unused/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.GraphLine;\r
  24 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;\r
  25 import jalview.schemes.GraduatedColor;\r
  26 import jalview.util.MessageManager;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.JCheckBox;\r
  29 import java.awt.Color;\r
  30 import java.awt.Dimension;\r
  31 import java.awt.FlowLayout;\r
  32 import java.awt.Font;\r
  33 import javax.swing.JFrame;\r
  34 import java.awt.GridLayout;\r
  35 import javax.swing.JLabel;\r
  36 import javax.swing.JPanel;\r
  37 import javax.swing.JScrollBar;\r
  38 import javax.swing.JTextField;\r
  39 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  40 import java.awt.event.ActionListener;\r
  41 import java.awt.event.AdjustmentEvent;\r
  42 import java.awt.event.AdjustmentListener;\r
  43 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  44 import java.awt.event.ItemListener;\r
  45 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  46 import java.awt.event.MouseListener;\r
  47 import java.util.Hashtable;\r
  48 \r
  49 public class FeatureColourChooser extends JPanel implements ActionListener,\r
  50         AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener\r
  51 {\r
  52   JVDialog frame;\r
  53 \r
  54   JFrame owner;\r
  55 \r
  56   FeatureRenderer fr;\r
  57 \r
  58   FeatureSettings fs = null;\r
  59 \r
  60   // AlignmentPanel ap;\r
  61 \r
  62   GraduatedColor cs;\r
  63 \r
  64   Object oldcs;\r
  65 \r
  66   Hashtable oldgroupColours;\r
  67 \r
  68   boolean adjusting = false;\r
  69 \r
  70   private float min, max;\r
  71 \r
  72   String type = null;\r
  73 \r
  74   private AlignFrame af = null;\r
  75 \r
  76   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)\r
  77   {\r
  78     this.af = af;\r
  79     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)\r
  83   {\r
  84     this.fs = fsettings;\r
  85     init(fsettings.fr, type);\r
  86     // this.ap = fsettings.ap;\r
  87   }\r
  88 \r
  89   private void init(FeatureRenderer frenderer, String type)\r
  90   {\r
  91     this.type = type;\r
  92     fr = frenderer;\r
  93     float mm[] = ((float[][]) fr.getMinMax().get(type))[0];\r
  94     min = mm[0];\r
  95     max = mm[1];\r
  96     oldcs = fr.getFeatureColours().get(type);\r
  97     if (oldcs instanceof GraduatedColor)\r
  98     {\r
  99       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);\r
 100     }\r
 101     else\r
 102     {\r
 103       // promote original color to a graduated color\r
 104       Color bl = Color.black;\r
 105       if (oldcs instanceof Color)\r
 106       {\r
 107         bl = (Color) oldcs;\r
 108       }\r
 109       // original colour becomes the maximum colour\r
 110       cs = new GraduatedColor(Color.white, bl, mm[0], mm[1]);\r
 111     }\r
 112     minColour.setBackground(cs.getMinColor());\r
 113     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());\r
 114     minColour.setForeground(cs.getMinColor());\r
 115     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());\r
 116     colourFromLabel.setSelected(cs.isColourByLabel());\r
 117     adjusting = true;\r
 118 \r
 119     try\r
 120     {\r
 121       jbInit();\r
 122     } catch (Exception ex)\r
 123     {\r
 124     }\r
 125     threshold\r
 126             .select(cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0\r
 127                     : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1\r
 128                             : 2);\r
 129 \r
 130     adjusting = false;\r
 131     changeColour();\r
 132     colourFromLabel.addItemListener(this);\r
 133     slider.addAdjustmentListener(this);\r
 134     slider.addMouseListener(this);\r
 135     owner = (af != null) ? af : fs.frame;\r
 136     frame = new JVDialog(owner, MessageManager.formatMessage(\r
 137             "label.graduated_color_for_params", new String[]\r
 138             { type }), true, 480, 248);\r
 139     frame.setMainPanel(this);\r
 140     validate();\r
 141     frame.setVisible(true);\r
 142     if (frame.accept)\r
 143     {\r
 144       changeColour();\r
 145     }\r
 146     else\r
 147     {\r
 148       // cancel\r
 149       reset();\r
 150       PaintRefresher.Refresh(this, fr.getViewport().getSequenceSetId());\r
 151       frame.setVisible(false);\r
 152     }\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public FeatureColourChooser()\r
 156   {\r
 157     try\r
 158     {\r
 159       jbInit();\r
 160     } catch (Exception ex)\r
 161     {\r
 162       ex.printStackTrace();\r
 163     }\r
 164   }\r
 165 \r
 166   private void jbInit() throws Exception\r
 167   {\r
 168     JLabel minLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.min")), maxLabel = new JLabel(\r
 169             MessageManager.getString("label.max"));\r
 170     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 171     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 172     // minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 173     // minColour.setLabel("Min Colour");\r
 174 \r
 175     minColour.setBounds(0, 0, 40, 27);\r
 176     maxColour.setBounds(0, 0, 40, 27);\r
 177     minColour.addMouseListener(this);\r
 178 \r
