sources/alscript/examples/demo/example1.als

   1 #SILENT_MODE
   2 # Illustration of ALSCRIPT Command File
   3 #
   4 # As shown in:  Barton, G. J. (1992)
   5 #               ALSCRIPT- A tool to format multiple sequence alignments
   6 #               Protein Engineering (in press)
   7 #
   8 # example 1                    # Comment lines begin with the # symbol
   9 #
  10 #
  11 # (A) Input and output files:
  12 #
  13 BLOCK_FILE    example1.blc             # Define the block file to format
  14 OUTPUT_FILE   example1.ps               # Where to put the result
  15 #
  16 MAX_SIDE     11                         # Fiddle with margins...
  17 Y_OFFSET     50                         # This is just to fill the page with the
  18 X_OFFSET     80                         # Alignment.  Defaults normally work OK
  19 #
  20 # (B) Page Layout and overall spacing:
  21 #
  22 ADD_SEQ  38  1                          # Make space after sequence 38
  23 ADD_SEQ  39  3                          # Make space after sequence 39
  24 ADD_SEQ  69  1
  25 PORTRAIT                                # Portrait paper orientation
  26 POINTSIZE   10                          # 10 point default pointsize
  27 #NUMBER_SEQS  1                          # Set to 1 for numbers at left of plot
  28 IDENT_WIDTH 8
  29 #
  30 # (C) Font definitions:
  31 #
  32 DEFINE_FONT 0 Helvetica      DEFAULT    # Set font 0 to be Helvetica at default pointsize
  33 DEFINE_FONT 1 Helvetica REL  0.75       # Set font 1 to be 0.75 times default Helvetica
  34 DEFINE_FONT 3 Helvetica-Bold DEFAULT
  35 DEFINE_FONT 4 Times-Bold     DEFAULT
  36 DEFINE_FONT 5 Helvetica-BoldOblique  DEFAULT
  37 DEFINE_FONT 6 Times-Roman DEFAULT
  38 SETUP                                   # Tell the program to get on with the formatting
  39 #
  40 # (D) Some formatting commands:
  41 #
  42 SURROUND_CHARS LIV   ALL                # Surround all L and Y characters
  43 FONT_CHARS     IV    ALL  5             # Use font 5 for all I and V characters
  44 FONT_CHARS     ASN   ALL  1             # Show A and S and N characters in small caps
  45 FONT_CHARS     KR    ALL  4             # Show K and R in Times-Bold
  46 BOX_REGION     14  1  16 38             # Rectangular box of residues 14-16
  47 SHADE_CHARS     +    ALL   0.0          # Shade all + characters black
  48 SURROUND_CHARS 56+789  1 40 27 40       # Box numbers and + on line 40
  49 LINE      TOP     2     40     8        # Draw horizontal lines to
  50 LINE   BOTTOM     2     40     8        # Join up surrounded numbers
  51 TEXT   2      42  "Helix Pattern"
  52 TEXT   12     42  "Glycine Loop"        # Add text annotations
  53 TEXT   21     42  "Helix Pattern"
  54 SUB_ID        49  "Helix Predictions"
  55 SUB_ID        58  "Sheet Predictions"   # Change the identifiers for prediction histograms
  56 SUB_ID        68  "Turn Predictions"
  57 INVERSE_CHARS DE ALL
  58 SHADE_CHARS D ALL 0.5
  59 SHADE_CHARS E ALL 0.0
  60 #
  61 # (E) Now make the prediction histograms nicer.
  62 #
  63 SURROUND_CHARS  H     1     44     27     53
  64 SHADE_CHARS     H     1     44     27     53     0.5    # Shade the Helix predictions 0.5 grey
  65 SUB_CHARS       1    44     27     53   H SPACE         # Substitute " " for "H"
  66 #
  67 SURROUND_CHARS  E     1     54     27     63            # Surround the Beta Predictions
  68 SHADE_CHARS     E     1     54     27     63     0.7    # Shade the Beta Predictions
  69 SUB_CHARS       1    54     27     63   E SPACE         # Substitute the E for space in the beta predictions
  70 #
  71 SURROUND_CHARS  T     1     64     27     73            # Surround the Turn Predictions
  72 SHADE_CHARS     T     1     64     27     73     0.9    # Shade the Turn Predictions
  73 SUB_CHARS       1    64     27     73   T SPACE         # Substitute the T for space in the turn predictions
  74 #
  75 SUB_ID        75     "Summary Prediction"               # Annotate and shade the summary prediction
  76 SHADE_CHARS    HY     1     75     27     75     0.5
  77 SHADE_CHARS    T      1     75     27     75     0.9
  78 #
  79 #
  80 # Now change the identifier codes
  81 #
  82 ID_FONT ALL 6
  83 SUB_ID 1 "Annexin I H4"
  84 SUB_ID 2 "Annexin I M4"
  85 SUB_ID 3 "Annexin I R4"
  86 SUB_ID 4 "Annexin V R4"
  87 SUB_ID 5 "Annexin V H4"
  88 SUB_ID 6 "Annexin V C4"
  89 SUB_ID 7 "Annexin II H4"
  90 SUB_ID 8 "Annexin II B4"
  91 SUB_ID 9 "Annexin II M4"
  92 SUB_ID 10 "Annexin IV P4"
  93 SUB_ID 11 "Annexin IV B4"
  94 SUB_ID 12 "Annexin IV H4"
  95 SUB_ID 13 "Annexin VI H4"
  96 SUB_ID 14 "Annexin VI M4"
  97 SUB_ID 15 "Annexin VI H8"
  98 SUB_ID 16 "Annexin VI M8"
  99 SUB_ID 17 "Annexin V  BH4"
 100 SUB_ID 18 "Annexin VII 4"
 101 SUB_ID 19 "Annexin III H4"
 102 SUB_ID 20 "Annexin III R4"
 103 SUB_ID 21 "Annexin II M3"
 104 SUB_ID 22 "Annexin II H3"
 105 SUB_ID 23 "Annexin II B3"
 106 SUB_ID 24 "Annexin I H3"
 107 SUB_ID 25 "Annexin I M3"
 108 SUB_ID 26 "Annexin I R3"
 109 SUB_ID 27 "Annexin V C3"
 110 SUB_ID 28 "Annexin V H3"
 111 SUB_ID 29 "Annexin V R3"
 112 SUB_ID 30 "Annexin VI H3"
 113 SUB_ID 31 "Annexin VI M3"
 114 SUB_ID 32 "Annexin IV H3"
 115 SUB_ID 33 "Annexin IV B3"
 116 SUB_ID 34 "Annexin IV P3"
 117 SUB_ID 35 "Annexin V BH3"
 118 SUB_ID 36 "Annexin III H3"
 119 SUB_ID 37 "Annexin III R3"
 120 SUB_ID 38 "Annexin VII 3"
 121
 122
 123
 124
 125
 126
 127
 128
 129
 130
 131
 132
 133
 134
 135
 136
 137
 138
 139
 140
 141
 142
 143
 144
 145
 146
 147
 148
 149
 150
 151
 152
 153
 154
 155
 156
 157
 158
 159
 160
 161
 162
 163
 164
 165
 166
 167
 168
 169
 170
 171
 172
 173
 174
 175
 176
 177
 178
 179
 180
 181
 182
 183
 184