sources/alscript/examples/example3.als

   1 # Illustration of ALSCRIPT Command File
   2 #
   3 # As shown in:  Barton, G. J. (1992)
   4 #               ALSCRIPT- A tool to format multiple sequence alignments
   5 #               Protein Engineering (in press)
   6 #
   7 # Modified version - includes colour commands
   8 #
   9 #
  10 # example 1                    # Comment lines begin with the # symbol
  11 #
  12 #
  13 # (A) Input and output files:
  14 #
  15 BLOCK_FILE    example1.blc             # Define the block file to format
  16 OUTPUT_FILE   example3.ps               # Where to put the result
  17 #
  18 MAX_SIDE     11                         # Fiddle with margins...
  19 Y_OFFSET     50                         # This is just to fill the page with the
  20 X_OFFSET     80                         # Alignment.  Defaults normally work OK
  21 #
  22 # (B) Page Layout and overall spacing:
  23 #
  24 ADD_SEQ  38  1                          # Make space after sequence 38
  25 ADD_SEQ  39  3                          # Make space after sequence 39
  26 ADD_SEQ  69  1
  27 PORTRAIT                                # Portrait paper orientation
  28 POINTSIZE   10                          # 10 point default pointsize
  29 #NUMBER_SEQS  1                          # Set to 1 for numbers at left of plot
  30 IDENT_WIDTH 8
  31 #
  32 # (C) Font definitions:
  33 #
  34 DEFINE_FONT 0 Helvetica      DEFAULT    # Set font 0 to be Helvetica at default pointsize
  35 DEFINE_FONT 1 Helvetica REL  0.75       # Set font 1 to be 0.75 times default Helvetica
  36 DEFINE_FONT 3 Helvetica-Bold DEFAULT
  37 DEFINE_FONT 4 Times-Bold     DEFAULT
  38 DEFINE_FONT 5 Helvetica-BoldOblique  DEFAULT
  39 DEFINE_FONT 6 Times-Roman DEFAULT
  40 #
  41 # COLOUR DEFINITIONS give a colour number, then red, green, blue intensities
  42 #
  43 # red
  44 DEFINE_COLOUR 0 1 0 0
  45 # green
  46 DEFINE_COLOUR 1 0 1 0
  47 # blue
  48 DEFINE_COLOUR 2 0 0 1
  49 # yellow
  50 DEFINE_COLOUR 3 1 1 0
  51 # magenta
  52 DEFINE_COLOUR 4 1 0 1
  53 # cyan
  54 DEFINE_COLOUR 5 0 1 1
  55 #
  56 DEFINE_COLOUR 6 0.7 0.3 0
  57 #single_page
  58 #background_colour 100
  59 SETUP                                   # Tell the program to get on with the formatting
  60 #background_region -10 -10 468 792
  61 #
  62 # (D) Some formatting commands:
  63 #
  64 SURROUND_CHARS LIV   ALL                # Surround all L and Y characters
  65 FONT_CHARS     IV    ALL  5             # Use font 5 for all I and V characters
  66 FONT_CHARS     ASN   ALL  1             # Show A and S and N characters in small caps
  67 FONT_CHARS     KR    ALL  4             # Show K and R in Times-Bold
  68 Ccol_CHARS   LIV   ALL  1
  69 Scol_CHARS   ASN ALL 0
  70 BOX_REGION     14  1  16 38             # Rectangular box of residues 14-16
  71 SHADE_CHARS     +    ALL   0.0          # Shade all + characters black
  72 COLOUR_REGION  14 1 16 38 2
  73 SURROUND_CHARS 56+789  1 40 27 40       # Box numbers and + on line 40
  74 LINE      TOP     2     40     8        # Draw horizontal lines to
  75 LINE   BOTTOM     2     40     8        # Join up surrounded numbers
  76 TEXT   2      42  "Helix Pattern"
  77 TEXT   12     42  "Glycine Loop"        # Add text annotations
  78 TEXT   21     42  "Helix Pattern"
  79 SUB_ID        49  "Helix Predictions"
  80 SUB_ID        58  "Sheet Predictions"   # Change the identifiers for prediction histograms
  81 SUB_ID        68  "Turn Predictions"
  82 INVERSE_CHARS DE ALL
  83 SHADE_CHARS D ALL 0.5
  84 SHADE_CHARS E ALL 0.0
  85 #
  86 # (E) Now make the prediction histograms nicer.
