
 286
 287     // dbrefs for first CDS first Uniprot xref
 288     dbrefs = peptides.get(1).getDBRefs();
 289     assertEquals(2, dbrefs.length);
 290     assertEquals(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "2.1", "B0BCM4"),
 291             dbrefs[0]);
 292     assertNull(dbrefs[0].getMap());
 293     assertEquals(DBRefSource.EMBL, dbrefs[1].getSource());
 294     assertEquals("X07547", dbrefs[1].getAccessionId());
 295     assertEquals(cds1Map.getInverse(), dbrefs[1].getMap().getMap());
 296
 297     // dbrefs for first CDS second Uniprot xref
 298     dbrefs = peptides.get(2).getDBRefs();
 299     assertEquals(2, dbrefs.length);
 300     assertEquals(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "0", "P0CE20"),
 301             dbrefs[0]);
 302     assertNull(dbrefs[0].getMap());
 303     assertEquals(DBRefSource.EMBL, dbrefs[1].getSource());
 304     assertEquals("X07547", dbrefs[1].getAccessionId());
 305     assertEquals(cds1Map.getInverse(), dbrefs[1].getMap().getMap());
 306
 307     // dbrefs for second CDS EMBL product CAA30421.1
 308     dbrefs = peptides.get(3).getDBRefs();
 309     assertEquals(4, dbrefs.length);
 310     assertEquals(DBRefSource.EMBL, dbrefs[0].getSource());
 311     assertEquals("CAA30421.1", dbrefs[0].getAccessionId());
 312     assertEquals(cds2Map.getInverse(), dbrefs[0].getMap().getMap());
 313     assertEquals(DBRefSource.EMBLCDS, dbrefs[1].getSource());
 314     assertEquals("CAA30421.1", dbrefs[1].getAccessionId());
 315     assertEquals(proteinToCdsMap1, dbrefs[1].getMap().getMap());
 316     assertEquals(DBRefSource.EMBLCDSProduct, dbrefs[2].getSource());
 317     assertEquals("CAA30421.1", dbrefs[2].getAccessionId());
 318     assertNull(dbrefs[2].getMap());
 319     assertEquals(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "0", "B0BCM3"),
 320             dbrefs[3]);
 321     assertNull(dbrefs[3].getMap());
 322
 323     // dbrefs for second CDS second Uniprot xref
 324     dbrefs = peptides.get(4).getDBRefs();
 325     assertEquals(2, dbrefs.length);
 326     assertEquals(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "0", "B0BCM3"),
 327             dbrefs[0]);
 328     assertNull(dbrefs[0].getMap());
 329     assertEquals(DBRefSource.EMBL, dbrefs[1].getSource());
 330     assertEquals("X07547", dbrefs[1].getAccessionId());
 331     assertEquals(cds2Map.getInverse(), dbrefs[1].getMap().getMap());
 332
 333     // dbrefs for third CDS inferred EMBL product CAA12345.6
 334     dbrefs = peptides.get(5).getDBRefs();
 335     assertEquals(3, dbrefs.length);
 336     assertEquals(DBRefSource.EMBL, dbrefs[0].getSource());
 337     assertEquals("CAA12345.6", dbrefs[0].getAccessionId());
 338     assertEquals(cds3Map.getInverse(), dbrefs[0].getMap().getMap());
 339     assertEquals(DBRefSource.EMBLCDS, dbrefs[1].getSource());
 340     assertEquals("CAA12345.6", dbrefs[1].getAccessionId());
 341     assertEquals(proteinToCdsMap2, dbrefs[1].getMap().getMap());
 342     assertEquals(DBRefSource.EMBLCDSProduct, dbrefs[2].getSource());
 343     assertEquals("CAA12345.6", dbrefs[2].getAccessionId());
 344     assertNull(dbrefs[2].getMap());
 345   }
 346
 347   @Test(groups = "Functional")
 348   public void testAdjustForProteinLength()
 349   {
 350     int[] exons = new int[] { 11, 15, 21, 25, 31, 38 }; // 18 bp
 351
 352     // exact length match:
 353     assertSame(exons, EmblXmlSource.adjustForProteinLength(6, exons));
 354
 355     // truncate last exon by 3bp (e.g. stop codon)
 356     int[] truncated = EmblXmlSource.adjustForProteinLength(5, exons);
 357     assertEquals("[11, 15, 21, 25, 31, 35]", Arrays.toString(truncated));
 358
 359     // truncate last exon by 6bp
 360     truncated = EmblXmlSource.adjustForProteinLength(4, exons);
 361     assertEquals("[11, 15, 21, 25, 31, 32]", Arrays.toString(truncated));
 362
 363     // remove last exon and truncate preceding by 1bp
 364     truncated = EmblXmlSource.adjustForProteinLength(3, exons);
 365     assertEquals("[11, 15, 21, 24]", Arrays.toString(truncated));
 366
 367     // exact removal of exon case:
 368     exons = new int[] { 11, 15, 21, 27, 33, 38 }; // 18 bp
 369     truncated = EmblXmlSource.adjustForProteinLength(4, exons);
 370     assertEquals("[11, 15, 21, 27]", Arrays.toString(truncated));
 371
 372     // what if exons are too short for protein?
