sources/alscript/doc/alscript/section3_8.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> New Features in Version 1.4.4</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html166 HREF=section3_9.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html164 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html158 HREF=section3_7.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html168 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html167 HREF=section3_9.html> New Features in </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html165 HREF=alscript.html>No Title</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html159 HREF=section3_7.html> Brief Description of </A>
   9 <HR> <P>
  10 <H1><A NAME=SECTION0008000000000000000> New Features in Version 1.4.4</A></H1>
  11 <P>
  12 This version introduces the MASK family of commands which allows
  13 boxing, shading etc to be applied according to the frequency of
  14 occurence of the character types at each position in the alignment.
  15 For example, it is possible to box positions where one character is
  16 seen in more than N of the sequences.  It is also possible to
  17 box/shade etc the most frequently occurring character at each
  18 position.  Commands exist to select which characters will be used in
  19 the calculation of frequencies and which will be excluded, thus boxing
  20 can be based upon two or more character types at a position.  MASK
  21 commands also exist to show residues identical to one sequence in the
  22 set.  See the section on MASK below for details.
  23 <P>
  24 NOTE: Although boxing according to the frequency of amino acids seen
  25 at a position is a popular method of representation it is not usually
  26 the most informative.  An analysis that takes into account the
  27 physico-chemical properties of the amino acids and also relates the
  28 amino acid similarities to the overall similarity between the
  29 sequences is more helpful in identifying functionally important
  30 residues.  The AMAS program (Livingstone and Barton, 1993) applies a
  31 flexible hierarchical set-based approach to this problem.
  32 <P>
  33 <HR>
  34
  35 </BODY>
  36 <P><ADDRESS>
  37 gjb@bioch.ox.ac.uk
  38 </ADDRESS>