test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.DBRefEntryI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureMappingClient.StructureMappingException;
  36 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  37
  38 import java.io.File;
  39 import java.io.IOException;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.HashMap;
  42 import java.util.Iterator;
  43 import java.util.Map;
  44
  45 import junit.extensions.PA;
  46
  47 import org.testng.Assert;
  48 import org.testng.FileAssert;
  49 import org.testng.annotations.AfterTest;
  50 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  51 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  52 import org.testng.annotations.Test;
  53
  54 import MCview.Atom;
  55 import MCview.PDBfile;
  56
  57 public class SiftsClientTest
  58 {
  59
  60   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  61   public void setUpJvOptionPane()
  62   {
  63     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  64     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  65   }
  66
  67   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  68           .getProperty("user.home")
  69           + File.separatorChar
  70           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  71
  72   private String testPDBId = "1a70";
  73
  74   private SiftsClient siftsClient = null;
  75
  76   SequenceI testSeq = new Sequence(
  77           "P00221",
  78           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  79                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  80                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.", 1, 147);
  81
  82   int u = StructureMapping.UNASSIGNED;
  83
  84   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  85
  86   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  87   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  88   {
  89     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2 });
  90     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7 });
  91     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12 });
  92     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24 });
  93     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33 });
  94     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40 });
  95     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47 });
  96     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55 });
  97     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62 });
  98     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69 });
  99     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76 });
 100     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83 });
 101     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87 });
 102     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95 });
 103     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102 });
 104     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111 });
 105     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122 });
 106     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131 });
 107     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137 });
 108     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144 });
 109     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152 });
 110     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160 });
 111     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167 });
 112     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179 });
 113     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187 });
 114     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195 });
 115     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203 });
 116     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208 });
 117     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213 });
 118     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222 });
 119     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231 });
 120     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240 });
 121     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244 });
 122     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252 });
 123     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260 });
 124     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268 });
 125     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275 });
 126     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287 });
 127     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293 });
 128     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299 });
 129     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310 });
 130     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315 });
 131     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319 });
 132     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325 });
 133     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331 });
 134     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337 });
 135     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343 });
 136     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349 });
 137     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354 });
 138     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358 });
 139     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367 });
 140     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375 });
 141     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384 });
 142     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391 });
 143     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395 });
 144     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401 });
 145     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409 });
 146     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417 });
 147     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426 });
 148     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434 });
 149     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442 });
 150     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451 });
 151     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457 });
 152     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468 });
 153     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476 });
 154     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484 });
 155     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492 });
 156     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500 });
 157     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509 });
 158     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517 });
 159     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525 });
 160     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534 });
 161     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538 });
 162     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552 });
 163     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559 });
 164     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567 });
 165     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574 });
 166     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580 });
 167     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585 });
 168     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590 });
 169     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602 });
 170     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609 });
 171     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616 });
 172     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622 });
 173     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630 });
 174     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637 });
 175     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644 });
 176     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652 });
 177     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661 });
 178     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668 });
 179     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678 });
 180     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687 });
 181     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696 });
 182     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705 });
 183     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714 });
 184     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722 });
 185     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729 });
 186   }
 187
 188   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 189   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException, IOException
 190   {
 191     // read test props before manipulating config
 192     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 193     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 194     // test reproducibility
 195     new SiftsSettings();
 196     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 197             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 198     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 199     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 200     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 201     PDBfile pdbFile;
 202     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/"
 203             + testPDBId + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 204     siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 205   }
 206
 207   @AfterTest(alwaysRun = true)
 208   public void cleanUpSiftsClient()
 209   {
 210     siftsClient = null;
 211   }
 212
 213   @Test(groups = { "Network" })
 214   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException, IOException
 215   {
 216     File siftsFile;
 217     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 218     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 219     long t1 = siftsFile.lastModified();
 220
 221     // re-read file should be returned from cache
 222     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 223     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 224     long t2 = siftsFile.lastModified();
 225     assertEquals(t1, t2);
 226
 227     /*
 228      * force fetch by having 0 expiry of cache
 229      * also wait one second, because file timestamp does not
 230      * give millisecond resolution :-(
 231      */
 232     synchronized (this)
 233     {
 234       try
 235       {
 236         wait(1000);
 237       } catch (InterruptedException e)
 238       {
 239       }
 240     }
 241     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 242     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 243     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 244     long t3 = siftsFile.lastModified();
 245     assertTrue(t3 > t2, "file timestamp unchanged at " + t3);
 246
 247     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 248   }