  87 #
  88 SURROUND_CHARS  H     1     44     27     53
  89 Scol_CHARS     H     1     44     27     53     3    # Shade the Helix predictions 0.5 grey
  90 SUB_CHARS       1    44     27     53   H SPACE         # Substitute " " for "H"
  91 #
  92 SURROUND_CHARS  E     1     54     27     63            # Surround the Beta Predictions
  93 Scol_CHARS     E     1     54     27     63     4    # Colour beta blue
  94 SUB_CHARS       1    54     27     63   E SPACE         # Substitute the E for space in the beta predictions
  95 #
  96 SURROUND_CHARS  T     1     64     27     73            # Surround the Turn Predictions
  97 Scol_CHARS     T     1     64     27     73     6    # Shade the Turn Predictions
  98 SUB_CHARS       1    64     27     73   T SPACE         # Substitute the T for space in the turn predictions
  99 #
 100 SUB_ID        75     "Summary Prediction"               # Annotate and shade the summary prediction
 101 SHADE_CHARS    HY     1     75     27     75     0.5
 102 SHADE_CHARS    T      1     75     27     75     0.9
 103 #
 104 #
 105 # Now change the identifier codes
 106 #
 107 ID_FONT ALL 6
 108 SUB_ID 1 "Annexin I H4"
 109 SUB_ID 2 "Annexin I M4"
 110 SUB_ID 3 "Annexin I R4"
 111 SUB_ID 4 "Annexin V R4"
 112 SUB_ID 5 "Annexin V H4"
 113 SUB_ID 6 "Annexin V C4"
 114 SUB_ID 7 "Annexin II H4"
 115 SUB_ID 8 "Annexin II B4"
 116 SUB_ID 9 "Annexin II M4"
 117 SUB_ID 10 "Annexin IV P4"
 118 SUB_ID 11 "Annexin IV B4"
 119 SUB_ID 12 "Annexin IV H4"
 120 SUB_ID 13 "Annexin VI H4"
 121 SUB_ID 14 "Annexin VI M4"
 122 SUB_ID 15 "Annexin VI H8"
 123 SUB_ID 16 "Annexin VI M8"
 124 SUB_ID 17 "Annexin V  BH4"
 125 SUB_ID 18 "Annexin VII 4"
 126 SUB_ID 19 "Annexin III H4"
 127 SUB_ID 20 "Annexin III R4"
 128 SUB_ID 21 "Annexin II M3"
 129 SUB_ID 22 "Annexin II H3"
 130 SUB_ID 23 "Annexin II B3"
 131 SUB_ID 24 "Annexin I H3"
 132 SUB_ID 25 "Annexin I M3"
 133 SUB_ID 26 "Annexin I R3"
 134 SUB_ID 27 "Annexin V C3"
 135 SUB_ID 28 "Annexin V H3"
 136 SUB_ID 29 "Annexin V R3"
 137 SUB_ID 30 "Annexin VI H3"
 138 SUB_ID 31 "Annexin VI M3"
 139 SUB_ID 32 "Annexin IV H3"
 140 SUB_ID 33 "Annexin IV B3"
 141 SUB_ID 34 "Annexin IV P3"
 142 SUB_ID 35 "Annexin V BH3"
 143 SUB_ID 36 "Annexin III H3"
 144 SUB_ID 37 "Annexin III R3"
 145 SUB_ID 38 "Annexin VII 3"
 146
 147
 148
 149
 150
 151
 152
 153
 154
 155
 156
 157
 158
 159
 160
 161
 162
 163
 164
 165
 166
 167
 168
 169
 170
 171
 172
 173
 174
 175
 176
 177
 178
 179
 180
 181
 182
 183
 184
 185
 186
 187
 188
 189
 190
 191
 192
 193
 194
 195
 196
 197
 198
 199
 200
 201
 202
 203
 204
 205
 206
 207
 208
 209