sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_4.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> 386 DOS installation</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html426 HREF=subsection3_16_5.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html424 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html418 HREF=subsection3_16_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html428 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html427 HREF=subsection3_16_5.html> TECHNICAL NOTES</A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html425 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html419 HREF=subsection3_16_3.html> PostScript Fonts</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00016400000000000000> 386 DOS installation</A></H2>
  11 <P>
  12 <A NAME=app4><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
  13 <P>
  14 IMPORTANT - The programs on this disk will ONLY WORK on a PC with a 386
  15 or better processor.   See the Technical Notes section for details of why.
  16 <P>
  17 Directions:
  18 <P>
  19 <OL><LI>
  20   Create a directory on your hard disk.
  21     e.g.   mkdir ALSCRIPT.
  22 <P>
  23 <LI>
  24  Copy the Contents of the floppy disk into this directory.
  25 <PRE><TT>
  26     e.g.   copy a:*.* c:\alscript.</TT></PRE>
  27 <P>
  28 <LI>
  29  Edit your AUTOEXEC.BAT file and add
  30 <PRE><TT>
  31  C:\ALSCRIPT to your path.</TT></PRE>
  32 <P>
  33 <LI>
  34  Edit your AUTOEXEC.BAT file and add the following two lines.
  35     set DOS4GVM=@ALSCRIPT.VMC
  36     set DOS4G=quiet
  37 </OL>
  38 <P>
  39 The first line is an instruction to read instructions from the file
  40 ALSCRIPT.VMC.  This sets up a permanent swap file on your hard disk.
  41 By default, the swap file is about 12MBytes in size.  If you do not have
  42 this much free space on your disk, then edit the ALSCRIPT.VMC file
  43 to reduce the swap file size, or alternatively, do not put this line
  44 in your autoexec.bat.
  45 <P>
  46 The programs will run without this swap file, but you will be limited in
  47  the size of alignment you can process by  the amount of RAM you have
  48 installed.  I have only tested this program on a 486/33 with 8MBytes RAM
  49 and a 386/33 with 4MBytes so I do not know the practical limitations of
  50 machines with smaller memories.  Any feedback would be appreciated.
  51 <P>
  52 5.  Type AUTOEXEC.BAT to initialise the changes, or better still, reset
  53 the computer.
  54 <P>
  55 6.  You should now be able to run all three programs in the package from
  56 anywhere on your disk.  msf2blc, clus2blc and alscript.  If you get
  57 memory allocation errors when you try to run alscript, then use the
  58 MAX_NSEQ and MAX_SEQ_LEN commands to reduce the default limits. If the
  59 program still won't run, then think about buying some more memory!!
  60 <P>
  61 The programs msf2blc and clus2blc should run OK, but if you try to
  62 process alignments that are too large for your computer, you may get a
  63 &quot;malloc error&quot; which will stop the program.  If this happens and you are
  64 not using the virtual memory option discussed above, then try adding the
  65 line set DOS4GVM=@filename to your autoexec.bat file.  If you
  66 don't have enough disk space to do this, then buy a bigger disk, or more
  67 memory.
  68 <P>
  69 <HR> <A NAME=tex2html426 HREF=subsection3_16_5.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html424 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html418 HREF=subsection3_16_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html428 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
  70 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html427 HREF=subsection3_16_5.html> TECHNICAL NOTES</A>
  71 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html425 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
  72 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html419 HREF=subsection3_16_3.html> PostScript Fonts</A>
  73 <HR> <P>
  74 <HR>
  75
  76 </BODY>
  77 <P><ADDRESS>
  78 gjb@bioch.ox.ac.uk
  79 </ADDRESS>