sources/alscript/doc/alscript/subsection3_11_2.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> More complex effects - Text Lines, and Masks</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html255 HREF=section3_12.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html253 HREF=section3_11.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html249 HREF=subsection3_11_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html257 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html256 HREF=section3_12.html> Using Colour</A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html254 HREF=section3_11.html> Running ALSCRIPT</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html250 HREF=subsection3_11_1.html> Basic Use</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00011200000000000000> More complex effects - Text Lines, and Masks</A></H2>
  11 <P>
  12 Text,  lines and masking are meant to be used to annotate the multiple
  13 alignment.  The TEXT command allows any piece of text to be located
  14 anywhere on the alignment.  Clearly, however it makes little sense to
  15 superimpose the text over the alignment though this can be done!  Accordingly,
  16 you must first make a space to put the text in.  Usually, this will be a
  17 few lines below the multiple sequence alignment, but you may want to
  18 add text at the top, or somewhere in between two sequences.  You can make
  19 space in two ways.  Either by editing the block-file to introduce &quot;dummy&quot;
  20 sequences at the locations you want, or by making use of the ADD_SEQ
  21 command.
  22 <P>
  23 The ADD_SEQ command has two arguments, the sequence after which you want
  24 further sequences to be added, and how many blank sequences you need.
  25 Thus, we can reserve space for 5 lines of text underneath a 10 sequence
  26 multiple alignment with the following command.
  27 <P>
  28 ADD_SEQ 10 5
  29 <P>
  30 we can then put text below the alignment at the 20th residue.
  31 <P>
  32 TEXT 20 13 &quot;Active Site His&quot;
  33 <P>
  34 or any other position.
  35 <P>
  36 Similarly, we could draw a vertical line to point out which residue we mean
  37 <P>
  38 LINE LEFT 20 13 11
  39 <P>
  40 And change the font of the text to number 7 (whatever that has been set to):
  41 <P>
  42 FONT_RESIDUE 20 13 7
  43 <P>
  44 You can have multiple ADD_SEQ commands, but they must occur in sequence order.
  45 Thus:
  46 <P>
  47 <PRE><TT>
  48 ADD_SEQ 0 5
  49 ADD_SEQ 5 12</TT></PRE>
  50 is legal.
  51 But
  52 <PRE><TT>
  53 ADD_SEQ 5 12
  54 ADD_SEQ 0 5</TT></PRE>
  55 <P>
  56 Is NOT!!   NO CHECKING IS performed by the program for this error - so beware!
  57 <P>
  58 Note that add_seq commands refer to the actual sequence number as
  59 implied by the block file, not the number after applying the add_seq
  60 command.  Thus, for a four sequence block file, if you want to add
  61 space for three sequences before sequence 1 and two sequences after
  62 sequence 3, the commands would be:
  63 <P>
  64 <PRE><TT>
  65 ADD_SEQ 0 3
  66 ADD_SEQ 3 2</TT></PRE>
  67 <P>
  68 Text added with the TEXT command will not be split across page breaks,
  69 so you may in some circumstances need to fiddle a little with the
  70 location/pointsize for the text to get the desired result.
  71 <P>
  72 Masking is a technique for drawing irregular shaped outlines, or
  73 shaded regions - this should not be confused with the MASK family of commands
  74 described below.  For example a histogram can be added to the bottom of
  75 an alignment by first defining some dummy sequences in the block-file
  76 that have letters building up the shape of the histogram, then using
  77 the SURROUND_CHARS  or SHADE_CHARS  commands together with the SUB_CHARS
  78 command to produce the desired effect.  An example of this operation
  79 being used to show frequencies of secondary structure predictions is
  80 shown in example1.als and in the Protein Engineering paper.
  81 <P>
  82 <HR> <A NAME=tex2html255 HREF=section3_12.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html253 HREF=section3_11.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html249 HREF=subsection3_11_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html257 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
  83 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html256 HREF=section3_12.html> Using Colour</A>
  84 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html254 HREF=section3_11.html> Running ALSCRIPT</A>
  85 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html250 HREF=subsection3_11_1.html> Basic Use</A>
  86 <HR> <P>
  87 <HR>
  88
  89 </BODY>
  90 <P><ADDRESS>
  91 gjb@bioch.ox.ac.uk
  92 </ADDRESS>