site/j2s/jalview/workers/StrucConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.StrucConsensusThread", ["jalview.analysis.StructureFrequency"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.rnaStruc = null;
   5 this.strucConsensus = null;
   6 this.hStrucConsensus = null;
   7 this.nseq = -1;
   8 this.aa = null;
   9 this.arr = null;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.workers, "StrucConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker",
  13 function () {
  14 return  new jalview.workers.StrucConsensusThread (this.alignViewport, this.ap);
  15 });
  16 Clazz.overrideMethod (c$, "run1",
  17 function (state) {
  18 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  19 this.abortAndDestroy ();
  20 return;
  21 }while (!Thread.interrupted ()) {
  22 try {
  23 switch (state) {
  24 case 0:
  25 if (this.calcMan.isPending (this)) return;
  26 this.calcMan.notifyStart (this);
  27 state = 3;
  28 break;
  29 case 3:
  30 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  31 if (this.ap != null) {
  32 this.ap.paintAlignment (false);
  33 }try {
  34 if (this.sleepAndReturn (200, state)) return;
  35 } catch (e) {
  36 if (Clazz.exceptionOf (e, InterruptedException)) {
  37 state = 2;
  38 break;
  39 } else {
  40 throw e;
  41 }
  42 }
  43 }
  44 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  45 this.abortAndDestroy ();
  46 state = 2;
  47 break;
  48 }this.alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  49 this.aWidth = -1;
  50 if (this.alignment == null || (this.aWidth = this.alignment.getWidth ()) < 0) {
  51 state = 2;
  52 }this.strucConsensus = this.alignViewport.getAlignmentStrucConsensusAnnotation ();
  53 this.hStrucConsensus = this.alignViewport.getRnaStructureConsensusHash ();
  54 this.strucConsensus.annotations = null;
  55 this.strucConsensus.annotations =  new Array (this.aWidth);
  56 this.hStrucConsensus =  new Array (this.aWidth);
  57 this.aa = this.alignViewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  58 for (var i = 0; i < this.aa.length; i++) {
  59 if (this.aa[i].getRNAStruc () != null && this.aa[i].isValidStruc ()) {
  60 this.rnaStruc = this.aa[i];
  61 break;
  62 }}
  63 if (this.rnaStruc == null || !this.rnaStruc.isValidStruc ()) {
  64 this.calcMan.workerComplete (this);
  65 return;
  66 }this.arr = this.alignment.getSequencesArray ();
  67 this.nseq = this.arr.length;
  68 state = 4;
  69 break;
  70 case 4:
  71 this.iFirst = this.iLast;
  72 this.iLast = Math.min (this.iLast + this.nPer, this.aWidth);
  73 if (this.iLast == this.iFirst) {
  74 state = 2;
  75 } else {
  76 jalview.analysis.StructureFrequency.calculate (this.arr, 0, this.alignment.getWidth (), this.hStrucConsensus, true, this.rnaStruc);
  77 if (this.sleepAndReturn (0, state)) return;
  78 }break;
  79 case 2:
  80 this.alignViewport.setRnaStructureConsensusHash (this.hStrucConsensus);
  81 this.updateResultAnnotation (true);
  82 if (this.alignViewport.getGlobalColourScheme () != null) {
  83 this.alignViewport.getGlobalColourScheme ().setConsensus (this.hStrucConsensus);
  84 }this.notifyDone ();
  85 return;
  86 }
  87 } catch (e$$) {
  88 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {
  89 var error = e$$;
  90 {
  91 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  92 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating RNA structure consensus", error);
  93 }
  94 } else {
  95 var e = e$$;
  96 {
  97 System.out.println ("Error in ConsensusThread: " + e);
  98 e.printStackTrace ();
  99 this.calcMan.workerComplete (this);
 100 }
 101 }
 102 }
 103 }
 104 }, "~N");
 105 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
 106 function () {
 107 this.updateResultAnnotation (false);
 108 });
 109 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
 110 function (immediate) {
 111 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && this.strucConsensus != null && this.hStrucConsensus != null) {
 112 jalview.analysis.StructureFrequency.completeConsensus (this.strucConsensus, this.hStrucConsensus, 0, this.hStrucConsensus.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), this.nseq);
 113 }}, "~B");
 114 });