unused/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;\r
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;\r
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  27 import jalview.util.MessageManager;\r
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.JButton;\r
  31 import javax.swing.JCheckBox;\r
  32 import java.awt.Font;\r
  33 import javax.swing.JFrame;\r
  34 import java.awt.GridLayout;\r
  35 import javax.swing.JLabel;\r
  36 import javax.swing.JPanel;\r
  37 import java.awt.Rectangle;\r
  38 import javax.swing.JTextField;\r
  39 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  40 import java.awt.event.ActionListener;\r
  41 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  42 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  43 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  44 import java.util.Vector;\r
  45 \r
  46 public class Finder extends JPanel implements ActionListener\r
  47 {\r
  48   AlignmentViewport av;\r
  49 \r
  50   AlignmentPanel ap;\r
  51 \r
  52   JFrame frame;\r
  53 \r
  54   SearchResults searchResults;\r
  55 \r
  56   int seqIndex = 0;\r
  57 \r
  58   int resIndex = -1;\r
  59 \r
  60   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  61   {\r
  62     try\r
  63     {\r
  64       jbInit();\r
  65 \r
  66     } catch (Exception e)\r
  67     {\r
  68       e.printStackTrace();\r
  69     }\r
  70 \r
  71     this.av = ap.av;\r
  72     this.ap = ap;\r
  73     frame = new JFrame();\r
  74     frame.add(this);\r
  75     JalviewLite.addFrame(frame,\r
  76             MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);\r
  77     frame.repaint();\r
  78     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  79     {\r
  80       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  81       {\r
  82         ap.highlightSearchResults(null);\r
  83       }\r
  84     });\r
  85     textfield.requestFocus();\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  89   {\r
  90     if (evt.getSource() == textfield)\r
  91     {\r
  92       doSearch(false);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  96     {\r
  97       doSearch(false);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     else if (evt.getSource() == findAll)\r
 101     {\r
 102       resIndex = -1;\r
 103       seqIndex = 0;\r
 104       doSearch(true);\r
 105     }\r
 106     else if (evt.getSource() == createNewGroup)\r
 107     {\r
 108       createNewGroup_actionPerformed();\r
 109     }\r
 110   }\r
 111 \r
 112   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
 113   {\r
 114     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];\r
 115     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults\r
 116             .getSize()];\r
 117 \r
 118     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)\r
 119     {\r
 120       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);\r
 121 \r
 122       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),\r
 123               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),\r
 124               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");\r
 125     }\r
 126 \r
 127     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,\r
 128             features, true, ap))\r
 129     {\r
 130       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 131       av.setShowSequenceFeatures(true);\r
 132       ap.highlightSearchResults(null);\r
 133     }\r
 134   }\r
 135 \r
 136   void doSearch(boolean findAll)\r
 137   {\r
 138     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)\r
 139     {\r
 140       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;\r
 141       av = ap.av;\r
 142     }\r
 143     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 144     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(\r
 145             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);\r
 146     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());\r
 147     finder.setIncludeDescription(searchDescription.isSelected());\r
 148     finder.setFindAll(findAll);\r
 149 \r
 150     String searchString = textfield.getText();\r
 151 \r
 152     finder.find(searchString);\r
 153     seqIndex = finder.getSeqIndex();\r
 154     resIndex = finder.getResIndex();\r
 155     searchResults = finder.getSearchResults();\r
 156     Vector idMatch = finder.getIdMatch();\r
 157     boolean haveResults = false;\r
 158     // set or reset the GUI\r
 159     if ((idMatch.size() > 0))\r
 160     {\r
 161       haveResults = true;\r
 162       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 163     }\r
 164     else\r
 165     {\r
 166       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);\r
 167     }\r
 168 \r
 169     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 170     {\r
 171       haveResults = true;\r
 172       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 173 \r
 174     }\r
 175     else\r
 176     {\r
 177       searchResults = null;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in\r
 181     // seqCanvas\r
 182     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 183     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or\r
 184     // 'SelectRegion' selection\r
 185     if (!haveResults)\r
 186     {\r
 187       ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager\r
 188               .getString("label.finished_searching"));\r
 189       resIndex = -1;\r
 190       seqIndex = 0;\r
 191     }\r
 192     else\r
 193     {\r
 194       if (findAll)\r
 195       {\r
 196         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()\r
 197                 + " IDs" : "";\r
 198         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null\r
 199                 && searchResults.getSize() > 0)\r
 200         {\r
 201           message += " and ";\r
 202         }\r
 203         if (searchResults != null)\r
 204         {\r
 205           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";\r
 206         }\r
 207         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(\r
 208                 "label.search_results", new String[]\r
 209                 { searchString, message }));\r
 210 \r
 211       }\r
 212       else\r
 213       {\r
 214         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar\r
 215         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(\r
 216                 "label.found_match_for", new String[]\r
 217                 { searchString }));\r
 218       }\r
 219     }\r
 220   }\r
 221 \r
 222   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 223 \r
 224   protected JTextField textfield = new JTextField();\r
 225 \r
 226   protected JButton findAll = new JButton();\r
 227 \r
 228   protected JButton findNext = new JButton();\r
 229 \r
 230   JPanel actionsPanel = new JPanel();\r
 231 \r
 232   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 233 \r
 234   protected JButton createNewGroup = new JButton();\r
 235 \r
 236   JCheckBox caseSensitive = new JCheckBox();\r
 237 \r
 238   JCheckBox searchDescription = new JCheckBox();\r
 239 \r
 240   private void jbInit() throws Exception\r
 241   {\r
 242     jLabel1.setFont(new Font("Verdana", 0, 12));\r
 243     jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));\r
 244     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 245     this.setLayout(null);\r
 246     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 247     textfield.setText("");\r
 248     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 17, 133, 21));\r
 249     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()\r
 250     {\r
 251       public void keyTyped(KeyEvent e)\r
 252       {\r
 253         textfield_keyTyped(e);\r
 254       }\r
 255     });\r
 256     textfield.addActionListener(this);\r
 257     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 258     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));\r
 259     findAll.addActionListener(this);\r
 260     findNext.setEnabled(false);\r
 261     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 262     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));\r
 263     findNext.addActionListener(this);\r
 264     actionsPanel.setBounds(new Rectangle(195, 5, 141, 64));\r
 265     actionsPanel.setLayout(gridLayout1);\r
 266     gridLayout1.setHgap(0);\r
 267     gridLayout1.setRows(3);\r
 268     gridLayout1.setVgap(2);\r
 269     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 270     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 271     createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));\r
 272     createNewGroup.addActionListener(this);\r
 273     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));\r
 274     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(30, 39, 126, 23));\r
 275 \r
 276     searchDescription.setLabel(MessageManager\r
 277             .getString("label.include_description"));\r
 278     searchDescription.setBounds(new Rectangle(30, 59, 170, 23));\r
 279     actionsPanel.add(findNext, null);\r
 280     actionsPanel.add(findAll, null);\r
 281     actionsPanel.add(createNewGroup, null);\r
 282     this.add(caseSensitive);\r
 283     this.add(textfield, null);\r
 284     this.add(jLabel1, null);\r
 285     this.add(actionsPanel, null);\r
 286     this.add(searchDescription);\r
 287   }\r
 288 \r
 289   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)\r
 290   {\r
 291     findNext.setEnabled(true);\r
 292   }\r
 293 \r
 294 }\r