sources/alscript/doc/alscript/subsection3_10_2.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> New Step 2 Commands</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html213 HREF=subsection3_10_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html211 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html205 HREF=subsection3_10_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html215 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html214 HREF=subsection3_10_3.html> New special TEXT </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html212 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html206 HREF=subsection3_10_1.html> New Step 1 </A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00010200000000000000> New Step 2 Commands</A></H2>
  11 <P>
  12 COLOUR_TEXT_REGION x y x1 y1 colour
  13 <P>
  14 Sets the colour for TEXT command output.  Similar syntax to COLOUR_REGION, FONT_REGIONetc.
  15 <P>
  16 COLOUR_LINE_REGION x y x1 y1 colour
  17 <P>
  18 Set the colour for LINEs in a region.
  19 <P>
  20 CALCONS x y x1 y1
  21 <P>
  22 Calculate conservation values according to Zvelebil <em>et al.</em> for the designated
  23 region.  (See Livingstone &Barton 1993 for details and further refs)
  24 <P>
  25 MASK CONSERVATION cutoff
  26 <P>
  27 If CONSCAL has been used, then mask residues according to the conservation cutoff.
  28 <P>
  29 e.g. MASK CONSERVATION 10  would mask all identities, MASK CONSERVATION 6 would
  30 mask reasonably conserved positions.  See examples for more on this command.
  31 <P>
  32 HELIX x1 y x2
  33 <P>
  34 Draw a helix from x1 to x2 of sequence y.
  35 <P>
  36 STRAND x1 y x2
  37 <P>
  38 Draw a strand from x1 to x2 of sequence y.
  39 <P>
  40 COIL x1 y x2
  41 <P>
  42 Draw a coil (horizontal line) from x1 to x2 of sequence y.
  43 <P>
  44 RELATIVE_TO&lt;seqnum&gt;  &lt;startnum&gt;
  45 <P>
  46 Set reference numbers to work relative to sequence number &lt;seqnum&gt;.  This
  47 means that in all subsequent commands, ALSCRIPT will translate your x
  48 values into absolute position values in the alignment.  This is <em>extremely</em> useful since you can annotate your alignment using your
  49 favourite sequences as a reference point.  You no longer have to
  50 translate every x position into the alignment position.
  51 <P>
  52 &lt;startnum&gt; is optional.  If present, it specifies what the first
  53 residue in the displayed sequence is.  For example, you may be showing
  54 residues 200-500 of a sequence, so &lt;startnum&gt; would be 200 rather than
  55 the default of 1.  <em>Warning - this is a very new feature and
  56 bounds checking is not fully enabled for it</em>.
  57 <P>
  58 You can use RELATIVE_TOseveral times in the command file to annotate
  59 different sequences.  RELATIVE_TO0 resets to the ``normal''
  60 alignment numbering.
  61 <P>
  62 <HR>
  63
  64 </BODY>
  65 <P><ADDRESS>
  66 gjb@bioch.ox.ac.uk
  67 </ADDRESS>