sources/alscript/examples/example4.als

   1 # Illustration of ALSCRIPT Command File
   2 #
   3 # Illustrates some of the MASK commands
   4 #
   5 # example 1                    # Comment lines begin with the # symbol
   6 #
   7 #
   8 # (A) Input and output files:
   9 #
  10 BLOCK_FILE    example1.blc             # Define the block file to format
  11 OUTPUT_FILE   example4.ps               # Where to put the result
  12 #
  13 MAX_SIDE     11                         # Fiddle with margins...
  14 Y_OFFSET     50                         # This is just to fill the page with the
  15 X_OFFSET     80                         # Alignment.  Defaults normally work OK
  16 #
  17 # (B) Page Layout and overall spacing:
  18 #
  19 ADD_SEQ  38  1                          # Make space after sequence 38
  20 ADD_SEQ  39  3                          # Make space after sequence 39
  21 ADD_SEQ  69  1
  22 PORTRAIT                                # Portrait paper orientation
  23 POINTSIZE   10                          # 10 point default pointsize
  24 #NUMBER_SEQS  1                          # Set to 1 for numbers at left of plot
  25 IDENT_WIDTH 8
  26 #
  27 # (C) Font definitions:
  28 #
  29 DEFINE_FONT 0 Helvetica      DEFAULT    # Set font 0 to be Helvetica at default pointsize
  30 DEFINE_FONT 1 Helvetica REL  0.75       # Set font 1 to be 0.75 times default Helvetica
  31 DEFINE_FONT 3 Helvetica-Bold DEFAULT
  32 DEFINE_FONT 4 Times-Bold     DEFAULT
  33 DEFINE_FONT 5 Helvetica-BoldOblique  DEFAULT
  34 DEFINE_FONT 6 Times-Roman DEFAULT
  35 SETUP                                   # Tell the program to get on with the formatting
  36 #
  37 # some formatting commands
  38 #
  39 SURROUND_CHARS LIV   ALL                # Surround all L and Y characters
  40 FONT_CHARS     IV    ALL  5             # Use font 5 for all I and V characters
  41 FONT_CHARS     ASN   ALL  1             # Show A and S and N characters in small caps
  42 FONT_CHARS     KR    ALL  4             # Show K and R in Times-Bold
  43 BOX_REGION     14  1  16 38             # Rectangular box of residues 14-16
  44 SHADE_CHARS     +    ALL   0.0          # Shade all + characters black
  45 SURROUND_CHARS 56+789  1 40 27 40       # Box numbers and + on line 40
  46 LINE      TOP     2     40     8        # Draw horizontal lines to
  47 LINE   BOTTOM     2     40     8        # Join up surrounded numbers
  48 TEXT   2      42  "Helix Pattern"
  49 TEXT   12     42  "Glycine Loop"        # Add text annotations
  50 TEXT   21     42  "Helix Pattern"
  51 SUB_ID        49  "Helix Predictions"
  52 SUB_ID        58  "Sheet Predictions"   # Change the identifiers for prediction histograms
  53 SUB_ID        68  "Turn Predictions"
  54 #INVERSE_CHARS DE ALL
  55 #SHADE_CHARS D ALL 0.5
  56 #SHADE_CHARS E ALL 0.0
  57 #
  58 # (D) Some formatting commands: to illustrate the use of MASK
  59 #
  60 mask SETUP                     #setup the mask
  61 sub_chars 1 1 27 38 SPACE .    #substitute spaces for dots
  62 mask ILLEGAL "."               #. is not to be used in frequency calculation
  63 mask FRE 1 1 27 38             # do the frequency calculation
  64 mask BOX 1 1 27 38             # use the resulting mask to create boxing lines
  65 mask SHADE 1 1 27 38 0.2       # shade
  66 mask INVERSE 1 1 27 38         # inverse - could also alter the font
  67 sub_chars 1 1 27 38 . SPACE    # switch the dots back to spaces
  68 #
  69 # (E) Now make the prediction histograms nicer.
