sources/alscript/doc/alscript/subsubsection3_16_1_2.html

   1 <HEAD>
   2 <TITLE> REQUIRED STEP 1 COMMANDS</TITLE>
   3 </HEAD>
   4 <BODY><P>
   5  <HR> <A NAME=tex2html373 HREF=subsubsection3_16_1_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html371 HREF=subsection3_16_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html365 HREF=subsubsection3_16_1_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html375 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
   6 <B> Next:</B> <A NAME=tex2html374 HREF=subsubsection3_16_1_3.html> OPTIONAL STEP 1 </A>
   7 <B>Up:</B> <A NAME=tex2html372 HREF=subsection3_16_1.html> ALSCRIPT Command Summary</A>
   8 <B> Previous:</B> <A NAME=tex2html366 HREF=subsubsection3_16_1_1.html> STEP 1 COMMANDS</A>
   9 <HR> <P>
  10 <H3><A NAME=SECTION00016120000000000000> REQUIRED STEP 1 COMMANDS</A></H3>
  11 <P>
  12 BLOCK_FILE &lt;string&gt;
  13 <P>
  14 Gives the name of the file that contains the multiple sequence alignment
  15 to be formatted.  File names should be fully qualified i.e. not
  16 relative to the current directory.  If no block file command is given,
  17 ALSCRIPT will expect to read the block file from standard input.
  18 <P>
  19 OUTPUT_FILE &lt;string&gt;
  20 <P>
  21 Defines the output file name.  This command should be near the beginning of
  22 the command list.
  23 e.g. OUTPUT_FILE  Figure1.ps
  24 <P>
  25 You MUST define an output file unless the -p option
  26 (See <A HREF=subsection3_16_8.html#app7>Alternative ways of invoking ALSCRIPT</A>)
  27 is used.
  28 <P>
  29 DEFINE_FONT &lt;int&gt; &lt;string&gt; (&lt;int&gt;/DEFAULT)/(REL &lt;float&gt;)
  30 <P>
  31 Defines a font to use later:
  32 e.g.
  33 <PRE><TT>
  34 DEFINE_FONT 0 Helvetica 10
  35 DEFINE_FONT 2 Times-Roman 2</TT></PRE>
  36 <P>
  37 defines font number 0 to be 10 point Helvetica, and font number 2 to be
  38 2 point Times-Roman.  Font 0 is always used as the default font.  You MUST
  39 define at least the font 0 font.
  40 <P>
  41 DEFINE_FONT 3 Times-Roman DEFAULT
  42 <P>
  43 sets font 3 to be Times-Roman at whatever the default pointsize
  44 is as set by the POINTSIZE command.
  45 <P>
  46 DEFINE_FONT 4 Helvetica REL 0.5
  47 <P>
  48 sets font 4 to be helvetica at half the default pointsize.
  49 <P>
  50 NOTE:  Font names must be written exactly as shown in
  51 <A HREF=subsection3_16_3.html#app3>PostScript Fonts</A>.
  52 <P>
  53 SETUP
  54 <P>
  55 Signals the end of the STEP 1 commands.
  56 <P>
  57 <HR>
  58
  59 </BODY>
  60 <P><ADDRESS>
  61 gjb@bioch.ox.ac.uk
  62 </ADDRESS>