site/j2s/jalview/io/StockholmFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.StockholmFile", ["com.stevesoft.pat.Regex", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.Mapping", "$.Sequence", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.DBRefUtils", "$.Format", "$.MapList", "$.MessageManager", "java.io.BufferedReader", "$.FileReader", "$.IOException", "java.lang.Character", "$.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable", "$.LinkedHashMap", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.result = null;
   5 this.out = null;
   6 this.al = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.io, "StockholmFile", jalview.io.AlignFile);
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function () {
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.StockholmFile, []);
  12 });
  13 Clazz.makeConstructor (c$,
  14 function (al) {
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.StockholmFile, []);
  16 this.al = al;
  17 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  18 Clazz.defineMethod (c$, "parse_with_VARNA",
  19 function (inFile) {
  20 var fr = null;
  21 fr =  new java.io.FileReader (inFile);
  22 var r =  new java.io.BufferedReader (fr);
  23 this.result = null;
  24 try {
  25 this.result = RNAFactory.loadSecStrStockholm ();
  26 } catch (umcp) {
  27 if (Clazz.exceptionOf (umcp, ExceptionUnmatchedClosingParentheses)) {
  28 this.errormessage = "Unmatched parentheses in annotation. Aborting (" + umcp.getMessage () + ")";
  29 throw  new java.io.IOException (umcp);
  30 } else {
  31 throw umcp;
  32 }
  33 }
  34 var seqs =  new Array (this.result.size ());
  35 var id = null;
  36 for (var i = 0; i < this.result.size (); i++) {
  37 var current = this.result.get (i);
  38 var seq = current.getSeq ();
  39 var rna = current.getStructDBN (true);
  40 var begin = 0;
  41 var end = seq.length - 1;
  42 id = this.safeName (this.getDataName ());
  43 seqs[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (id, seq, begin, end);
  44 var annot =  new Array (rna.length);
  45 var ann =  new Array (rna.length);
  46 for (var j = 0; j < rna.length; j++) {
  47 annot[j] = rna.substring (j, j + 1);
  48 }
  49 for (var k = 0; k < rna.length; k++) {
  50 ann[k] =  new jalview.datamodel.Annotation (annot[k], "", jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState (annot[k]).charAt (0), 0);
  51 }
  52 var align =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Sec. str.", current.getID (), ann);
  53 seqs[i].addAlignmentAnnotation (align);
  54 seqs[i].setRNA (this.result.get (i));
  55 this.annotations.addElement (align);
  56 }
  57 this.setSeqs (seqs);
  58 }, "java.io.File");
  59 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
  60 function () {
  61 var treeString =  new StringBuffer ();
  62 var treeName = null;
  63 var line;
  64 var version;
  65 var seqAnn =  new java.util.Hashtable ();
  66 var seqs =  new java.util.LinkedHashMap ();
  67 var p;
  68 var r;
  69 var rend;
  70 var s;
  71 var x;
  72 r =  new com.stevesoft.pat.Regex ("# STOCKHOLM ([\\d\\.]+)");
  73 if (!r.search (this.nextLine ())) {
  74 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.stockholm_invalid_format"));
  75 } else {
  76 version = r.stringMatched (1);
  77 }rend =  new com.stevesoft.pat.Regex ("^\\s*\\/\\/");
  78 p =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\S+)\\/(\\d+)\\-(\\d+)");
  79 s =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\S+)\\s+(\\S*)\\s+(.*)");
  80 r =  new com.stevesoft.pat.Regex ("#=(G[FSRC]?)\\s+(.*)");
  81 x =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\S+)\\s+(\\S+)");
  82 var openparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|\\[)", "(");
  83 var closeparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(>|\\])", ")");
  84 var detectbrackets =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|>|\\[|\\]|\\(|\\))");
