sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_2.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> AMPS Block file format</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html404 HREF=subsection3_16_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html402 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html396 HREF=subsubsection3_16_1_4.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html406 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html405 HREF=subsection3_16_3.html> PostScript Fonts</A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html403 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html397 HREF=subsubsection3_16_1_4.html> STEP 2 COMMANDS</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00016200000000000000> AMPS Block file format</A></H2>
  11 <P>
  12 <A NAME=app2><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
  13 <P>
  14 The first part of a block-file contains the identifier codes of the
  15 sequences that are to follow.  Each code is prefixed by the &gt; symbol, codes
  16 must not contain spaces.
  17 <P>
  18 e.g.
  19 <PRE><TT>
  20 &gt;HAHU
  21 &gt;Trypsin
  22 &gt;A0046
  23 &gt;Seq1</TT></PRE>
  24 <P>
  25 etc.
  26 <P>
  27 ALSCRIPT counts the number of &gt; symbols in the beginning of the file
  28 until a * symbol is found.  The * signals the beginning of the
  29 multiple alignment which is stored VERTICALLY, thus columns are
  30 individual sequences, whilst rows are aligned positions.  The * symbol
  31 must lie over the first sequence.  A further star in the same column
  32 signals the end of the alignment.  ALSCRIPT uses the number of &gt;
  33 symbols at the beginning of the file to work out how many columns to
  34 read from the * position.  It is therefore important that the only &gt;
  35 symbols in the file are those that define the identifiers, and the
  36 only * symbols are those defining the start and end of the multiple
  37 alignment.  The block file can contain additional text, providing that
  38 there are no more &gt; or * symbols in the file than those used to define
  39 the identifiers or alignment start and end.
  40 <P>
  41 A simple, small block-file is shown here.
  42 <P>
  43 <PRE><TT>
  44 &gt;Seq_1
  45 &gt;A0231
  46 &gt;HAHU
  47 &gt;Four_Alpha
  48 &gt;Globin
  49 &gt;GLobin_C
  50 *
  51 ARNDLQ
  52 AAAAAA
  53 PPPPPP
  54 PP PPP
  55 WW WWW
  56 LLLLLL
  57 IIVVLL
  58 *</TT></PRE>
  59 <P>
  60 <HR>
  61
  62 </BODY>
  63 <P><ADDRESS>
  64 gjb@bioch.ox.ac.uk
  65 </ADDRESS>