sources/alscript/doc/alscript/subsection3_13_1.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> Summary of mask commands</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html287 HREF=section3_14.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html285 HREF=section3_13.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html281 HREF=section3_13.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html289 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html288 HREF=section3_14.html> Printing ALSCRIPT Files</A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html286 HREF=section3_13.html> The MASK command </A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html282 HREF=section3_13.html> The MASK command </A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00013100000000000000> Summary of mask commands</A></H2>
  11 <P>
  12 mask SETUP
  13 #Prepares for masking
  14 <P>
  15 mask LEGAL &lt;qstring&gt;
  16 #defines characters to include in ID or FRE calcs - optional.
  17 <P>
  18 mask ILLEGAL &lt;qstring&gt;
  19 #defines characters to exclude in ID or FRE calcs - optional.
  20 <P>
  21 mask ID ALL N
  22 #Calculates a mask that flags the character that occurs at least N
  23 times at a position.  The word ALL can be substituted by four numbers
  24 that define a region of the alignment.
  25 <P>
  26 mask FRE ALL
  27 #calculates a mask that flags the most frequently occuring amino acid
  28 at each position.  ALL may be replaced by four numbers defining a region
  29 of the alignment.
  30 <P>
  31 Multiple mask FRE or mask ID commands may be applied, using different
  32 LEGAL and ILLEGAL character definitions.  In this way more complex
  33 effects can be built up.
  34 <P>
  35 The mask command also allows characters that are identical to one
  36 sequence to be masked.
  37 <P>
  38 mask AGREE ALL N
  39 <P>
  40 will mask all positions that are identical to the Nth sequence.  Thus,
  41 for sequences that are very similar to a newly sequenced sequence, all
  42 characters identical to the new sequence can be boxed or shaded, or set
  43 in a different font or colour etc...
  44 <P>
  45 mask NOT ALL
  46 <P>
  47 allows the mask to be inverted.  Thus, all positions that are NOT in the
  48 mask now form the mask.  So, having done a mask AGREE, a mask NOT will
  49 allow the positions that are not identical to the selected sequence to
  50 be highlighted or substituted.
  51 <P>
  52 mask SUB ALL &lt;char&gt;
  53 <P>
  54 substitutes all characters in the mask with  the character &lt;char&gt;.
  55 <P>
  56 mask REGION ALL
  57 applies a mask to all residues  in  the defined region.
  58 <P>
  59 The following effects can now be applied to the masked characters:
  60 <P>
  61 mask BOX ALL
  62 #boxes the masked residues - ie surrounds them by lines.
  63 <P>
  64 mask SHADE ALL &lt;grey&gt;
  65 #shades the masked residues by grey value.
  66 <P>
  67 mask FONT ALL &lt;fontnum&gt;
  68 #Uses font fontnum to output the masked residues.
  69 <P>
  70 mask INVERSE ALL
  71 #Inverts the masked characters - ie outputs them in white.
  72 <P>
  73 mask CCOL ALL &lt;colnum&gt;
  74 #outputs the masked characters in the defined colour.
  75 <P>
  76 mask SCOL ALL &lt;colnum&gt;
  77 #outputs the backgrounds of the masked characters in the defined
  78 colour.
  79 <P>
  80 In all commands, the word ALL can be replaced by four numbers defining
  81 the region to which the command is applied.
  82 <P>
  83 mask RESET
  84 #resets the entire mask for re-use
  85 <P>
  86 <HR> <A NAME=tex2html287 HREF=section3_14.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html285 HREF=section3_13.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html281 HREF=section3_13.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html289 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
  87 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html288 HREF=section3_14.html> Printing ALSCRIPT Files</A>
  88 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html286 HREF=section3_13.html> The MASK command </A>
  89 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html282 HREF=section3_13.html> The MASK command </A>
  90 <HR> <P>
  91 <HR>
  92
  93 </BODY>
  94 <P><ADDRESS>
  95 gjb@bioch.ox.ac.uk
  96 </ADDRESS>