sources/alscript/examples/ipns.blc

   1
   2 Conversion of CLUSTAL NBRF PIR file to AMPS BLOCKFILE format
   3 clus2blc:  Geoffrey J. Barton (1992)
   4
   5 >P1;3_LYCES 3_LYCES     418 bp    PROT                0 JAN 1900, 418 bases, 1CE32436 checksum.
   6 >P1;U04434 U04434     428 bp    PROT                0 JAN 1900, 428 bases, A5C97FB7 checksum.
   7 >P1;HY6H_HYONI HY6H_HYONI     406 bp    PROT                0 JAN 1900, 406 bases, DF93DD1E checksum.
   8 >P1;S67953 S67953     400 bp    PROT                0 JAN 1900, 400 bases, 1276A781 checksum.
   9 >P1;X73314 X73314     428 bp    PROT                0 JAN 1900, 428 bases, 860E176 checksum.
  10 >P1;CEFE_STRCL CEFE_STRCL     402 bp    PROT                0 JAN 1900, 402 bases, 97CFEE75 checksum.
  11 >P1;EXPA_CEPAC EXPA_CEPAC     422 bp    PROT                0 JAN 1900, 422 bases, AE896850 checksum.
  12 >P1;IPNS_EMENI IPNS_EMENI     403 bp    PROT                0 JAN 1900, 403 bases, 4DADFBBB checksum.
  13 * iteration 1
  14     M
  15     A
  16     L
  17     N
  18    MG
  19    KK
  20    TV
  21  M AA
  22  A QT
  23  P GE
  24  V VS
  25  S SA
  26  I AP
  27  S TS
  28  A LN
  29  V TL
  30  P MN
  31  F EE
  32  LAVE
  33  PTAM
  34  TFRK
  35  AVVG
  36  ASQE
  37  ENAY
  38  GWIR
  39  ESAP
  40  TTSP
  41  NKLF
  42  VSSG
  43  RVKG
  44  ASCS
  45  SEMD
  46  FSDE
  47  VFTS
  48  RIIK
  49  EAPV
  50  EPSP
  51  DLEE
  52  EQYD
  53  RKIF
  54  PRRI
  55  KASW
  56  VEES
  57  PKNE  M
  58  HDEK  G
  59  DVQF  S
  60  RPPE  V
  61  FVAA  S
  62 MSGASDTK
  63 EDNTETSA
  64 NEDTLTKN
  65 FVVLLVVV
  66 PPPHPPPP
  67 IVIGVTVK
  68 IVIVLFFI
  69 NSDVDSRD
  70 LLLLVLLV
  71     P
  72    QT
  73 EEQVIADS
  74 KGQPDEDP
  75 LIHVLLLL
  76 ND IE  F
  77  G DK  G
  78    LF  D
  79    RM  D
  80     S
  81     G
  82     D
  83 GP DK  Q
  84 DR PS  A
  85 ER DYQKA
  86 RRHEVQSK
  87 AAHNEGGM
  88 NELKELKR
  89 TILMAHVV
  90 MRVVTQLA
  91 EGQKRDTQ
  92 MRQLLEEQ
  93 IVIIVFLI
  94 KATADRAD
  95 DAKDEREA
  96 AAAAACAA
  97 CCCSCLVS
  98 EEQKRRTR
  99 NDDEQDTD
 100 WWFWHKKT
 101 GGGGGGGG
 102 FILIILIF
 103 FFFFFFFF
 104 EQQQFYYY
 105 LVVLVLLA
 106 VVIIVTTV
 107 NDNNNDEN
 108 HHHHHCSH
 109 GGGGGGGG
 110 IVFIVLLI
 111 PDPPDTV
 112 HAEDIDD
