site/j2s/jalview/datamodel/DBRefSource.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 c$ = Clazz.declareType (jalview.datamodel, "DBRefSource");
   3 Clazz.defineStatics (c$,
   4 "UNIPROT", "UNIPROT");
   5 c$.UP_NAME = c$.prototype.UP_NAME = "UNIPROT_NAME".toUpperCase ();
   6 c$.UNIPROTKB = c$.prototype.UNIPROTKB = "UniProtKB/TrEMBL".toUpperCase ();
   7 c$.EMBLCDSProduct = c$.prototype.EMBLCDSProduct = "EMBLCDSProtein".toUpperCase ();
   8 Clazz.defineStatics (c$,
   9 "PDB", "PDB",
  10 "EMBL", "EMBL",
  11 "EMBLCDS", "EMBLCDS",
  12 "PFAM", "PFAM",
  13 "RFAM", "RFAM");
  14 c$.GENEDB = c$.prototype.GENEDB = "GeneDB".toUpperCase ();
  15 c$.DNACODINGDBS = c$.prototype.DNACODINGDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL, jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS, jalview.datamodel.DBRefSource.GENEDB]);
  16 c$.CODINGDBS = c$.prototype.CODINGDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS, jalview.datamodel.DBRefSource.GENEDB]);
  17 c$.PROTEINDBS = c$.prototype.PROTEINDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROTKB, jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDSProduct]);
  18 c$.PROTEINSEQ = c$.prototype.PROTEINSEQ =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROTKB, jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDSProduct]);
  19 c$.PROTEINSTR = c$.prototype.PROTEINSTR =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.PDB]);
  20 c$.DOMAINDBS = c$.prototype.DOMAINDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM, jalview.datamodel.DBRefSource.RFAM]);
  21 Clazz.defineStatics (c$,
  22 "SEQDB", "SQ",
  23 "DNASEQDB", "NASQ",
  24 "PROTSEQDB", "PROTSQ",
  25 "CODINGSEQDB", "CODING",
  26 "DNACODINGSEQDB", "XONCODING",
  27 "DOMAINDB", "DOMAIN",
  28 "MULTIACC", "MULTIACC",
  29 "ALIGNMENTDB", "ALIGNMENTS");