  85 rend.optimize ();
  86 p.optimize ();
  87 s.optimize ();
  88 r.optimize ();
  89 x.optimize ();
  90 openparen.optimize ();
  91 closeparen.optimize ();
  92 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  93 if (line.length == 0) {
  94 continue;
  95 }if (rend.search (line)) {
  96 this.noSeqs = seqs.size ();
  97 var seqdb;
  98 var dbsource = null;
  99 var pf =  new com.stevesoft.pat.Regex ("PF[0-9]{5}(.*)");
 100 var rf =  new com.stevesoft.pat.Regex ("RF[0-9]{5}(.*)");
 101 if (this.getAlignmentProperty ("AC") != null) {
 102 var dbType = this.getAlignmentProperty ("AC").toString ();
 103 if (pf.search (dbType)) {
 104 dbsource = "PFAM";
 105 } else if (rf.search (dbType)) {
 106 dbsource = "RFAM";
 107 }}for (var skey, $skey = seqs.entrySet ().iterator (); $skey.hasNext () && ((skey = $skey.next ()) || true);) {
 108 var acc = skey.getKey ();
 109 var seq = skey.getValue ();
 110 if (this.maxLength < seq.length) {
 111 this.maxLength = seq.length;
 112 }var start = 1;
 113 var end = -1;
 114 var sid = acc;
 115 var accAnnotations = null;
 116 if (seqAnn != null && seqAnn.containsKey (acc)) {
 117 accAnnotations = seqAnn.remove (acc);
 118 }if (p.search (acc)) {
 119 sid = p.stringMatched (1);
 120 start = Integer.parseInt (p.stringMatched (2));
 121 end = Integer.parseInt (p.stringMatched (3));
 122 }var seqO =  new jalview.datamodel.Sequence (sid, seq, start, end);
 123 if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey ("DE")) {
 124 var desc = accAnnotations.get ("DE");
 125 seqO.setDescription ((desc == null) ? "" : desc);
 126 }if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey ("DR")) {
 127 var dbr = accAnnotations.get ("DR");
 128 if (dbr != null && dbr.indexOf (";") > -1) {
 129 var src = dbr.substring (0, dbr.indexOf (";"));
 130 var acn = dbr.substring (dbr.indexOf (";") + 1);
 131 jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, src, "0", acn);
 132 }}if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey ("AC")) {
 133 if (dbsource != null) {
 134 var dbr = accAnnotations.get ("AC");
 135 if (dbr != null) {
 136 this.guessDatabaseFor (seqO, dbr, dbsource);
 137 }}}var features = null;
 138 try {
 139 features = accAnnotations.remove ("features");
 140 } catch (e) {
 141 if (Clazz.exceptionOf (e, NullPointerException)) {
 142 } else {
 143 throw e;
 144 }
 145 }
 146 if (features != null) {
 147 var posmap = seqO.findPositionMap ();
 148 var i = features.keys ();
 149 while (i.hasMoreElements ()) {
 150 var type = i.nextElement ().toString ();
 151 var content = features.remove (type);
 152 var key = jalview.io.StockholmFile.type2id (type);
 153 if (key != null) {
 154 if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey (key)) {
 155 var vv = accAnnotations.get (key);
 156 for (var ii = 0; ii < vv.size (); ii++) {
 157 var an = vv.elementAt (ii);
 158 seqO.addAlignmentAnnotation (an);
 159 this.annotations.add (an);
 160 }
 161 }}var j = content.keys ();
 162 while (j.hasMoreElements ()) {
 163 var desc = j.nextElement ().toString ();
 164 var ns = content.get (desc).toString ();
 165 var byChar = ns.toCharArray ();
 166 for (var k = 0; k < byChar.length; k++) {
 167 var c = byChar[k];
 168 if (!(c == ' ' || c == '_' || c == '-' || c == '.')) {
 169 var new_pos = posmap[k];
 170 var feat =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (type, desc, new_pos, new_pos, 0, null);
 171 seqO.addSequenceFeature (feat);
 172 }}
 173 }
 174 }
 175 }this.seqs.addElement (seqO);
 176 }
 177 return;
 178 } else if (!r.search (line)) {
 179 if (!x.search (line)) {
 180 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.couldnt_parse_sequence_line",  Clazz.newArray (-1, [line])));
 181 }var ns = seqs.get (x.stringMatched (1));
 182 if (ns == null) {
 183 ns = "";
 184 }ns += x.stringMatched (2);
