sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_6.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> Unix Installation</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html448 HREF=subsection3_16_7.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html446 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html440 HREF=subsection3_16_5.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html450 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html449 HREF=subsection3_16_7.html> VAX/VMS Installation</A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html447 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html441 HREF=subsection3_16_5.html> TECHNICAL NOTES</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00016600000000000000> Unix Installation</A></H2>
  11 <P>
  12 <A NAME=app5><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
  13 <P>
  14 ALSCRIPT is distributed with executables for Sun (SunOS 4.1.3), Silicon
  15 Graphics (IRIX 5.3), DEC ALPHA OSF/1 and Sun Solaris (2.4).  The executables
  16 are stored in the subdirectories bin/sun, bin/sgi, bin/osf and bin/sol.  If
  17 these are OK for your system, then just add the apporpriate directory to your
  18 path, or put links to /usr/local/bin or somewhere that is on all users paths.
  19 <P>
  20 The source code for ALSCRIPT is contained in a directory hierarchy.
  21 The top directory contains a README file and the BUILD script.
  22 Subdirectories are: <b>examples</b> which contains example command and
  23 alignment files, <b>doc</b> which contains <IMG ALIGN=BOTTOM ALT="" SRC="_19723_tex2html_wrap672.xbm"> and PostScript copies
  24 of the manual - a subdirectory of this contains an HTML version of the
  25 manual, and <b>src</b> which contains the source code and Makefiles for
  26 the package.  There may also be a directory called <b>bin</b>.  If
  27 present this will contain subdirectories with executables for the
  28 programs in the package.  Makefiles to build alscript, msf2blc,
  29 clus2blc and alsnum are included in the <b>src</b> directory.  Versions
  30 for Sun (acc compiler .sun), Silicon Graphics (.sgi), DEC OSF/1 (.osf)
  31 are included.
  32 <P>
  33 There is a utility csh script called BUILD.  Simply type ./BUILD sun to
  34 compile alscript on the Sun, ./BUILD sgi for Silicon Graphics or BUILD
  35 gcc for use with gcc compiler.  See instructions in the file BUILD.
  36 The BUILD script will create a /bin directory and subdirecotry
  37 if not already present.  You can create makefiles for different computers
  38 and the BUILD script should still function.
  39 <P>
  40 <HR>
  41
  42 </BODY>
  43 <P><ADDRESS>
  44 gjb@bioch.ox.ac.uk
  45 </ADDRESS>