 373     truncated = EmblXmlSource.adjustForProteinLength(7, exons);
 374     assertSame(exons, truncated);
 375   }
 376
 377   @Test(groups = { "Functional" })
 378   public void testGetEmblEntries()
 379   {
 380     List<EntryType> entries = getEmblEntries();
 381     assertEquals(1, entries.size());
 382     EntryType entry = entries.get(0);
 383
 384     assertEquals("X07547", entry.getAccession());
 385     assertEquals("C. trachomatis plasmid", entry.getDescription());
 386     assertEquals("STD", entry.getDataClass());
 387     assertEquals("PRO", entry.getTaxonomicDivision());
 388     assertEquals("1999-02-10", entry.getLastUpdated().toString());
 389     assertEquals(58, entry.getLastUpdatedRelease().intValue());
 390     assertEquals("1988-11-10", entry.getFirstPublic().toString());
 391     assertEquals(18, entry.getFirstPublicRelease().intValue());
 392     assertEquals("genomic DNA", entry.getMoleculeType());
 393     assertEquals(1, entry.getVersion().intValue());
 394     assertEquals(8, entry.getEntryVersion().intValue());
 395     assertEquals("linear", entry.getTopology());
 396     assertEquals(7499, entry.getSequenceLength().intValue());
 397     assertEquals(2, entry.getKeyword().size());
 398     assertEquals("plasmid", entry.getKeyword().get(0));
 399     assertEquals("unidentified reading frame", entry.getKeyword().get(1));
 400
 401     /*
 402      * dbrefs
 403      */
 404     assertEquals(2, entry.getXref().size());
 405     XrefType dbref = entry.getXref().get(0);
 406     assertEquals("EuropePMC", dbref.getDb());
 407     assertEquals("PMC107176", dbref.getId());
 408     assertEquals("9573186", dbref.getSecondaryId());
 409     dbref = entry.getXref().get(1);
 410     assertEquals("MD5", dbref.getDb());
 411     assertEquals("ac73317", dbref.getId());
 412     assertNull(dbref.getSecondaryId());
 413
 414     /*
 415      * three sequence features for CDS
 416      */
 417     assertEquals(3, entry.getFeature().size());
 418     /*
 419      * first CDS
 420      */
 421     Feature ef = entry.getFeature().get(0);
 422     assertEquals("CDS", ef.getName());
 423     assertEquals("complement(46..57)", ef.getLocation());
 424     assertEquals(2, ef.getXref().size());
 425     dbref = ef.getXref().get(0);
 426     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getDb());
 427     assertEquals("B0BCM4", dbref.getId());
 428     assertEquals("2.1", dbref.getSecondaryId());
 429     dbref = ef.getXref().get(1);
 430     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getDb());
 431     assertEquals("P0CE20", dbref.getId());
 432     assertNull(dbref.getSecondaryId());
 433     // CDS feature qualifiers
 434     assertEquals(3, ef.getQualifier().size());
 435     Qualifier q = ef.getQualifier().get(0);
 436     assertEquals("note", q.getName());
 437     assertEquals("ORF 8 (AA 1-330)", q.getValue());
 438     q = ef.getQualifier().get(1);
 439     assertEquals("protein_id", q.getName());
 440     assertEquals("CAA30420.1", q.getValue());
 441     q = ef.getQualifier().get(2);
 442     assertEquals("translation", q.getName());
 443     assertEquals("MLCF", q.getValue());
 444
 445     /*
 446      * second CDS
 447      */
 448     ef = entry.getFeature().get(1);
 449     assertEquals("CDS", ef.getName());
 450     assertEquals("4..15", ef.getLocation());
 451     assertEquals(1, ef.getXref().size());
 452     dbref = ef.getXref().get(0);
 453     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getDb());
 454     assertEquals("B0BCM3", dbref.getId());
 455     assertNull(dbref.getSecondaryId());
 456     assertEquals(2, ef.getQualifier().size());
 457     q = ef.getQualifier().get(0);
 458     assertEquals("protein_id", q.getName());
 459     assertEquals("CAA30421.1", q.getValue());
 460     q = ef.getQualifier().get(1);
 461     assertEquals("translation", q.getName());
 462     assertEquals("MSSS", q.getValue());
 463
 464     /*
 465      * third CDS
 466      */
 467     ef = entry.getFeature().get(2);
 468     assertEquals("CDS", ef.getName());
 469     assertEquals("join(4..6,10..15)", ef.getLocation());
 470     assertNotNull(ef.getXref());
 471     assertTrue(ef.getXref().isEmpty());
 472     assertEquals(2, ef.getQualifier().size());
 473     q = ef.getQualifier().get(0);
 474     assertEquals("protein_id", q.getName());
 475     assertEquals("CAA12345.6", q.getValue());
 476     q = ef.getQualifier().get(1);
 477     assertEquals("translation", q.getName());
 478     assertEquals("MSS", q.getValue());
 479
 480     /*
 481      * Sequence - raw data before removal of newlines
 482      */
 483     String seq = entry.getSequence();
 484     assertEquals("GGTATGTCCTCTAGTACAAAC\n"
 485             + "ACCCCCAATATTGTGATATAATTAAAAACATAGCAT", seq);
 486
 487     /*
 488      * getSequence() converts empty DBRefEntry.version to "0"
 489      */
 490     assertNull(entry.getXref().get(1).getSecondaryId());
 491     assertNull(entry.getFeature().get(0).getXref().get(1).getSecondaryId());
 492   }
 493
 494   List<EntryType> getEmblEntries()
 495   {
 496     return testee
 497             .getEmblEntries(new ByteArrayInputStream(TESTDATA.getBytes()));
 498   }
 499 }