utils/getdown/bin/jalview.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 declare -a ARGS=("${@}")
   4
   5 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   6 function readlinkf() {
   7   FINDFILE="$1"
   8   FILE="${FINDFILE}"
   9   PREVFILE=""
  10   C=0
  11   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  12   FOUND=0
  13   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  14     PREVFILE="${FILE}"
  15     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  16     if [ -z "${FILE}" ]; then
  17       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  18       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  19       FOUND=1
  20     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  21       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  22       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  23     fi
  24     C=$((C+1))
  25   done
  26   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  27     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  28     exit 1
  29   fi
  30   echo "${FILE}"
  31 }
  32
  33 ISMACOS=0
  34 if [ "$( uname -s )" = "Darwin" ]; then
  35   ISMACOS=1
  36 fi
  37
  38 # check for headless mode
  39 HEADLESS=0
  40 GUI=0
  41 HELP=0
  42 DEBUG=0
  43 for RAWARG in "${@}"; do
  44   ARG="${RAWARG%%=*}"
  45   case "${ARG}" in
  46     --headless|--output|--image|--structureimage)
  47       HEADLESS=1
  48       ;;
  49     --help|--help-*|--version|-h)
  50       HELP=1
  51       ;;
  52     --gui)
  53       GUI=1
  54       ;;
  55     --debug)
  56       DEBUG=1
  57       ;;
  58   esac
  59
  60   if [ "${HELP}" = 1 ]; then
  61     # --help takes precedence
  62     HEADLESS=1
  63     GUI=0
  64   elif [ "${GUI}" = 1 ]; then
  65     # --gui takes precedence over --headless
  66     HEADLESS=0
  67   fi
  68 done
  69
  70 declare -a JVMARGS=()
  71
  72 # set vars for being inside the macos App Bundle
  73 if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  74 # MACOS ONLY
  75   DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  76   APPDIR="${DIR%/bin}"
  77   JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  78   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Xdock:icon=${APPDIR}/resource/jalview_logo.png" )
  79 else
  80 # NOT MACOS
  81   DIR="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
  82   APPDIR="${DIR%/bin}"
  83   JAVA="${APPDIR}/jre/bin/java"
  84 fi
  85
  86 if [ "${HEADLESS}" = 1 ]; then
  87   # not setting java.awt.headless in java invocation of running jalview due to problem with Jmol
  88   if [ "${HELP}" = 1 ]; then
  89     JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Djava.awt.headless=true" )
  90   fi
  91   # this suppresses the Java icon appearing in the macOS Dock
  92   if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  93     JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Dapple.awt.UIElement=true" )
  94   fi
  95 fi
  96
  97 SYSJAVA=java
  98 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  99
 100 CLASSPATH=""
 101 # save an array of JAR paths in case we're in WSL (see later)
 102 declare -a JARPATHS=()
 103 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
 104   # always check grep and sed regexes on macos -- they're not the same
 105 for JAR in $(grep -e '^code[[:space:]]*=[[:space:]]*' "${GETDOWNTXT}" | while read -r line; do echo $line | sed -E -e 's/code[[:space:]]*=[[:space:]]*//;'; done);
 106   do
 107     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
 108     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
 109     JARPATHS=( "${JARPATHS[@]}" "${APPDIR}/${JAR}" )
 110   done
 111 else
 112   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
 113   exit 3
 114 fi
 115
 116 # WINDOWS ONLY (Cygwin or WSL)
 117 # change paths for Cygwin or Windows Subsystem for Linux (WSL)
 118 if [ "${ISMACOS}" != 1 ]; then # older macos doesn't like uname -o, best to avoid
 119   if [ "$(uname -o)" = "Cygwin" ]; then
 120   # CYGWIN
 121     CLASSPATH=$(cygpath -pw "${CLASSPATH}")
 122     # now for some arg paths fun. only translating paths starting with './', '../', '/' or '~'
 123     ARGS=()
 124     for ARG in "${@}"; do
 125       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 126         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(cygpath -aw "${ARG}")" )
 127       else
 128         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 129       fi
 130     done
 131   elif uname -r | grep -i microsoft | grep -i wsl >/dev/null; then
 132   # WSL
 133     CLASSPATH=""
 134     for JARPATH in "${JARPATHS[@]}"; do
 135       [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH};"
 136       CLASSPATH="${CLASSPATH}$(wslpath -aw "${JARPATH}")"
 137     done
 138     ARGS=()
 139     for ARG in "${@}"; do
 140       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 141         # annoyingly wslpath does not work if the file doesn't exist!
 142         ARGBASENAME="$(basename "${ARG}")"
 143         ARGDIRNAME="$(dirname "${ARG}")"
 144         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(wslpath -aw "${ARGDIRNAME}")\\${ARGBASENAME}" )
 145       else
 146         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 147       fi
 148     done
 149     JAVA="${JAVA}.exe"
 150     SYSJAVA="java.exe"
 151   fi
 152 fi
 153
 154 # get console width -- three ways to try, just in case
 155 if command -v tput 2>&1 >/dev/null; then
 156   COLUMNS=$(tput cols) 2>/dev/null
 157 elif command -v stty 2>&1 >/dev/null; then
 158   COLUMNS=$(stty size | cut -d" " -f2) 2>/dev/null
 159 elif command -v resize 2>&1 >/dev/null; then
 160   COLUMNS=$(resize -u | grep COLUMNS= | sed -e 's/.*=//;s/;//') 2>/dev/null
 161 fi
 162 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-DCONSOLEWIDTH=${COLUMNS}" )
 163 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Dgetdownappdir=${APPDIR}" )
 164
 165 # Is there a bundled Java?  If not just try one in the PATH (do need .exe in WSL)
 166 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
 167   JAVA=$SYSJAVA
 168   echo "Cannot find bundled java, using system ${JAVA} and hoping for the best!" >&2
 169 fi
 170
 171 function quotearray() {
 172   QUOTEDVALS=""
 173   for VAL in "${@}"; do
 174     if [ \! "$QUOTEDVALS" = "" ]; then
 175       QUOTEDVALS="${QUOTEDVALS} "
 176     fi
 177     QUOTEDVALS="${QUOTEDVALS}\"${VAL}\""
 178   done
 179   echo $QUOTEDVALS
 180 }
 181
 182 JVMARGSSTR=$(quotearray "${JVMARGS[@]}")
 183 ARGSSTR=$(quotearray "${ARGS[@]}")
 184
 185 if [ "${DEBUG}" = 1 ]; then
 186  echo Shell running: \""${JAVA}"\" ${JVMARGSSTR} -cp \""${CLASSPATH}"\" jalview.bin.Launcher ${ARGSSTR}
 187 fi
 188
 189 "${JAVA}" "${JVMARGS[@]}" -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"