sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_1.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> ALSCRIPT Command Summary</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html347 HREF=subsubsection3_16_1_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html345 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html339 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html349 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html348 HREF=subsubsection3_16_1_1.html> STEP 1 COMMANDS</A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html346 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html340 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00016100000000000000> ALSCRIPT Command Summary</A></H2>
  11 <P>
  12 <A NAME=app1><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
  13 <P>
  14 WARNING:  Very little error checking is performed on command input.  If
  15 you give the wrong number of arguments to a command, then unexpected
  16 things may happen, or the program will crash very inelegantly.  I hope
  17 to fix this in the next version of the program, in the meantime, make sure
  18 you give the correct number of arguments to each command.
  19 <P>
  20 All commands up to the first space character may be entered in UPPER
  21 or lower case or MiXEd case.  Qualifiers for commands (e.g. REL) must
  22 be written in UPPER case.
  23 <P>
  24 Command Reference:
  25 <P>
  26 <PRE><TT>
  27 &lt;int&gt;  = enter an integer  (e.g. 240)
  28 &lt;float&gt; = enter a floating point number (e.g. 0.45)
  29 &lt;string&gt; = enter a string (e.g.  ARNDql)
  30 &lt;qstring&gt; = enter a quoted string (e.g. &quot;Active Site&quot;)
  31 &lt;char&gt;    = enter a single character.</TT></PRE>
  32 <P>
  33 <HR>
  34 <UL>
  35 <LI> <A NAME=tex2html350 HREF=subsubsection3_16_1_1.html#SECTION00016110000000000000> STEP 1 COMMANDS</A>
  36 <LI> <A NAME=tex2html351 HREF=subsubsection3_16_1_2.html#SECTION00016120000000000000> REQUIRED STEP 1 COMMANDS</A>
  37 <LI> <A NAME=tex2html352 HREF=subsubsection3_16_1_3.html#SECTION00016130000000000000> OPTIONAL STEP 1 COMMANDS</A>
  38 <LI> <A NAME=tex2html353 HREF=subsubsection3_16_1_4.html#SECTION00016140000000000000> STEP 2 COMMANDS</A>
  39 </UL>
  40 <HR>
  41
  42 </BODY>
  43 <P><ADDRESS>
  44 gjb@bioch.ox.ac.uk
  45 </ADDRESS>