 179     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 180     maxColour.addMouseListener(this);\r
 181 \r
 182     thresholdIsMin.addItemListener(this);\r
 183 \r
 184     this.setLayout(new GridLayout(4, 1));\r
 185     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());\r
 186     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());\r
 187     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1, 1));\r
 188     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());\r
 189     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 190     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 191     jPanel4.setBackground(Color.white);\r
 192     threshold.addItemListener(this);\r
 193     threshold.addItem(MessageManager\r
 194             .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));\r
 195     threshold.addItem(MessageManager\r
 196             .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));\r
 197     threshold.addItem(MessageManager\r
 198             .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));\r
 199     thresholdValue.addActionListener(this);\r
 200     slider.setBackground(Color.white);\r
 201     slider.setEnabled(false);\r
 202     slider.setSize(new Dimension(93, 21));\r
 203     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 204     thresholdValue.setSize(new Dimension(79, 22)); // setBounds(new\r
 205                                                    // Rectangle(248, 2, 79,\r
 206                                                    // 22));\r
 207     thresholdValue.setColumns(5);\r
 208     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 209 \r
 210     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 211     colourFromLabel.setLabel(MessageManager\r
 212             .getString("label.colour_by_label"));\r
 213     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139, 22));\r
 214     // threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));\r
 215     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);\r
 216     thresholdIsMin.setLabel(MessageManager\r
 217             .getString("label.threshold_minmax"));\r
 218     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135, 23));\r
 219     // thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));\r
 220     jPanel1.add(minLabel);\r
 221     jPanel1.add(minColour);\r
 222     jPanel1.add(maxLabel);\r
 223     jPanel1.add(maxColour);\r
 224     jPanel1.add(colourFromLabel);\r
 225     jPanel2.add(threshold);\r
 226     jPanel3.add(slider);\r
 227     jPanel4.add(thresholdValue);\r
 228     jPanel4.add(thresholdIsMin);\r
 229     this.add(jPanel1);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 230     this.add(jPanel2);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 231     this.add(jPanel3);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 232     this.add(jPanel4);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 233   }\r
 234 \r
 235   JPanel minColour = new JPanel();\r
 236 \r
 237   JPanel maxColour = new JPanel();\r
 238 \r
 239   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 240 \r
 241   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 242 \r
 243   Choice threshold = new Choice();\r
 244 \r
 245   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 246 \r
 247   JPanel jPanel4 = new JPanel();\r
 248 \r
 249   JScrollBar slider = new JScrollBar(JScrollBar.HORIZONTAL);\r
 250 \r
 251   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 252 \r
 253   // BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 254 \r
 255   JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();\r
 256 \r
 257   JCheckBox colourFromLabel = new JCheckBox();\r
 258 \r
 259   private GraphLine threshline;\r
 260 \r
 261   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 262   {\r
 263     if (evt.getSource() == thresholdValue)\r
 264     {\r
 265       try\r
 266       {\r
 267         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();\r
 268         slider.setValue((int) (f * 1000));\r
 269         adjustmentValueChanged(null);\r
 270       } catch (NumberFormatException ex)\r
 271       {\r
 272       }\r
 273     }\r
 274     else if (evt.getSource() == minColour)\r
 275     {\r
 276       minColour_actionPerformed(null);\r
 277     }\r
 278     else if (evt.getSource() == maxColour)\r
 279     {\r
 280       maxColour_actionPerformed(null);\r
 281     }\r
 282     else\r
 283     {\r
 284       changeColour();\r
 285     }\r
 286   }\r
 287 \r
 288   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 289   {\r
 290     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.isSelected());\r
 291     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.isSelected());\r
 292     changeColour();\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 296   {\r
 297     if (!adjusting)\r
 298     {\r
 299       thresholdValue.setText((slider.getValue() / 1000f) + "");\r
 300       valueChanged();\r
 301     }\r
 302   }\r
 303 \r
 304   protected void valueChanged()\r
 305   {\r
 306     threshline.value = slider.getValue() / 1000f;\r
 307     cs.setThresh(threshline.value);\r
 308     changeColour();\r
 309     PaintRefresher.Refresh(this, fr.getViewport().getSequenceSetId());\r
