test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
  24 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  25 import static org.junit.Assert.fail;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import javax.swing.JMenu;
  32 import javax.swing.JMenuItem;
  33
  34 import org.junit.AfterClass;
  35 import org.junit.BeforeClass;
  36 import org.junit.Test;
  37
  38 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  39
  40 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  41 import jalview.gui.Jalview2XML;
  42 import jalview.io.AnnotationFile;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.io.StockholmFileTest;
  45 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  46 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  47 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
  48 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  49 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  50
  51 public class RNAStructExportImport
  52 {
  53   public static String testseqs = "examples/unfolded_RF00031.aln";
  54
  55   public static Jws2Discoverer disc;
  56
  57   public static Jws2Instance rnaalifoldws;
  58
  59   jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient alifoldClient;
  60
  61   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  62
  63   @BeforeClass
  64   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  65   {
  66
  67     jalview.bin.Cache.initLogger();
  68     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer(false);
  69
  70     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  71     {
  72
  73       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("rnaalifoldws"))
  74       {
  75         rnaalifoldws = svc;
  76       }
  77     }
  78
  79     System.out.println("State of rnaalifoldws: " + rnaalifoldws);
  80
  81     if (rnaalifoldws == null)
  82     {
  83       fail("no web service");
  84     }
  85
  86     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  87
  88     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  89
  90     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  91
  92   }
  93
  94   @AfterClass
  95   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  96   {
  97     if (af != null)
  98     {
  99       af.setVisible(false);
 100       af.dispose();
 101     }
 102   }
 103
 104   @Test
 105   public void testRNAStructExport()
 106   {
 107
 108     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
 109
 110     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 111
 112     do
 113     {
 114       try
 115       {
 116         Thread.sleep(50);
 117       } catch (InterruptedException x)
 118       {
 119       }
 120       ;
 121     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 122
 123     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 124
 125     testAnnotationFileIO("Testing RNAalifold Annotation IO", orig_alig);
 126
 127   }
 128
 129   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 130   {
 131     try
 132     {
 133       // what format would be appropriate for RNAalifold annotations?
 134       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("PFAM",
 135               al.getSequencesArray());
 136
 137       String anfileout = new AnnotationFile()
 138               .printAnnotationsForAlignment(al);
 139       assertTrue(
 140               "Test "
 141                       + testname
 142                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 143               anfileout != null);
 144       assertTrue(
 145               "Test "
 146                       + testname
 147                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 148               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 149
 150       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 151               + "\n<<EOF\n");
 152
 153       // again what format would be appropriate?
 154       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 155               FormatAdapter.PASTE, "PFAM");
 156       assertTrue(
 157               "Test "
 158                       + testname
 159                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 160               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 161                       FormatAdapter.PASTE));
 162
 163       // test for consistency in io
 164       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
 165       return;
 166     } catch (Exception e)
 167     {
 168       e.printStackTrace();
 169     }
 170     fail("Test "
 171             + testname
 172             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 173   }
 174
 175   @Test
 176   public void testRnaalifoldSettingsRecovery()
 177   {
 178     List<compbio.metadata.Argument> opts = new ArrayList<compbio.metadata.Argument>();
 179     for (compbio.metadata.Argument rg : (List<compbio.metadata.Argument>) rnaalifoldws
 180             .getRunnerConfig().getArguments())
 181     {
 182       if (rg.getDescription().contains("emperature"))
 183       {
 184         try
 185         {
 186           rg.setValue("292");
 187         } catch (WrongParameterException q)
 188         {
 189           fail("Couldn't set the temperature parameter "
 190                   + q.getStackTrace());
 191         }
 192         opts.add(rg);
 193       }
 194       if (rg.getDescription().contains("max"))
 195       {
 196         opts.add(rg);
 197       }
 198     }
 199     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, opts);
 200
 201     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 202
 203     do
 204     {
 205       try
 206       {
 207         Thread.sleep(50);
 208       } catch (InterruptedException x)
 209       {
 210       }
 211       ;
 212     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 213     AutoCalcSetting oldacs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 214             alifoldClient.getCalcId());
 215     String oldsettings = oldacs.getWsParamFile();
 216     // write out parameters
 217     jalview.gui.AlignFrame nalf = null;
 218     assertTrue("Couldn't write out the Jar file",
 219             new Jalview2XML(false).saveAlignment(af,
 220                     "testRnalifold_param.jar", "trial parameter writeout"));
 221     assertTrue("Couldn't read back the Jar file", (nalf = new Jalview2XML(
 222             false).loadJalviewAlign("testRnalifold_param.jar")) != null);
 223     if (nalf != null)
 224     {
 225       AutoCalcSetting acs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 226               alifoldClient.getCalcId());
 227       assertTrue("Calc ID settings not recovered from viewport stash",
 228               acs.equals(oldacs));
 229       assertTrue(
 230               "Serialised Calc ID settings not identical to those recovered from viewport stash",
 231               acs.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 232       JMenu nmenu = new JMenu();
 233       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(nmenu,
 234               rnaalifoldws, af);
 235       assertTrue("Couldn't get menu entry for service",
 236               nmenu.getItemCount() > 0);
 237       for (Component itm : nmenu.getMenuComponents())
 238       {
 239         if (itm instanceof JMenuItem)
 240         {
 241           JMenuItem i = (JMenuItem) itm;
 242           if (i.getText().equals(
 243                   rnaalifoldws.getAlignAnalysisUI().getAAconToggle()))
 244           {
 245             i.doClick();
 246             break;
 247           }
 248         }
 249       }
 250       while (af.getViewport().isCalcInProgress())
 251       {
 252         try
 253         {
 254           Thread.sleep(200);
 255         } catch (Exception x)
 256         {
 257         }
 258         ;
 259       }
 260       AutoCalcSetting acs2 = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 261               alifoldClient.getCalcId());
 262       assertTrue(
 263               "Calc ID settings after recalculation has not been recovered.",
 264               acs2.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 265     }
 266   }
 267 }