int mappedEndCol = seq.findIndex(mappedEndResidue) - 1;
maxEndCol = maxEndCol == -1 ? mappedEndCol
: Math.max(maxEndCol, mappedEndCol);
int mappedEndCol = seq.findIndex(mappedEndResidue) - 1;
maxEndCol = maxEndCol == -1 ? mappedEndCol
: Math.max(maxEndCol, mappedEndCol);