utils/jalviewjs/site-resources/javascript/jvcontroller.js

   1 /**
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of
  17  * the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  */
  20
  21
  22 $(document).ready(function() {
  23         processAllAppletElements();
  24 });
  25
  26
  27
  28     var currentPage = "applets";
  29
  30     function processAllAppletElements() {
  31         var apps = document.getElementsByTagName("applet");
  32         for (var i = apps.length; --i >= 0;) {
  33                 processAppletElement(apps[i]);
  34         }
  35     }
  36
  37     var jvid = 0;
  38
  39     function testBtn(e) {
  40         var element = e.target.appletElement;
  41         var text = element.outerHTML;
  42
  43         //var
  44         var Info = self.JalviewInfo || {
  45   code: null,
  46   main: "jalview.bin.Jalview",
  47   core: "NONE",
  48
  49
  50         width: 850,
  51         height: 550,
  52   readyFunction: null,
  53         serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
  54         j2sPath: 'swingjs/j2s',
  55 //      console:'sysoutdiv',
  56         allowjavascript: true
  57 }
  58
  59 var id = "JVApplet" + jvid++;
  60 var args = text.replace(/[\n\t]/g, " ").split("<param ");
  61 Info.j2sAppletID = id;
  62 Info.jalview_SCREEN_WIDTH= 100, // desktop width -- 0 to hide
  63 Info.jalview_SCREEN_HEIGHT= 70,  // desktop height -- 0 to hide
  64 Info.jalview_SCREEN_X= 10,
  65 Info.jalview_SCREEN_Y= 10,
  66 Info.jalview_EMBEDDED= true;
  67
  68
  69 for (var i in Info) {
  70         var v = ("" + Info[i] || "null").replace(/\"/g,"'");
  71         args.push("name=\"Info." + i + "\" value=\"" + v + "\"");
  72 }
  73 Info.args = args;
  74 SwingJS.getApplet(id, Info);
  75         document.title = id;
  76         e.target.style.visibility="hidden";
  77
  78     }
  79
  80     function processAppletElement(element) {
  81         var code = element.getAttribute("code");
  82         var parent = element.parentElement;
  83         if (code == "jalview.bin.JalviewLite") {
  84                 var text = element.outerHTML;
  85                 console.log(text);
  86                 var btn = document.createElement("button");
  87                 btn.innerHTML = "Start Jalview";
  88                 var a = element.getAttribute("width");
  89                 btn.style.width = (a || 140) + "px";
  90                 a = element.getAttribute("height");
  91                 btn.style.height = (a || 25) + "px";
  92                 btn.appletElement = element;
  93                 parent.replaceChild(btn, element);
  94                 $(btn).click(testBtn)
  95         } else {
  96                 parent.removeElement(element);
  97         }
  98     }
  99
 100
 101     /**
 102      * Generate an applet tag
 103      *
 104      * @param code
 105      * @param name
 106      * @param archive
 107      * @param width
 108      * @param height
 109      * @param params
 110      * @returns  a DOM APPLET element
 111      */
 112     function createAppletTag(code, name, archive, width, height, params){
 113         var app = document.createElement('applet');
 114         app.code= code;
 115         app.width = width;
 116         app.height = height;
 117         app.archive = archive;
 118
 119         var arrayLength = params.length;
 120         for (var i = 0; i < arrayLength; i++) {
 121             //console.log('name : '+ params[i][0] + ' code : '+ params[i][1]);
 122             var param = document.createElement('param');
 123             param.name = params[i][0];
 124             param.value = params[i][1];
 125             app.appendChild(param);
 126         }
 127         return app;
 128     }
 129
 130     function readCookie(name) {
 131         var nameEQ = name + "=";
 132         var ca = document.cookie.split(';');
 133         for(var i=0;i < ca.length;i++) {
 134             var c = ca[i];
 135             while (c.charAt(0)==' ') c = c.substring(1,c.length);
 136             if (c.indexOf(nameEQ) == 0) return c.substring(nameEQ.length,c.length);
 137         }
 138         return null;
 139     }
 140
 141     function setOrUpdateCookie(name, value, days) {
 142         var expires;
 143         if (days) {
 144             var date = new Date();
 145             date.setTime(date.getTime() + (days * 24 * 60 * 60 * 1000));
 146             expires = "; expires=" + date.toGMTString();
 147         }
 148         else {
 149             expires = "";
 150         }
 151         document.cookie = name + "=" + value + expires + "; path=/";
 152     }
 153
 154    $(function(){
 155         var url = window.location.href;
 156         var end = url.length;
 157         var start = url.lastIndexOf("#");
 158         var newPage = url.substring(start + 1, end);
 159         var page = ((start === -1) ? currentPage : newPage);
 160         //alert("page:" + page);
 161        if(page === "embeddedWJmol"){
 162          // do nothing embeddedWJmol page already include
 163
 164             $('#header').load("includes/header_jv.html");
 165             //$('#content').load(page + ".html");
 166             $('#nav').load("includes/nav_jv.html");
 167             $('#footer').load("includes/footer_jv.html");
 168             $('#'+ currentPage).addClass('active-trail active');
 169         }else{
 170             $('#header').load("includes/header_jv.html");
 171             $('#content').load(page + ".html");
 172             $('#nav').load("includes/nav_jv.html");
 173             $('#footer').load("includes/footer_jv.html");
 174             $('#'+ currentPage).addClass('active-trail active');
 175
 176             var e = document.getElementById("view_decorated");
 177             e.style.display = 'none';
 178         }
 179    });
 180
 181 function doSubmit(target){
 182    var currentPage = target+'.html';
 183    //alert("page:" + target);
 184    if(target == "embeddedWJmol"){
 185       //loadJMolPage();
 186       window.location.href = 'embeddedWJmol.html#' + target;
 187       $('#content').load(currentPage);
 188    }else{
 189       window.location.href = 'index.html#' + target;
 190       $('#content').load(currentPage);
 191    }
 192    updateLinks(target);
 193 }
 194
 195
 196
 197 function updateLinks(target) {
 198     var ul = document.getElementById("menu");
 199     var items = ul.getElementsByTagName("li");
 200     for (var i = 0; i < items.length; ++i) {
 201         removeClass(items[i], "active-trail active");
 202     }
 203    $('#'+ target).addClass('active-trail active');
 204 }
 205
 206 function hasClass(ele,cls) {
 207   return !!ele.className.match(new RegExp('(\\s|^)'+cls+'(\\s|$)'));
 208 }
 209
 210 function addClass(ele,cls) {
 211   if (!hasClass(ele,cls)) ele.className += " "+cls;
 212 }
 213
 214 function removeClass(ele,cls) {
 215   if (hasClass(ele,cls)) {
 216     var reg = new RegExp('(\\s|^)'+cls+'(\\s|$)');
 217     ele.className=ele.className.replace(reg,' ');
 218   }
 219 }
 220