sources/jnet/cmdline/cmdline.ggo

   1 package "Jnet"
   2 # The version numbering scheme will be <major code revisions>.<updated training data>.<updated database/bug fixes>
   3 version "2.2"
   4 purpose "A consensus neural network protein secondary structure prediction method\n- Trained with SCOP 1.75 data and UniRef90 release 15.4"
   5
   6 # These are the data input parameters - only hmmer is required
   7 option   "hmmer"        H  "HMMER profile"    string  typestr="filename"  required
   8 option   "pssm"         p  "PSIBLAST PSSM"    string  typestr="filename"  optional
   9
  10 # Additional option for redirecting some output info into stderr
  11 option "test" T  "Flag for test style output" flag off
  12
  13 # Program output, mutually exclusive
  14 defgroup    "output"       groupdesc="Output options"
  15 groupoption "concise"   -  "concise output (default)"   group="output"
  16 groupoption "human"     -  "human readable output. Optionally, can take a width argument [default: 60]"   int   group="output" argoptional