 185 seqs.put (x.stringMatched (1), ns);
 186 } else {
 187 var annType = r.stringMatched (1);
 188 var annContent = r.stringMatched (2);
 189 if (annType.equals ("GF")) {
 190 var an =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\w+)\\s*(.*)");
 191 if (an.search (annContent)) {
 192 if (an.stringMatched (1).equals ("NH")) {
 193 treeString.append (an.stringMatched (2));
 194 } else if (an.stringMatched (1).equals ("TN")) {
 195 if (treeString.length () > 0) {
 196 if (treeName == null) {
 197 treeName = "Tree " + (this.getTreeCount () + 1);
 198 }this.addNewickTree (treeName, treeString.toString ());
 199 }treeName = an.stringMatched (2);
 200 treeString =  new StringBuffer ();
 201 }this.setAlignmentProperty (an.stringMatched (1), an.stringMatched (2));
 202 }} else if (annType.equals ("GS")) {
 203 if (s.search (annContent)) {
 204 var acc = s.stringMatched (1);
 205 var type = s.stringMatched (2);
 206 var content = s.stringMatched (3);
 207 var ann;
 208 if (seqAnn.containsKey (acc)) {
 209 ann = seqAnn.get (acc);
 210 } else {
 211 ann =  new java.util.Hashtable ();
 212 }ann.put (type, content);
 213 seqAnn.put (acc, ann);
 214 } else {
 215 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.error_parsing_line",  Clazz.newArray (-1, [line])));
 216 }} else if (annType.equals ("GC")) {
 217 if (x.search (annContent)) {
 218 jalview.io.StockholmFile.parseAnnotationRow (this.annotations, x.stringMatched (1), x.stringMatched (2));
 219 }} else if (annType.equals ("GR")) {
 220 if (s.search (annContent)) {
 221 var acc = s.stringMatched (1);
 222 var type = s.stringMatched (2);
 223 var seq =  String.instantialize (s.stringMatched (3));
 224 var description = null;
 225 var sep =  new java.util.StringTokenizer (seq, " \t");
 226 description = sep.nextToken ();
 227 if (sep.hasMoreTokens ()) {
 228 seq = sep.nextToken ();
 229 } else {
 230 seq = description;
 231 description =  String.instantialize ();
 232 }var ann;
 233 if (seqAnn.containsKey (acc)) {
 234 ann = seqAnn.get (acc);
 235 } else {
 236 ann =  new java.util.Hashtable ();
 237 seqAnn.put (acc, ann);
 238 }var features;
 239 if (ann.containsKey ("features")) {
 240 features = ann.get ("features");
 241 } else {
 242 features =  new java.util.Hashtable ();
 243 ann.put ("features", features);
 244 }var content;
 245 if (features.containsKey (this.id2type (type))) {
 246 content = features.get (this.id2type (type));
 247 } else {
 248 content =  new java.util.Hashtable ();
 249 features.put (this.id2type (type), content);
 250 }var ns = content.get (description);
 251 if (ns == null) {
 252 ns = "";
 253 }ns += seq;
 254 content.put (description, ns);
 255 var strucAnn;
 256 if (seqAnn.containsKey (acc)) {
 257 strucAnn = seqAnn.get (acc);
 258 } else {
 259 strucAnn =  new java.util.Hashtable ();
 260 }var newStruc =  new java.util.Vector ();
 261 jalview.io.StockholmFile.parseAnnotationRow (newStruc, type, ns);
 262 for (var alan, $alan = newStruc.iterator (); $alan.hasNext () && ((alan = $alan.next ()) || true);) {
 263 alan.visible = false;
 264 }
 265 strucAnn.put (type, newStruc);
 266 seqAnn.put (acc, strucAnn);
 267 } else {
 268 System.err.println ("Warning - couldn't parse sequence annotation row line:\n" + line);
 269 }} else {
 270 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.unknown_annotation_detected",  Clazz.newArray (-1, [annType, annContent])));
 271 }}}
 272 if (treeString.length () > 0) {
 273 if (treeName == null) {
 274 treeName = "Tree " + (1 + this.getTreeCount ());
 275 }this.addNewickTree (treeName, treeString.toString ());
 276 }});
 277 Clazz.defineMethod (c$, "guessDatabaseFor",
 278  function (seqO, dbr, dbsource) {
 279 var dbrf = null;
 280 var dbrs =  new java.util.ArrayList ();
 281 var seqdb = "Unknown";
 282 var sdbac = "" + dbr;
 283 var st = -1;
 284 var en = -1;
 285 var p;
 286 if ((st = sdbac.indexOf ("/")) > -1) {
