sources/alscript/doc/alscript/section3_13.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> The MASK command family</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html277 HREF=subsection3_13_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html275 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html269 HREF=section3_12.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html279 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html278 HREF=subsection3_13_1.html> Summary of mask </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html276 HREF=alscript.html>No Title</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html270 HREF=section3_12.html> Using Colour</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H1><A NAME=SECTION00013000000000000000> The MASK command family</A></H1>
  11 <P>
  12 The idea behind the MASK command is to build up a set of character
  13 positions that will subsequently be boxed, shaded, set in a particular
  14 font, etc.  For example, lets say we want to box the most frequently
  15 occuring character at each position in an alignment.
  16 <P>
  17 The command
  18 <P>
  19 mask SETUP
  20 <P>
  21 tells ALSCRIPT to prepare a mask.
  22 <P>
  23 mask FRE ALL
  24 <P>
  25 specifies that the most frequently occuring character at each position
  26 in the alignment will be masked.  This command can be restricted to a
  27 region of the alignment using: mask FRE sx sy ex ey, where sx etc
  28 define the region in the same way as for font_region  and other commands.
  29 <P>
  30 mask BOX ALL
  31 <P>
  32 Tells ALSCRIPT to create the boxing lines that will separate the masked
  33 characters from non-masked characters - this command may also be
  34 restricted to a region of the alignment.
  35 <P>
  36 The mask can be reset for re-use using the command:
  37 <P>
  38 mask RESET
  39 <P>
  40 Two further commands define which characters can be used when
  41 calculating the mask.  This allows gap-characters, or other amino acids
  42 to be excluded from the calculation to avoid unwanted boxing.
  43 <P>
  44 mask LEGAL &quot;AVLI&quot;
  45 <P>
  46 defines the AVL and I as the only characters that will be used when
  47 calculating the mask.
  48 <P>
  49 mask ILLEGAL &quot;.-_&quot;
  50 <P>
  51 defines .- and _ as characters that will not be used when calculating
  52 the mask.  NOTE:  the blank character &quot; &quot; cannot be defined in this way.
  53 To avoid boxing &quot; &quot; characters substitute blanks for something else
  54 (using SUB_CHARS), calculate the mask, then substitute back.
  55 <P>
  56 <HR>
  57 <UL>
  58 <LI> <A NAME=tex2html280 HREF=subsection3_13_1.html#SECTION00013100000000000000> Summary of mask commands</A>
  59 </UL>
  60 <HR>
  61
  62 </BODY>
  63 <P><ADDRESS>
  64 gjb@bioch.ox.ac.uk
  65 </ADDRESS>