 113 EAEEETD
 114 VLLAMEDN
 115 MVMIMLHV
 116 DALAGKTQ
 117 TDEDRSSR
 118 VMTLVAAL
 119 EAMQHKRS
 120 KREKDDEQ
 121 MLVVCLTK
 122 TACGMVCT
 123 KRKKNIVK
 124 GDEEEDDE
 125 HFFFFFFF
 126 YFFFFFFH
 127 KAAETEKM
 128 KLLHMHNS
 129 CPPVPGGI
 130 MPAPLSST
 131 EEEQDEEP
 132 QDEEVAEE
 133 RKKEKEEE
 134 FLEKQKKK
 135 KRKERRRW
 136 EFFLAAAD
 137 LDKIKVVL
 138 VMPARTTA
 139 ASKKKSLI
 140 SGGTVPAR
 141 KGEPGVDA
 142   A    Y
 143   A    N
 144   K    K
 145   F    E
 146   E    H
 147   LG   Q
 148   PS PRD
 149   LN TNQ
 150  KEDEMAV
 151  KQISRRR
 152  GKEYRRA
 153 GGAGGGGG
 154 LFKYYFFY
 155 EILGTTSY
 156 AVYTNGAL
 157  SVSSLLS
 158  SELFEEI
 159   G FSWP
 160   E GEEG
 161     RSSK
 162      TTK
 163      AAA
 164     FQVV
 165 VHQQAIVE
 166 QLLKSTTS
 167 AQSENNEF
 168 EGNVLTTC
 169 VEEEPGGY
 170 TAEGWSKL
 171 DVFKKYYN
 172 LQLKESSP
 173 DDYGTDDN
 174 WWWWFYYF
 175 ERKVSSST
 176 SEDDLMTP
 177 TITHRCCD
 178 FVLLCYYH
 179 FTAFVSSP
 180 LYHHAMMR
 181 RFGKAGGI
 182 HSCIQTIQ
 183 LYHWNAGA
 184  PPPSDGK
 185  VLPSNNT
 186 PKDSA  P
 187 TAQAA  T
 188 SRDVH  H
 189 NDLND  E
 190 IYVYY  V
 191 SSNRV  N
 192 QRSYLLLV
 193 VWWWDFFW
 194 PPPPTPPP
 195 DDEKLSND
 196 LKKNGGRE
 197 DPPPPDGT
 198     S  K
 199     F  H
 200 EAAPS  P
 201 EAKSH  G
 202 YWYYHFFF
 203 RRRRGEEQ
 204 EAEEKRDD
 205 VVVAAIVF
 206 MVVNYWWA
 207 REAEQTQE
 208 DRKEEQDQ
 209 FYYYCYYY
 210 ASSGGFFY
 211 KEVKIDDW
 212 RQERARRD
 213 LLVMLQMV
 214 EMRRNYYF
 215 KAKEETGG
 216 LLLVLAAL
 217 AATVGSAS
 218 ECMDTRKS
 219 ERRRKADA
 220 LLMIIVVL
 221 LLLFVAAL
 222 DGDKERRK
 223 LVYSLEAG
 224 LLILLVVY
 225 CSCSGLLA
 226 EEELLRNL
 227 NAGGSASA
 228 LMLLLTVL
 229 GGGGGGGG
 230 LLLLITAK
 231 EDKESEPE
 232 KTLGRPLE
 233 GEGHEDAN
 234 YAYEY  F
 235 LLFMF  F
 236 KADIKGGA
 237 NRNENGER
 238 AAEAFVDH
 239 FCLA   F
 240 YVSG   K
 241 GD    IP
 242      EDD
 243      ADD
 244 S  GFFFT
 245 K  DELVL
 246 G  EDDEA
 247 PMQINCCS
 248 NDIVDEDV
 249 FQQYSPPV
 250 GKMLILLL
 251 TVMLLLLI
 252 KVLKRRRR
 253 VVTILFLY
 254 SNNNNRRP
 255 NFYYYYYY
 256 YYYYYFFL
 257 PPPPPPPD
 258 PRPPTQEP
 259 CCCCCVVY
 260 PPPPDPPP
 261 KQDRKEEE
 262 PPPPPHDA
 263 DDSDERRA
 264 LLSLVSVI
 265      AAK
 266        T
 267        A
 268        A
 269      EED
 270      EEG
 271      QET
 272 ITTAVPPK