 287 var num;
 288 var range = sdbac.substring (st + 1);
 289 sdbac = sdbac.substring (0, st);
 290 if ((p = range.indexOf ("-")) > -1) {
 291 p++;
 292 if (p < range.length) {
 293 num = range.substring (p).trim ();
 294 try {
 295 en = Integer.parseInt (num);
 296 } catch (x) {
 297 if (Clazz.exceptionOf (x, NumberFormatException)) {
 298 en = -1;
 299 } else {
 300 throw x;
 301 }
 302 }
 303 }} else {
 304 p = range.length;
 305 }num = range.substring (0, p).trim ();
 306 try {
 307 st = Integer.parseInt (num);
 308 } catch (x) {
 309 if (Clazz.exceptionOf (x, NumberFormatException)) {
 310 st = -1;
 311 } else {
 312 throw x;
 313 }
 314 }
 315 }if (dbsource.equals ("PFAM")) {
 316 seqdb = "UNIPROT";
 317 if (sdbac.indexOf (".") > -1) {
 318 sdbac = sdbac.substring (0, sdbac.indexOf ("."));
 319 dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, seqdb, dbsource, sdbac);
 320 if (dbrf != null) {
 321 dbrs.add (dbrf);
 322 }}dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, dbsource, dbsource, dbr);
 323 if (dbr != null) {
 324 dbrs.add (dbrf);
 325 }} else {
 326 seqdb = "EMBL";
 327 if (sdbac.indexOf (".") > -1) {
 328 sdbac = sdbac.substring (0, sdbac.indexOf ("."));
 329 dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, seqdb, dbsource, sdbac);
 330 if (dbrf != null) {
 331 dbrs.add (dbrf);
 332 }}dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, dbsource, dbsource, dbr);
 333 if (dbrf != null) {
 334 dbrs.add (dbrf);
 335 }}if (st != -1 && en != -1) {
 336 for (var d, $d = dbrs.iterator (); $d.hasNext () && ((d = $d.next ()) || true);) {
 337 var mp =  new jalview.util.MapList ( Clazz.newIntArray (-1, [seqO.getStart (), seqO.getEnd ()]),  Clazz.newIntArray (-1, [st, en]), 1, 1);
 338 var mping =  new jalview.datamodel.Mapping (mp);
 339 d.setMap (mping);
 340 }
 341 }}, "jalview.datamodel.Sequence,~S,~S");
 342 c$.parseAnnotationRow = Clazz.defineMethod (c$, "parseAnnotationRow",
 343 function (annotation, label, annots) {
 344 var convert1;
 345 var convert2 = null;
 346 var openparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|\\[)", "(");
 347 var closeparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(>|\\])", ")");
 348 var detectbrackets =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|>|\\[|\\]|\\(|\\))");
 349 convert1 = openparen.replaceAll (annots);
 350 convert2 = closeparen.replaceAll (convert1);
 351 annots = convert2;
 352 var type = label;
 353 if (label.contains ("_cons")) {
 354 type = (label.indexOf ("_cons") == label.length - 5) ? label.substring (0, label.length - 5) : label;
 355 }var ss = false;
 356 type = jalview.io.StockholmFile.id2type (type);
 357 if (type.equals ("secondary structure")) {
 358 ss = true;
 359 }var els =  new Array (annots.length);
 360 for (var i = 0; i < annots.length; i++) {
 361 var pos = annots.substring (i, i + 1);
 362 var ann;
 363 ann =  new jalview.datamodel.Annotation (pos, "", ' ', 0);
 364 if (ss) {
 365 {
 366 if (detectbrackets.search (pos)) {
 367 ann.secondaryStructure = jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState (pos).charAt (0);
 368 } else {
 369 ann.secondaryStructure = jalview.schemes.ResidueProperties.getDssp3state (pos).charAt (0);
 370 }if (ann.secondaryStructure == pos.charAt (0)) {
 371 ann.displayCharacter = "";
 372 } else {
 373 ann.displayCharacter = " " + ann.displayCharacter;
 374 }}}els[i] = ann;
 375 }
 376 var annot = null;
 377 var e = annotation.elements ();
 378 while (e.hasMoreElements ()) {
 379 annot = e.nextElement ();
 380 if (annot.label.equals (type)) {
 381 break;
 382 }annot = null;
 383 }
 384 if (annot == null) {
 385 annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (type, type, els);
 386 annotation.addElement (annot);
 387 } else {
 388 var anns =  new Array (annot.annotations.length + els.length);
