sources/alscript/doc/alscript/section3_7.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> Brief Description of ALSCRIPT</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html155 HREF=section3_8.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html153 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html147 HREF=section3_6.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html157 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html156 HREF=section3_8.html> New Features in </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html154 HREF=alscript.html>No Title</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html148 HREF=section3_6.html> Installing ALSCRIPT</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H1><A NAME=SECTION0007000000000000000> Brief Description of ALSCRIPT</A></H1>
  11 <P>
  12 ALSCRIPT takes a multiple sequence alignment in AMPS (Barton &Sternberg, 1987, Barton, 1990) block-file format and a set of
  13 formatting commands and produces a PostScript file that may be printed
  14 on a PostScript laser printer, or viewed using a PostScript previewer
  15 (e.g. Sun Microsystem's PageView program).  CLUSTAL and GCG format
  16 multiple alignment files may also be used (see below).  ALSCRIPT is NOT a
  17 multiple sequence alignment program, nor is it an alignment editor.
  18 <P>
  19 Given a block-file and pointsize (character width/height), ALSCRIPT
  20 calculates how many  residues can be fitted across the page, and how
  21 many sequences will fit down the page, it then  prints the  alignment at
  22 the chosen pointsize on as many pages as are needed.  Running ALSCRIPT  with
  23 a smaller or larger pointsize will automatically re-scale the alignment
  24 to fit on fewer or more pages as appropriate.  The actual page
  25 dimensions may be re-set to any value, so if you  have access to an A3
  26 PostScript printer, or typesetting machine, alignments can readily be
  27 scaled to maximise the available space.
  28 <P>
  29 Each output page has three basic regions.  The left hand edge contains
  30 identifier codes for each sequence.  The main part of the page holds the
  31 alignment, and the top part, the position numbers and tick marks.  ALSCRIPT
  32 commands make use of a character coordinate system for font  changes,
  33 and other formatting commands. Thus, any residue  in the alignment may
  34 be referred to by its sequence  position number (x-axis) and sequence
  35 number  (y-axis), similarly, ranges of residue positions, or sequences
  36 may also be defined in the  character coordinate system.
  37 <P>
  38 The basic ALSCRIPT commands allow the following functionality:
  39 <P>
  40 Fonts:  Any PostScript font at any size may be defined and used on
  41 individual residues,  regions or identifier codes.
  42 <P>
  43 Boxing: Simple rectangular boxes may be drawn around any part of the
  44 alignment.  Particular  residue types may be selected and automatically
  45 &quot;surrounded&quot; by lines.  For example, if the  characters 'G' and 'P' are
  46 selected, then lines will not be drawn between G and P characters,  but
  47 only where G and P border with other characters.
  48 <P>
  49 Shading:  Grey shading of any level from black to white may be applied
  50 to any region of the  alignment, either as a rectangular region, or as
  51 residue specific shading.  e.g. &quot;shade all Cys residues between
  52 positions 6 and 30&quot;
  53 <P>
  54 Text:  Specific text strings may be added to the alignment at any
  55 position and in any font or font size.
  56 <P>
  57 Lines: Horizontal or vertical lines may be drawn to the left, right, top
  58 or bottom of any  residue position or group of positions.
  59 <P>
  60 Colour:  Characters or character backgrounds may be independently
  61 coloured.
  62 <P>
  63 The example block file &quot;example1.blc&quot; and command file &quot;example1.als&quot;
  64 illustrate most of these commands in action.
  65 <P>
  66 Although written with the aim of producing figures for journal
  67 submission, ALSCRIPT may be used as a tool for interpreting multiple
  68 sequence alignments.  For example, the boxing, shading and font changing
  69 facilities can be applied to highlight amino acids of a particular type
  70 and thus draw  attention  to clusters of positive or negative charge,
  71 hydrophobics, etc.
  72 <P>
  73 <HR> <A NAME=tex2html155 HREF=section3_8.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html153 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html147 HREF=section3_6.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html157 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
  74 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html156 HREF=section3_8.html> New Features in </A>
  75 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html154 HREF=alscript.html>No Title</A>
  76 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html148 HREF=section3_6.html> Installing ALSCRIPT</A>
  77 <HR> <P>
  78 <HR>
  79
  80 </BODY>
  81 <P><ADDRESS>
  82 gjb@bioch.ox.ac.uk
  83 </ADDRESS>