 310     // ap.paintAlignment(false);\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 314   {\r
 315     if (newCol == null)\r
 316     {\r
 317       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,\r
 318               minColour.getBackground(), owner,\r
 319               MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value")); // frame.owner,\r
 320     }\r
 321     else\r
 322     {\r
 323       minColour.setBackground(newCol);\r
 324       minColour.setForeground(newCol);\r
 325       minColour.repaint();\r
 326       changeColour();\r
 327     }\r
 328 \r
 329   }\r
 330 \r
 331   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)\r
 332   {\r
 333     if (newCol == null)\r
 334     {\r
 335 \r
 336       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,\r
 337       // "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);\r
 338       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,\r
 339               maxColour.getBackground(), owner,\r
 340               MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"));\r
 341     }\r
 342     else\r
 343     {\r
 344       maxColour.setBackground(newCol);\r
 345       maxColour.setForeground(newCol);\r
 346       maxColour.repaint();\r
 347       changeColour();\r
 348     }\r
 349   }\r
 350 \r
 351   void changeColour()\r
 352   {\r
 353     // Check if combobox is still adjusting\r
 354     if (adjusting)\r
 355     {\r
 356       return;\r
 357     }\r
 358 \r
 359     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;\r
 360     if (threshold.getSelectedIndex() == 1)\r
 361     {\r
 362       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 363     }\r
 364     else if (threshold.getSelectedIndex() == 2)\r
 365     {\r
 366       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 367     }\r
 368 \r
 369     slider.setEnabled(true);\r
 370     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 371     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(),\r
 372             maxColour.getBackground(), min, max);\r
 373 \r
 374     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.isSelected());\r
 375     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.isSelected());\r
 376     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.isSelected());\r
 377     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 378     {\r
 379       slider.setEnabled(false);\r
 380       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 381       thresholdValue.setText("");\r
 382     }\r
 383 \r
 384     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD\r
 385             && threshline == null)\r
 386     {\r
 387       // todo visual indication of feature threshold\r
 388       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f,\r
 389               "Threshold", Color.black);\r
 390     }\r
 391 \r
 392     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 393     {\r
 394       adjusting = true;\r
 395       acg.setThresh(threshline.value);\r
 396 \r
 397       float range = max * 1000f - min * 1000f;\r
 398 \r
 399       slider.setMinimum((int) (min * 1000));\r
 400       slider.setMaximum((int) (max * 1000));\r
 401       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));\r
 402       thresholdValue.setText(threshline.value + "");\r
 403       slider.setEnabled(true);\r
 404       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 405       adjusting = false;\r
 406     }\r
 407 \r
 408     acg.setThreshType(aboveThreshold);\r
 409     if (thresholdIsMin.isSelected()\r
 410             && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 411     {\r
 412       if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)\r
 413       {\r
 414         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);\r
 415       }\r
 416       else\r
 417       {\r
 418         acg = new GraduatedColor(acg, min, threshline.value);\r
 419       }\r
 420     }\r
 421 \r
 422     fr.setColour(type, acg);\r
 423     cs = acg;\r
 424     PaintRefresher.Refresh(this, fr.getViewport().getSequenceSetId());\r
 425     // ap.paintAlignment(false);\r
 426   }\r
 427 \r
 428   void reset()\r
 429   {\r
 430     fr.setColour(type, oldcs);\r
 431     PaintRefresher.Refresh(this, fr.getViewport().getSequenceSetId());\r
 432     // ap.paintAlignment(true);\r
 433 \r
 434   }\r
 435 \r
 436   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 437   {\r
 438   }\r
 439 \r
 440   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 441   {\r
 442   }\r
 443 \r
 444   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 445   {\r
 446     if (evt.getSource() == minColour || evt.getSource() == maxColour)\r
 447     {\r
 448       // relay the event\r
 449       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));\r
 450     }\r
 451     else\r
 452     {\r
 453       PaintRefresher.Refresh(this, fr.getViewport().getSequenceSetId());\r
 454     }\r
 455     // ap.paintAlignment(true);\r
 456   }\r
 457 \r
 458   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 459   {\r
 460   }\r
 461 \r
 462   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 463   {\r
 464   }\r
 465 \r
 466 }\r