 389 System.arraycopy (annot.annotations, 0, anns, 0, annot.annotations.length);
 390 System.arraycopy (els, 0, anns, annot.annotations.length, els.length);
 391 annot.annotations = anns;
 392 }return annot;
 393 }, "java.util.Vector,~S,~S");
 394 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 395 function (s) {
 396 var max = 0;
 397 var maxid = 0;
 398 var $in = 0;
 399 var dataRef = null;
 400 while (($in < s.length) && (s[$in] != null)) {
 401 var tmp = this.printId (s[$in]);
 402 if (s[$in].getSequence ().length > max) {
 403 max = s[$in].getSequence ().length;
 404 }if (tmp.length > maxid) {
 405 maxid = tmp.length;
 406 }if (s[$in].getDBRef () != null) {
 407 for (var idb = 0; idb < s[$in].getDBRef ().length; idb++) {
 408 if (dataRef == null) {
 409 dataRef =  new java.util.Hashtable ();
 410 }var datAs1 = s[$in].getDBRef ()[idb].getSource ().toString () + " ; " + s[$in].getDBRef ()[idb].getAccessionId ().toString ();
 411 dataRef.put (tmp, datAs1);
 412 }
 413 }$in++;
 414 }
 415 maxid += 9;
 416 var i = 0;
 417 if (this.al.getProperties () != null) {
 418 if (!this.al.getProperties ().isEmpty ()) {
 419 var key = this.al.getProperties ().keys ();
 420 var val = this.al.getProperties ().elements ();
 421 while (key.hasMoreElements ()) {
 422 this.out.append ("#=GF " + key.nextElement () + " " + val.nextElement ());
 423 this.out.append (this.newline);
 424 }
 425 }}if (dataRef != null) {
 426 var en = dataRef.keys ();
 427 while (en.hasMoreElements ()) {
 428 var idd = en.nextElement ();
 429 var type = dataRef.remove (idd);
 430 this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + (maxid - 2) + "s").form ("#=GS " + idd.toString () + " "));
 431 if (type.contains ("PFAM") || type.contains ("RFAM")) {
 432 this.out.append (" AC " + type.substring (type.indexOf (";") + 1));
 433 } else {
 434 this.out.append (" DR " + type + " ");
 435 }this.out.append (this.newline);
 436 }
 437 }while (i < s.length && s[i] != null) {
 438 if (s[i].getDatasetSequence () != null) {
 439 var ds = s[i].getDatasetSequence ();
 440 var alAnot;
 441 var ann;
 442 var annot;
 443 alAnot = s[i].getAnnotation ();
 444 var feature = "";
 445 if (alAnot != null) {
 446 for (var j = 0; j < alAnot.length; j++) {
 447 if (ds.getSequenceFeatures () != null) {
 448 feature = ds.getSequenceFeatures ()[0].type;
 449 }var key = jalview.io.StockholmFile.type2id (feature);
 450 if (key == null) {
 451 continue;
 452 }this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form ("#=GR " + this.printId (s[i]) + " " + key + " "));
 453 ann = alAnot[j].annotations;
 454 var isrna = alAnot[j].isValidStruc ();
 455 var seq = "";
 456 for (var k = 0; k < ann.length; k++) {
 457 seq += this.outputCharacter (key, k, isrna, ann, s[i]);
 458 }
 459 this.out.append (seq);
 460 this.out.append (this.newline);
 461 }
 462 }}this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (this.printId (s[i]) + " "));
 463 this.out.append (s[i].getSequenceAsString ());
 464 this.out.append (this.newline);
 465 i++;
 466 }
 467 var aa;
 468 if (this.al.getAlignmentAnnotation () != null) {
 469 for (var ia = 0; ia < this.al.getAlignmentAnnotation ().length; ia++) {
 470 aa = this.al.getAlignmentAnnotation ()[ia];
 471 if (aa.autoCalculated || !aa.visible || aa.sequenceRef != null) {
 472 continue;
 473 }var seq = "";
 474 var label;
 475 var key = "";
 476 if (aa.label.equals ("seq")) {
 477 label = "seq_cons";
 478 } else {
 479 key = jalview.io.StockholmFile.type2id (aa.label.toLowerCase ());
 480 if (key == null) {
 481 label = aa.label;
 482 } else {
 483 label = key + "_cons";
 484 }}if (label == null) {
 485 label = aa.label;
 486 }label = label.$replace (" ", "_");
 487 this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form ("#=GC " + label + " "));
 488 var isrna = aa.isValidStruc ();
 489 for (var j = 0; j < aa.annotations.length; j++) {