 273 KLLLLLLL
 274 GGGGGRRS
 275 LLSVTMMF
 276 RKGVGAGE
 277 ARGAPPPW
 278 HHHHHHHH
 279 TTYTTYYE
 280 DDDDDDDD
 281 APGMPLLV
 282 GGNSTSSS
 283 GTLYSMTL
 284 IIIIVVII
 285 ITTTTTTT
 286 LLLIILLV
 287 LLLLLIVL
 288 FLQVHQHY
 289 QQQPQQQQ
 290 DDDNDTTS
 291 DL EPPAN
 292 K    CCV
 293 VVLVVAAQ
 294 SGPQSNNN
 295 GGGGGGG
 296      FF
 297      VV
 298      SS
 299 LLLLLLLL
 300 QQQQQQQQ
 301 LAQVVACV
 302 LTLFCEEE
 303 KRIKSVVT
 304 DDVDNGDA
 305 EGKGDGGA
 306  GD
 307  RA
 308 QTTHQAEG
 309 WWWWWFFY
 310 IIIYYTVQ
 311 DTADSDDD
 312 VVVVILLI
 313 PQQKPPPE
 314 PPPYPYTA
 315 MVIINRLD
 316 REPPPPPD
 317 HGTNEDGT
 318 SAAAAAAG
 319 IFFLFVMY
 320 VVVIVLVL
 321 VVVVIVVI
 322 NNNHNFFN
 323 LLLIICCC
 324 GGGGGGGG
 325 DDLDDAAS
 326 QHTQTIVY
 327 LGLVFAGM
 328 EHKETTTA
 329 VLVISLLH
 330 ILILLVAL
 331 TSTSTTTT
 332 NNNNNGGN
 333 GGEGGGGN
 334 KRKKIQKY
 335 YFFYYVVY
 336 KKEKKKKK
 337 SNGSGAAA
 338 VASVCPPP
 339 LDIYIRKI
 340 HHHHHHHH
 341 RQRRRHRR
 342 VAVTAVVV
 343 IVVTVAKK
 344 AVTVVAS
 345      PP
 346      RG
 347      RR
 348      DD
 349 QNDNNQQ
 350 TSPKSIRW
 351 DETDMAVV
 352 GCRKNGGN
 353 TSDTASSA
 354      SSE
 355 RRRRRRRR
 356 MLVMKTTQ
 357 SSSSSSSS
 358 LIIWLSSL
 359 AAAPAVVP
 360 STTVFFFF
 361 FFLFFFFF
 362 YQILLLLV
 363 NNGECRRN
 364 PPPPPPPL
 365 GADPSNKG
 366 SPYSHAPY
 367 DDSEDDDD
 368 AACHKFFS
 369 VTTEVTSV
 370 IVIVVFFI
 371 YYEGRSND
 372 PPPPAVVP
 373 ALAIPPQF
 374 KAKPELQD
 375 T EKEASP
 376 LVLLLRRR
 377 VRLLVEEE
 378 EDNSECWP
 379 KGQEKGGN
 380 EEDASFFG
 381 AANNPDNK
 382 EPPPPVVS
 383 EIP  SR
 384  LL  LI
 385 SDY
 386 THK
 387 QPPPR
 388 VIYKKDPD
 389 YTSFYGSR
 390 PFYKPEEE
 391 KASTDTRP
 392 FEEKYATL
 393 VMFKKTTS
 394 FYAYWFFY
 395 DRDKPQRG
 396 DRIDMDED
 397 YKYYLWWY
 398 MMLVLILL
 399 KASYEGGQ
 400 LRDCMGGN
 401 YDKKTNNG
 402 AISLQYYL
 403 GEDNKVVV
 404 LLYKRNNS
 405 KADLYIML
 406 FRSPRRRI
 407 QLGQPRRN
 408 AKV DTDK
 409 KKK CSKN
 410 EQP NKPG
 411 PAY TAAQ
 412 RKK L AT
 413 FAI E A
 414 EDN A E
 415 AKV F A
 416 MK  K A
 417 KQ  T V
 418 AQ  W P
 419 MQ  V A
 420 EQ  Q A
 421 SS  E A
 422 DA  G P
 423 PN  K V
 424 IK  A S
 425 AE  L T
 426 SF  D A
 427 AA  T A
 428  D  G P
 429  S  S I
 430  K  T A
 431  P  I T
 432  L  T
 433  D  A
 434  A  P
 435  I  S
 436  F  A
 437  A
 438 *