  70 #
  71 SURROUND_CHARS  H     1     44     27     53
  72 SHADE_CHARS     H     1     44     27     53     0.5    # Shade the Helix predictions 0.5 grey
  73 SUB_CHARS       1    44     27     53   H SPACE         # Substitute " " for "H"
  74 #
  75 SURROUND_CHARS  E     1     54     27     63            # Surround the Beta Predictions
  76 SHADE_CHARS     E     1     54     27     63     0.7    # Shade the Beta Predictions
  77 SUB_CHARS       1    54     27     63   E SPACE         # Substitute the E for space in the beta predictions
  78 #
  79 SURROUND_CHARS  T     1     64     27     73            # Surround the Turn Predictions
  80 SHADE_CHARS     T     1     64     27     73     0.9    # Shade the Turn Predictions
  81 SUB_CHARS       1    64     27     73   T SPACE         # Substitute the T for space in the turn predictions
  82 #
  83 SUB_ID        75     "Summary Prediction"               # Annotate and shade the summary prediction
  84 SHADE_CHARS    HY     1     75     27     75     0.5
  85 SHADE_CHARS    T      1     75     27     75     0.9
  86 #
  87 #
  88 # Now change the identifier codes
  89 #
  90 ID_FONT ALL 6
  91 SUB_ID 1 "Annexin I H4"
  92 SUB_ID 2 "Annexin I M4"
  93 SUB_ID 3 "Annexin I R4"
  94 SUB_ID 4 "Annexin V R4"
  95 SUB_ID 5 "Annexin V H4"
  96 SUB_ID 6 "Annexin V C4"
  97 SUB_ID 7 "Annexin II H4"
  98 SUB_ID 8 "Annexin II B4"
  99 SUB_ID 9 "Annexin II M4"
 100 SUB_ID 10 "Annexin IV P4"
 101 SUB_ID 11 "Annexin IV B4"
 102 SUB_ID 12 "Annexin IV H4"
 103 SUB_ID 13 "Annexin VI H4"
 104 SUB_ID 14 "Annexin VI M4"
 105 SUB_ID 15 "Annexin VI H8"
 106 SUB_ID 16 "Annexin VI M8"
 107 SUB_ID 17 "Annexin V  BH4"
 108 SUB_ID 18 "Annexin VII 4"
 109 SUB_ID 19 "Annexin III H4"
 110 SUB_ID 20 "Annexin III R4"
 111 SUB_ID 21 "Annexin II M3"
 112 SUB_ID 22 "Annexin II H3"
 113 SUB_ID 23 "Annexin II B3"
 114 SUB_ID 24 "Annexin I H3"
 115 SUB_ID 25 "Annexin I M3"
 116 SUB_ID 26 "Annexin I R3"
 117 SUB_ID 27 "Annexin V C3"
 118 SUB_ID 28 "Annexin V H3"
 119 SUB_ID 29 "Annexin V R3"
 120 SUB_ID 30 "Annexin VI H3"
 121 SUB_ID 31 "Annexin VI M3"
 122 SUB_ID 32 "Annexin IV H3"
 123 SUB_ID 33 "Annexin IV B3"
 124 SUB_ID 34 "Annexin IV P3"
 125 SUB_ID 35 "Annexin V BH3"
 126 SUB_ID 36 "Annexin III H3"
 127 SUB_ID 37 "Annexin III R3"
 128 SUB_ID 38 "Annexin VII 3"
 129
 130
 131
 132
 133
 134
 135
 136
 137
 138
 139
 140
 141
 142
 143
 144
 145
 146
 147
 148
 149
 150
 151
 152
 153
 154
 155
 156
 157
 158
 159
 160
 161
 162
 163
 164
 165
 166
 167
 168
 169
 170
 171
 172
 173
 174
 175
 176
 177
 178
 179
 180
 181
 182
 183
 184
 185
 186
 187
 188
 189
 190
 191
 192