sources/alscript/doc/alscript/subsection3_10_1.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> New Step 1 Commands</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html202 HREF=subsection3_10_2.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html200 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html194 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html204 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html203 HREF=subsection3_10_2.html> New Step 2 </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html201 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html195 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00010100000000000000> New Step 1 Commands</A></H2>
  11 <P>
  12 SCREENSIZE 120
  13 <P>
  14 Usually you should not need to change this value, it alters the
  15 screening used by the printer.  A value of 120 is used by default.  On
  16 most 300dpi black and white printers this gives much smoother greys
  17 than the default used in earlier versions of ALSCRIPT.
  18 <P>
  19 PIR_SAVE filename
  20 <P>
  21 Will cause the block file to be saved into the file ``filename'' in
  22 PIR format.  This can be useful for moving block file alignments to other
  23 programs.
  24 <P>
  25 MSF_SAVE filename
  26 <P>
  27 Will cause the block file to be saved into the file ``filename'' in
  28 something that approximates GCG .msf format.  <em>Warning!  This has not
  29 been fully tested.</em>
  30 <P>
  31 NUMBER_COLOUR 4
  32 <P>
  33 Sets the colour used for numbering at the top of the alignment (no
  34 American spelling at the moment).  In this example, colour number 4 has been
  35 defined (See the DEFINE_COLOURcommand if you are not sure what this means).
  36 <P>
  37 SINGLE_PAGEIf this is set, ALSCRIPT assumes everything will be plotted on one
  38 page.  At the moment, all this does is write the bounding box for the
  39 figure, so encapsulating the PostScript.  This <em>may</em> allow the
  40 output of alscript to be imported into word processors etc, but
  41 probably not all.
  42 <P>
  43 ID_ONLY_ON_FIRST_LINEIf this is present, then sequence identifiers will only be printed on
  44 the first line of the alignment.  Often this looks better for small
  45 alignments than the default.
  46 <P>
  47 BACKGROUND_COLOUR 7
  48 <P>
  49 Sets the colour used for the background to the alignment.  This can be
  50 useful for preparing figures for projection.  At the moment this only
  51 works reliably when the SINGLE_PAGEis also set.
  52 <P>
  53 BOUNDING_BOX x y x1 y1
  54 <P>
  55 Defines the bounding box for the figure.  This is set in points (1/72 inch).
  56 NOTE:  In version 2.0 this was a STEP 2 Command.
  57 <P>
  58 BACKGROUND_REGION x y x1 y1
  59 <P>
  60 Defines the region to colour as background - the default is set up for A4 paper
  61 so US users may have to fiddle with this.  Values are points (1/72 inch).
  62 NOTE:  In version 2.0 this was a STEP 2 Command.
  63 <P>
  64 <HR> <A NAME=tex2html202 HREF=subsection3_10_2.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html200 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html194 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html204 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
  65 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html203 HREF=subsection3_10_2.html> New Step 2 </A>
  66 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html201 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
  67 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html195 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
  68 <HR> <P>
  69 <HR>
  70
  71 </BODY>
  72 <P><ADDRESS>
  73 gjb@bioch.ox.ac.uk
  74 </ADDRESS>