 490 seq += this.outputCharacter (key, j, isrna, aa.annotations, null);
 491 }
 492 this.out.append (seq);
 493 this.out.append (this.newline);
 494 }
 495 }return this.out.toString ();
 496 }, "~A");
 497 Clazz.defineMethod (c$, "outputCharacter",
 498  function (key, k, isrna, ann, sequenceI) {
 499 var seq = ' ';
 500 var annot = ann[k];
 501 var ch = (annot == null) ? ((sequenceI == null) ? "-" : Character.toString (sequenceI.getCharAt (k))) : annot.displayCharacter;
 502 if (key != null && key.equals ("SS")) {
 503 if (annot == null) {
 504 return sequenceI == null ? '-' : sequenceI.getCharAt (k);
 505 } else {
 506 if (annot.secondaryStructure > ' ' && ch.length < 2) {
 507 return annot.secondaryStructure;
 508 }}}if (ch.length == 0) {
 509 seq = '.';
 510 } else if (ch.length == 1) {
 511 seq = ch.charAt (0);
 512 } else if (ch.length > 1) {
 513 seq = ch.charAt (1);
 514 }return seq;
 515 }, "~S,~N,~B,~A,jalview.datamodel.SequenceI");
 516 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 517 function () {
 518 this.out =  new StringBuffer ();
 519 this.out.append ("# STOCKHOLM 1.0");
 520 this.out.append (this.newline);
 521 this.print (this.getSeqsAsArray ());
 522 this.out.append ("//");
 523 this.out.append (this.newline);
 524 return this.out.toString ();
 525 });
 526 c$.id2type = Clazz.defineMethod (c$, "id2type",
 527 function (id) {
 528 if (jalview.io.StockholmFile.typeIds.containsKey (id)) {
 529 return jalview.io.StockholmFile.typeIds.get (id);
 530 }System.err.println ("Warning : Unknown Stockholm annotation type code " + id);
 531 return id;
 532 }, "~S");
 533 c$.type2id = Clazz.defineMethod (c$, "type2id",
 534 function (type) {
 535 var key = null;
 536 var e = jalview.io.StockholmFile.typeIds.keys ();
 537 while (e.hasMoreElements ()) {
 538 var ll = e.nextElement ();
 539 if (jalview.io.StockholmFile.typeIds.get (ll).toString ().equals (type)) {
 540 key = ll;
 541 break;
 542 }}
 543 if (key != null) {
 544 return key;
 545 }System.err.println ("Warning : Unknown Stockholm annotation type: " + type);
 546 return key;
 547 }, "~S");
 548 Clazz.defineMethod (c$, "safeName",
 549  function (dataName) {
 550 var b = 0;
 551 while ((b = dataName.indexOf ("/")) > -1 && b < dataName.length) {
 552 dataName = dataName.substring (b + 1).trim ();
 553 }
 554 var e = (dataName.length - dataName.indexOf (".")) + 1;
 555 dataName = dataName.substring (1, e).trim ();
 556 return dataName;
 557 }, "~S");
 558 Clazz.defineStatics (c$,
 559 "typeIds", null);
 560 {
 561 if (jalview.io.StockholmFile.typeIds == null) {
 562 jalview.io.StockholmFile.typeIds =  new java.util.Hashtable ();
 563 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("SS", "secondary structure");
 564 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("SA", "surface accessibility");
 565 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("TM", "transmembrane");
 566 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("PP", "posterior probability");
 567 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("LI", "ligand binding");
 568 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("AS", "active site");
 569 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("IN", "intron");
 570 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("IR", "interacting residue");
 571 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("AC", "accession");
 572 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("OS", "organism");
 573 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("CL", "class");
 574 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("DE", "description");
 575 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("DR", "reference");
 576 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("LO", "look");
 577 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("RF", "reference positions");
 578 }}});