sources/alscript/doc/alscript/section3_9.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> New Features in Version 1.4.5 - Program alsnum</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html177 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html175 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html169 HREF=section3_8.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html179 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html178 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html176 HREF=alscript.html>No Title</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html170 HREF=section3_8.html> New Features in </A>
   9 <HR> <P>
  10 <H1><A NAME=SECTION0009000000000000000> New Features in Version 1.4.5 - Program alsnum</A></H1>
  11 <P>
  12 Version 1.4.5 includes the program &quot;alsnum&quot;.  This is a temporary solution to
  13 the residue numbering problem.  Ultimately, these functions will be included
  14 as alscript commands.
  15 <P>
  16 alsnum creates a set of TEXT commands that can be incorporated into an
  17 alscript command file to place sequential numbers at any position in the
  18 alignment.  The numbers ignore gaps, so the numbering will correspond to
  19 the specific sequence position rather than the alignment.
  20 <P>
  21 To use the program:
  22 <P>
  23 1.  Decide where you want the numbers to be placed.  For example, you might
  24 want the numbers above the third sequence in the alignment.  If so, make
  25 an extra sequence space above the third sequence using the ADD_SEQ command.
  26 <P>
  27 2.  Decide what is the number of the first residue of the sequence to be
  28 numbered.   This will not always be 1 since you may be aligning fragments
  29 or domains.
  30 <P>
  31 3.  Decide the numbering interval (e.g. every 10th amino acid).
  32 <P>
  33 4.  Run the program.
  34 <P>
  35 For example, if you want to add numbers according to sequence 37 of a
  36 block file (junk.blc), calling the first residue of the sequence 12,
  37 and with an interval of 5, and the numbers are to be placed at the
  38 location of sequence 3 in the alignment.  Type:
  39 <P>
  40 alsnum 37 12 5 3 &lt; junk.blc &gt; junk.text
  41 <P>
  42 5.  Add the resulting TEXT commands from junk.text to your alscript
  43 command file.
  44 <P>
  45 <HR>
  46
  47 </BODY>
  48 <P><ADDRESS>
  49 gjb@bioch.ox.ac.uk
  50 </ADDRESS>