sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_8.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> Alternative ways of invoking ALSCRIPT</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html470 HREF=subsection3_16_9.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html468 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html462 HREF=subsection3_16_7.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html472 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html471 HREF=subsection3_16_9.html> Program Crashes and </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html469 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html463 HREF=subsection3_16_7.html> VAX/VMS Installation</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H2><A NAME=SECTION00016800000000000000> Alternative ways of invoking ALSCRIPT</A></H2>
  11 <P>
  12 <A NAME=app7><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
  13 <P>
  14 The documentation above describes the interactive mode of running ALSCRIPT.
  15 However, it may be more convenient to run the program as a pipe under
  16 Unix or MS-DOS.  Examples are shown here.
  17 <P>
  18 ALSCRIPT is a program for producing pretty versions of multiple
  19 sequence aligments.  ALSCRIPT will also format single sequences.  A
  20 full description of the program is given in the file &quot;alscript.doc&quot;.
  21 <P>
  22 Ways of running alscript:
  23 <P>
  24 <OL><LI>
  25     Interactive mode:  just type alscript.
  26     You will be prompted for a command file name.  The command file will
  27     define the AMPS blocfile, and name of the file to store the PostScript
  28     output - see alscript.doc for details.
  29 <P>
  30 <LI>
  31     alscript &lt;command_file&gt; has same effect as 1, But does not prompt for
  32     the command file
  33     e.g.  alscript example1.als
  34 <P>
  35 <LI>
  36     alscript -q &lt; &lt;blocfile&gt; &gt; &lt;PostScript&gt;
  37     Quick mode - uses default commands, reads alignment from stdin,
  38     writes PostScript  to stdout.  This mode creates a command file
  39     called ALPSQ.COM.
  40 <P>
  41     e.g. alscript -q &lt; example1.blc &gt; example1.ps
  42 <P>
  43 <LI>
  44     alscript -f &lt;command_file&gt;
  45     Similar effect to 2.
  46 <P>
  47 <LI>
  48     alscript -f &lt;command_file&gt; -s
  49     Silent operation:  No messages are written to stderr, unless fatal.
  50     Silent operation may be toggled by the silent_mode command
  51     in the command file.
  52 <P>
  53 <LI>
  54     alscript -f &lt;command_file&gt; -p &lt; &lt;blocfile&gt; &gt; &lt;PostScript&gt;
  55     Make alscript work like a pipe - blocfile is read from stdin,
  56     postscript is written
  57     to stdout.  Messages are written to stderr.  To supress messages include
  58     the -s flag too
  59 <P>
  60     e.g. alscript -f example1.als -p -s &lt; example1.blc &gt; example1.ps
  61 <P>
  62 </OL>
  63 <P>
  64 Using alscript as a pipe has the advantage of allowing the blocfile to
  65 be created on the fly by the programs msf2blc or clus2blc.  For example
  66 if we have a GCG .msf file called &quot;pileup.msf&quot; we can run alscript with
  67 default shading/fonts and send the results straight to the PostScript
  68 printer &quot;lpr&quot; as follows:
  69 <P>
  70 msf2blc -q &lt;pileup.msf | alscript -q -s | lpr
  71 <P>
  72 <HR> <A NAME=tex2html470 HREF=subsection3_16_9.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html468 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html462 HREF=subsection3_16_7.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html472 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
  73 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html471 HREF=subsection3_16_9.html> Program Crashes and </A>
  74 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html469 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
  75 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html463 HREF=subsection3_16_7.html> VAX/VMS Installation</A>
  76 <HR> <P>
  77 <HR>
  78
  79 </BODY>
  80 <P><ADDRESS>
  81 gjb@bioch.ox.ac.uk
  82 </ADDRESS>