Merge branch '2_5_1_rna_merge' of https://source.jalview.org/git/jalview into 2_5_1_rna_merge

Sequence name in VARNA windows was not correct (always contained
"consensus-"). The addition of the prefix is therefore moved from
AppVarna to PopUpMenu.

Change-Id: I7e0cd46bce9eee07726678742e5f8046f7f528af

removed old VARNA library

Including of VARNAv-3.9;

Change-Id: Ib55f047ae763999c7db2b601105b6655132ee171

JAL-913; Extending documentation; VARNA help;

Change-Id: If1deae2cf040ac9a28ab770019a0e3040f74daeb

JAL-913; Documentation of RNA Structure Conservation

Change-Id: I695f08d01e4feba87b5c5f15981896f7ee484dd4

JAL-842; Text element containing the structure is not visible anymore
in VARNA;

Change-Id: I589055fe74542eae28bc7a5ff47180eaee83c5a3

JAL-891; Tooltips for Structure logos implemented;

Change-Id: I8601aa5b9b9c50e9c1a7b8f6f39dd6f6e358cf6a

JAL-878; Structures associated to a sequence are available via
Popupmenu;

Change-Id: I20050a77bf494782893d6383f3d2e901cae7d3f1

JAL-891; Labeling of structure conservation is improved a bit.
Brackets instead of 'H'.

Change-Id: I220e86f21e2ff539ab5828bba4c0d07d76777422

JAL-891; Sorting of Structure logo implemented; bug that caused
exception after editing a structure solved (sequences have different
lengths after editing);

Change-Id: If2cb0ea0c683dc99a5df7002a4f9907283ce27cb

avoid NPE for null annotation element columns JAL-896

JAL-885; hasRNAStructure method was introduced to AlignmentI and
Alignment; determines if Alignment contains an RNA structure;
Structure conservation row is just added if yes;

Change-Id: I6fa20f14e54cd656c65f82bc6b68f84d1d6f2c64

JAL-885; Structure conservation row is just added if alignment
isNucleotide(); StructureFrequency.java cleaned;

Change-Id: Ic86908cbea0791e7174b440cc4c7e7b12b978927

JAL-891; base-pair logos can now be activated for structure
conservation row;

Change-Id: Ib3450f328f901eaf12ea094c9c914322f8398a88

JAL-891; structure logo is adapted to two char's; Missing: calculate
bp frequencies and include them in the draw-part;

Change-Id: Ie43edd7a074f6b219c808fa2519d2b88659f30e5

JAL-891; sequence logos are available on structure conservation row
now; has to be adopted to base pair interaction;

Change-Id: I86cf329d794d6ff78cb4bb4c5248cadcc34b2681

JAL-896 - patch to ensure arrows in different directions are visually
distinct. Raises new bug - JAL-897 - test with RF00011 to demonstrate
problem.

JAL-883 - refactored and debugged arrow, stem and helix rendering code

JAL-885; Multi-helix bug is solved; One should think about a more
efficient solution; either by creating a Hashtable of pairs in
StructureFrequency or directly in a RNA class;

Change-Id: I7bd21eb4d952f22579c786f3d78395949fa046d0

JAL-885; StructureConservation row is displayed at the bottom of the
AlignmentPanel; StructureFrequency class was introduced and is called
by thread in AlignViewport that is called by AlignFrame; everything is
according to Conservation-Row

Change-Id: I3753bbb5678147cbc0c9d1d6bc1a4886b0551a59

JAL-885; Implementation of StructureFrequency.java and according
methods in AlignViewport.java; completeConsensus is still missing;

Change-Id: I3678fc75af84aa5a8974faed6b76f47c76a74638

some print statements to test things

Change-Id: I0730499d395e8f84b9cfd9ec2aaaa7283fc4b1fa

JAL-882; VARNA crashed when non-standard gaps where in structure; the
are now replaced with standard gaps before commiting to VARNA in
AppVarna.java

Change-Id: I36b523fb7f1063dc2fa5924cb4569f15e0067df2

JAL-878; Additional structures with a 'GR' tag in StockholmFiles are
associated their specific sequence.

Change-Id: I26913db05bef3983b63397304c97351f5361d61d

JAL-842; toy example to insert nucleotides in sequences in the
AlignmentPanel;

Change-Id: I9901d08b1f06861c4d9b7795a4a935ac040d7b2b

JAL-842; Implement transmitting of Jalview Sequence highlights to
Varna

Change-Id: I8e1fbc375cdcec6cf36a46cdac56800740c42180

JAL-842: some bugfixes;

Change-Id: Ia349eeb750da7b51673a76be805737e4356524e7

JAL-842; Added the TextField to edit structure in VARNA

Change-Id: I93a90da2468c4c6b69570aac9741b286300b6430

JAL-842; trimming single structures for single sequences added;

Change-Id: I041c71aafd0081875b948b9978c2411154033408

JAL-842; Give Varna frames name for window organizer; always display
the consensus structure and the 'trimmed' structure for a sequence;

Change-Id: If4e9b054455de3c0f43967e27fb399df4c23b751

Varna external frame bug solved

Change-Id: Ie60149059d664fb63d6bd99d748c1f34c1b01703

Reorganize the class structure, unfortunately breaks the VARNA-Frame

Change-Id: Ia3dde7af1beb73e9261e49e81afe3e8594c945bb

clean code

Change-Id: I43a5703ed1dee98dbad0b15226dbe21a87fb6ead

Further structure accessing feature

Change-Id: Iec6b7f74fad9e7701a2970c3d1287d6c7b595c38

Changed location of VARNAv3-8b.jar; small changes

Change-Id: I0d0decfd5be63ff6a2a1962145671803bf23129f

jal-842; sequence transmitting to Varna included

Change-Id: Icaeb82a75040a5854658f1d77c6dd9bc57c1a36f

JAL-842, AppVarnaBinding was filled with a minimalistic method to
start a VARNA JFrame like in VARNAGUI, it is called over AppVarna in
the PopupMenu just like Jmol.
TODOs: Check if a sequence/alignments is a RNA; clean the VARNA class
structure; really include the VARNA frame into jalview-desktop