 249
 250   @Test(groups = { "Network" })
 251   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException, IOException
 252   {
 253     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 254     // is deleted
 255     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 256     File siftsFile;
 257     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 258     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 259     SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 260   }
 261
 262   @Test(groups = { "Network" })
 263   public void getAllMappingAccessionTest()
 264   {
 265     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 266     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 267     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 268   }
 269
 270   @Test(groups = { "Network" })
 271   public void getGreedyMappingTest()
 272   {
 273     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 274     Assert.assertNotNull(testSeq);
 275     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 276
 277     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 278     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 279     testSeq.addDBRef(dbRef);
 280     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 281
 282     try
 283     {
 284       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient.getGreedyMapping(
 285               "A", testSeq, null);
 286       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 287       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 288       // Can't do Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 289       // because this fails in our version of TestNG
 290       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 291       Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 292               .iterator();
 293       while (it.hasNext())
 294       {
 295         Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 296         Assert.assertTrue(actualMapping.containsKey(pair.getKey()));
 297         Assert.assertEquals(actualMapping.get(pair.getKey()),
 298                 pair.getValue());
 299       }
 300     } catch (Exception e)
 301     {
 302       e.printStackTrace();
 303       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 304     }
 305   }
 306
 307   @Test(groups = { "Network" })
 308   private void getAtomIndexTest()
 309   {
 310     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 311     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 312     atom.resNumber = 43;
 313     atom.atomIndex = 7;
 314     atoms.add(atom);
 315     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 316     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, -1);
 317     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 318     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 319   }
 320
 321   @Test(
 322     groups = { "Network" },
 323     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 324   private void getAtomIndexNullTest()
 325   {
 326     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 327   }
 328
 329   @Test(groups = { "Network" })
 330   private void padWithGapsTest()
 331   {
 332
 333   }
 334
 335   @Test(
 336 groups = { "Network" },
 337     expectedExceptions = StructureMappingException.class)
 338   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 339           throws IllegalArgumentException, StructureMappingException
 340   {
 341     siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 342   }
 343
 344   @Test(
 345 groups = { "Network" },
 346     expectedExceptions = StructureMappingException.class)
 347   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 348           throws IllegalArgumentException, StructureMappingException
 349   {
 350     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 351   }
 352
 353   @Test(groups = { "Network" })
 354   public void getValidSourceDBRefTest() throws SiftsException
 355   {
 356     DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 357             .getValidSourceDBRef(testSeq);
 358     DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 359     expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 360     expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 361     expectedDBRef.setVersion("");
 362     Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 363   }
 364
 365   @Test(
 366 groups = { "Network" },
 367     expectedExceptions = SiftsException.class)
 368   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 369   {
 370     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 371     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 372   }
 373
 374   @Test(
 375 groups = { "Network" },
 376     expectedExceptions = SiftsException.class)
 377   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 378   {
 379     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 380     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 381     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR");
 382     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 383     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 384   }
 385
 386   @Test(groups = { "Network" })
 387   public void isValidDBRefEntryTest()
 388   {
 389     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 390     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 391     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 392     validDBRef.setVersion("");
 393     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 394   }
 395
 396   @Test(groups = { "Network" })
 397   public void getSiftsStructureMappingTest()
 398           throws StructureMappingException, Exception
 399   {
 400     Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 401     StructureMapping strucMapping = siftsClient.getStructureMapping(
 402             testSeq, testPDBId, "A");
 403     String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 404             + "Method: SIFTS\n\n"
 405             + "P00221 :  51 - 147 Maps to \n"
 406             + "1A70|A :  1 - 97\n\n"
 407             + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 408             + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 409             + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 410
 411             + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 412             + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 413             + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 414
 415             "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 416
 417     Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 418             expectedMappingOutput);
 419
 420     // Can't do Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 421     // because this fails in our version of TestNG
 422     Map<Integer, int[]> mapping = (Map<Integer, int[]>) PA.getValue(
 423             strucMapping, "mapping");
 424     Assert.assertEquals(
 425             mapping.size(),
 426             expectedMapping.size());
 427     Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 428             .iterator();
 429     while (it.hasNext())
 430     {
 431       Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 432       Assert.assertTrue(mapping
 433               .containsKey(pair.getKey()));
 434       Assert.assertEquals(mapping.get(pair.getKey()),
 435               pair.getValue());
 436     }
 437   }
 438
 439   @Test(groups = { "Network" })
 440   public void getEntityCountTest()
 441   {
 442     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 443     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 444     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 445   }
 446
 447   @Test(groups = { "Network" })
 448   public void getDbAccessionIdTest()
 449   {
 450     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 451     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 452     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 453   }
 454
 455   @Test(groups = { "Network" })
 456   public void getDbCoordSysTest()
 457   {
 458     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 459     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 460     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 461   }
 462
 463   @Test(groups = { "Network" })
 464   public void getDbSourceTest()
 465   {
 466     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 467     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 468     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 469   }
 470
 471   @Test(groups = { "Network" })
 472   public void getDbVersionTest()
 473   {
 474     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 475     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 476     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 477   }
 478
 479   @Test(groups = { "Network" })
 480   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest1() throws IOException,
 481           SiftsException
 482   {
 483     SiftsClient siftsClientX = null;
 484     PDBfile pdbFile;
 485     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/2nq2"
 486             + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 487     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 488     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 489     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 490     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 491     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 492     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 493     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 494     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 495     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 496
 497   }
 498
 499   @Test(groups = { "Network" })
 500   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest2() throws IOException,
 501           SiftsException
 502   {
 503     // This test is for a SIFTS file in which entity A should map to chain P for
 504     // the given PDB Id. All the other chains shouldn't be mapped as there are
 505     // no SIFTS entity records for them.
 506     SiftsClient siftsClientX = null;
 507     PDBfile pdbFile;
 508     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/3ucu.cif",
 509             DataSourceType.FILE);
 510     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 511     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("P");
 512     Entity entityP = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 513     Entity entityR = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("R");
 514     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 515     Assert.assertNotEquals(entityR, "A");
 516     Assert.assertNotEquals(entityP, "A");
 517     Assert.assertNotEquals(entityR, "R");
 518     Assert.assertNotEquals(entityP, "P");
 519     Assert.assertNull(entityR);
 520     Assert.assertNull(entityP);
 521
 522   }
 523 }