sources/multicoil/hmm.h

   1 #ifndef __hmm_h__
   2 #define __hmm_h__
   3
   4 typedef int (*fint)();
   5 /******************************************************************************
   6   Data structure for hidden Markov model.  Entries are the number of states,
   7   the initial probabilities, the transition probabilities, and a function
   8   which computes the normalized probabilities of the output symbols.  The
   9   transition probabilities are listed for each nonzero transition.  Included
  10   are the number of such transitions, the from state, the to state, and the
  11   probability.
  12   A prototype of normalized probabilities function is normprob() below.
  13   This function is also passed a pointer to some data which it might use.
  14 ******************************************************************************/
  15
  16 /******************************************************************************
  17   Given a sequence, for each residue for each state fill in the normalized
  18   probability that that state outputs that residue given its surroundings.
  19   nprobs[nstates*i+q] contains the data for position i in state q.
  20 ******************************************************************************/
  21 /*normprob (double *nprobs, char *seq, int length, void *data);*/
  22
  23 typedef struct {
  24   int nstates;
  25   double *initprob, *finprob;
  26   int *transf, *transt, ntrans;
  27   double *transprob;
  28   fint outprobs;
  29 /*  void *data; */
  30 } HMM;
  31
  32 /* Score sequence using the hidden Markov model */
  33 void HMMScore (char *seq, int length, HMM *hmm,
  34                 double scores[MAXSEQLEN][POSNUM+1], int table,
  35                int offset_to_use);
  36 /* Create the CC HMM given the files to the frquency tables */
  37 HMM *CCHMM (/*FILE *fgin, FILE *fpin*/);
  38
  39 #endif
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