Change-Id: Ia9b4e4ad1caa2d39518d6f862bde8840821808ee

JAL-842, Further creation of VARNA classes (probably to much), filled
AppVarnaBinding with a main-method to test the varna call

Change-Id: I075c9e61bba59fb416b63ff7c7656561eed88baf

Container for VARNA classes are created according to Jmol classes.
Must be filled with VARNA specific content now!, see JAL-842

Change-Id: I526d70ab7bbb3aef81bfbe130ca2cc295a82e4e8

JAL-841; Structure trigger token in jalview.io.Alignmentfile extended
to RNA secondary structure ("S")

Change-Id: If09667335829497fd389d9bc71dfec10a37233df

'Add doc for JalviewRNASupport what was done/todo' merge; JAL-580

Change-Id: I01c765ad11001371129134a1b2cc35c5f44dd1af

'Help files updated with RNA stuff' merge; JAL-580

Change-Id: Ib14678b4f39e99bb8816d744320f9072558ff38c

'Fix Group Colour bug' merge; JAL-580

Change-Id: Ib1bb6b0754b0a9d05353c66c62fc8f7e389d8752

'Update to Covariaton color scheme' merge; JAL-580

Change-Id: Iaf439847f280e8be7336437a8447f3a439098b09

'Add Rfam database sequence retrieval' merged; JAL-580

Change-Id: Ic7de2f4904af47bb04c91ffef4be6c66ff134607

Start merging of Laurens Code

Change-Id: Ic7501daa6075363a8f725ba2c6784cedefa27207

New branch created and author list changed to test the commit-function

Change-Id: I1c210663b6ae530c0dda0ed36b52ebaf4b56d316

todo for JAL-860 - associate multiple sequences with any view which has
one or more of these structures already opened.

applet min/max annotation shading parameter documentation JAL-234

ensure propagation of colour change on annotation update (JAL-868)

fix NPE when annotation colourgradient is applied

code style

default parameter for colours in annotation shading (JAL-234), ensure
dialog is reset correctly (JAL-877), propagate colour changes to
structure (JAL-868)

method to get a user default colour (JAL-234)

retrieve all sequences matching a particular name (JAL-872)

local instance of deployJava script from Sun/Oracle

refined applet example on examples page

better layout and structure display on startup

ensure contents of hash is extended JAL-876

fixed mouseover problem - still need to deal with flickering (JAL-568
and JAL-592)

progress when saving state (JAL-870) and hack to trap possible gui race condition (JAL-869)

documentation for menu item JAL-860

menu item and constructor to open a bunch of structures associated
with the current selection and align them in new Jmol window (JAL-860)

refactored from PopupMenu (for JAL-860)

todo re JAL-732

JAL-868 todo

open each query result from an alignment datasource as a
different alignment (JAL-865)

comment re JAL-153

Set job title correctly and pass reason why
input is invalid back to user (JAL-724, JAL-715)

extract sequence from DNA bases like 'DG' (JAL-866)

ensure selseq is trimmed to just sequences included in view (either all
or just selectedRegionOnly) (JAL-724)

Revert "partial patch for JAL-411 - text rendered above features"

This reverts commit 8f050c10c0bd044493b7537b6c6d119c7c29c986.

partial patch for JAL-411 - text rendered above features

ensure javascript and jmol example directories are synced

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

Revert "Revert "needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)""

This reverts commit 37b210ecad3c132b87c525f84e3b754a4edf12a6.

Revert "needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)"

This reverts commit 9740e237ec7a9accfd02aa6d21fd9be34847e214.

needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)

whole frame should be validated.

ignore any events after manager has already been finalized.

refactor to send list of model filenames involved in each set of Jmol
commands so they can be sent to the correct Jmol. (JAL-816, JAL-621,
JAL-862)

(JAL-856,JAL-621)

new and restructured javascript examples and documentation (JAL-816,
JAL-621,
JAL-856,
JAL-859, JAL-862, JAL-433, JAL-469)

jmb isn't created yet, so use another SSM provider

TODO re JAL-433 - filter events if alignFrame is specified for handler

documentation (JAL-859, JAL-816, JAL-621)

extracted jalviewlite API calls as separate interface (JAL-859)

groovy scripting examples (JAL-???)

javadoc built under dist directory for all Jalview source (JAL-858)

set initial annotation panel height appropriately (JAL-564, JAL-306)

standard embedded jalviewLite example (JAL-815)

documentation and targets for building a working applet examples
directory (JAL-834)

repaint image buffer height change (JAL-564) and ensure annotation panel
height drag events do not result in annotation row reordering (JAL-769)

repaint image buffer resize when panel height changes (JAL-564)

preliminary patch to reduce problem observed in JAL-546

ensure annotation height adjuster doesn't disappear off top of screen on
resize, and fixed some bugs with height calculation for annotation panel
JAL-564

fixes JAL-849 - double check after waiting a bit that there is no more
job output to retrieve from server.

reinstated valid XML content : additional for JAL-775

basic Netbeans project files and enriched build documentation: fixes JAL-848