sources/alscript/src/alsnum.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include "gjutil.h"
   4 #include "array.h"
   5
   6 int Agetbloc(FILE *,struct seqdat *,int *);
   7
   8 int MAXtlen = 500;
   9 int MAXnbloc = 500;
  10 int MAXilen = 50;
  11 int precis = 100;
  12 int MAXslen = 8000;
  13 int MAXnseq;
  14
  15 /* alsnum:  Aim - produce TEXT commands for ALSCRIPT that will generate numbers
  16    corresponding to a given sequence in the blockfile.
  17
  18    Usage:
  19
  20    alsnum  <seqnum> <startnum> <interval> <position> < blockfile > output
  21
  22    Where:
  23
  24    seqnum:    The number of the sequence in the blockfile.
  25
  26    startnum:  The number to use for the first residue in the sequence (e.g. 1).
  27
  28    interval:  The numbering interval (e.g. 10).
  29
  30    position:  Where to place the text in the alscript output (ie the Y coordinate).
  31
  32
  33    ALL ARGUMENTS ARE REQUIRED
  34
  35
  36    G. J. Barton (25 May 1993).
  37
  38    $Id: alsnum.c,v 1.2 1998/09/17 16:54:59 geoff Exp $
  39    $Log: alsnum.c,v $
  40    Revision 1.2  1998/09/17 16:54:59  geoff
  41    Check consistency with archive
  42
  43
  44 */
  45
  46 main(int argc,char *argv[])
  47
  48 {
  49
  50   extern FILE *std_in,*std_out,*std_err;
  51   extern int MAXtlen,MAXnbloc;
  52   extern int MAXilen,precis,MAXslen;
  53
  54   int seqnum,startnum,interval,position;
  55   int nseq;
  56   int *nums;
  57   int nval;
  58   int i;
  59
  60   struct seqdat *bloc;
  61
  62   GJinitfile();
  63
  64   if(argc != 5){
  65     fprintf(std_err,
  66     "Usage:    alsnum  <seqnum> <startnum> <interval> <position> < blockfile > output\n");
  67     exit(0);
  68   }
  69
  70   seqnum = atoi(argv[1]);
  71   startnum = atoi(argv[2]);
  72   interval = atoi(argv[3]);
  73   position = atoi(argv[4]);
  74
  75   nseq = 0;
  76   bloc = (struct seqdat *) malloc(sizeof(struct seqdat) * MAXnbloc);
  77   mcheck((char *) bloc,"Cannot get space for bloc");
  78   if(!Agetbloc(std_in,bloc,&nseq))error("Cannot read bloc file",1);
  79
  80   /* have read block file */
  81
  82   nums = (int *) GJmalloc(sizeof(int) * bloc[seqnum].slen);
  83
  84   nval = startnum;
  85
  86   /* get the array of numbers - use blank . or - as non-amino acid character */
  87   for(i=1;i<bloc[seqnum].slen-1;++i){
  88     if(bloc[seqnum].seq[i] == ' ' ||
  89        bloc[seqnum].seq[i] == '.' ||
  90        bloc[seqnum].seq[i] == '-' ){
  91       nums[i] = 0;
  92     }else{
  93       nums[i] = nval;
  94       ++nval;
  95     }
  96   }
  97
  98
  99   /* now go down the array and output TEXT commands at interval intervals */
 100
 101   fprintf(std_out,"# Text commands created for numbering\n");
 102   fprintf(std_out,"# Sequence Number: %d\n",seqnum);
 103   fprintf(std_out,"# Starting Number: %d\n",startnum);
 104   fprintf(std_out,"# Interval:        %d\n",interval);
 105   fprintf(std_out,"# Position:        %d\n",position);
 106
 107   for(i=1;i<bloc[seqnum].slen-1;++i){
 108     if(nums[i] != 0 && (float) (nums[i]/interval) == (float)nums[i]/(float)interval){
 109       fprintf(std_out,"TEXT %d %d \"%d\"\n",i,position,nums[i]);
 110     }
 111   }
 112
 113   exit(0);
 114 }
 115
 116
 117
 118
 119
 120
 121
 122
 123
 124