sources/multicoil/initialization.c

   1 #include "sc.h"
   2 #include <stdio.h>
   3 #include "sc2seq.h"   /* This also includes scconst.h, sc.h, interface.h */
   4 #include "options.h"
   5 #include "scconst.h"
   6 #include "switches.h"
   7
   8 extern int WINDOW;
   9 extern double SCALE0;
  10
  11
  12 void initialize( int *num_dist0, int window_length[MAX_TABLE_NUMBER],  double scale0s[MAX_TABLE_NUMBER], double scale0p[MAX_TABLE_NUMBER], FILE *fpin0, char likelihoods[MAX_TABLE_NUMBER][MAXLINE], char *pir_name0, char *print,   char gauss_param[2][MAXLINE], int *mode,double init_class_prob[MAX_CLASS_NUMBER])
  13 {
  14
  15   int i;
  16
  17   *mode |= PROLINE_FREE_MODE;  /* Default mode is Proline Free. */
  18   *mode |= PAIRCOIL_PAIRS;     /*  Always default to pairs for PairCoil */
  19
  20   *mode |= USE_LIKE_LINE;
  21   *mode |= WEB_OUT_MODE;       /* Make the out file by default be the  */
  22                                /* list of the seq and registers and probs */
  23                                /* instead of the raw list of tuples of    */
  24                                /* scores needed for plotting and making   */
  25                                /* gaussians.                              */
  26
  27   *num_dist0=0;
  28   for (i=0; i< MAX_TABLE_NUMBER; i++) {
  29     window_length[i]=WINDOW;
  30     scale0s[i] = SCALE0;   /** Set to default **/
  31     scale0p[i] = SCALE0;
  32     likelihoods[i][0]=',';  /** A hack to check if get it in get_defaults */
  33   }
  34   fpin0=NULL;
  35   *pir_name0=',';        /** A hack to check if get it in get_defaults */
  36
  37   strcpy(print,"/dev/null");
  38
  39   gauss_param[0][0]= ',';   /* Used as flag in multivariate_like.c. */
  40   gauss_param[1][0]= ',';
  41
  42   init_class_prob[0] = .015;   /* Dimer probability*/
  43   init_class_prob[1] = .009;   /* Trimer probablity*/
  44   init_class_prob[2] = .976;   /*  Non-coiled prob. */
  45 }
  46
  47
  48 void read_command_line(int argc, char *argv[], char **command_line_pointer,
  49                              int combine_dist[MAX_TABLE_NUMBER],
  50                              int *mode,
  51                              int num_dist[MAX_TABLE_NUMBER],
  52                              char multi_lib[MAX_TABLE_NUMBER][MAXFUNCTNUM],
  53                              char **command_line_config)
  54 {
  55   int number=0;
  56   int max_libnum;
  57
  58   if (argc>2)
  59     if (!strcmp(argv[argc-2],CONFIG_SWITCH)) {
  60       *command_line_config = argv[argc-1];
  61       printf("got command config %s\n", argv[argc-1]);
  62       argc = argc-2;
  63     }
  64
  65   if ((argc >= 3) && (argc <=5)) {
  66                   /* Ignore pos options and removal options in config file */
  67     *command_line_pointer = argv[2];
  68           /** This could point to the table to remove from. **/
  69     if (argc >= 4) {
  70       combine_dist[0]=1;
  71       combine_dist[1]=1;
  72       *mode |= LIB_AT_COMMAND_LINE;
  73
  74       num_dist[0]=strlen(argv[3]);
  75       max_libnum = num_dist[0];
  76
  77       if (argc ==5) {
  78         num_dist[1]=strlen(argv[4]);
  79         if (num_dist[1] > max_libnum) max_libnum = num_dist[1];
  80       }
  81       else num_dist[1]=num_dist[0];
  82        while (number < max_libnum) {
  83         if (num_dist[0] > number) {
  84           multi_lib[0][number]= argv[3][number] - '0';
  85         }
  86         if (argc == 4) multi_lib[1][number] =multi_lib[0][number];
  87         else if (num_dist[1] > number)
  88           multi_lib[1][number]= argv[4][number]- '0';
  89         number++;
  90       }
  91
  92     }
  93   }
  94   else if (argc != 2){
  95     /*    fprintf(stderr,"Usage: xcoil <file-name>\n"); */
  96     usage(argv[0]);
  97     exit(-1);
  98   }
  99 }
 100
 101
 102
 103 int old_num_dim(int number_multi_lib, int number_of_distances) {
 104
 105   if ( (number_multi_lib > 1) || (number_of_distances == 1))
 106     return(7);
 107   else return(1);
 108 }
 109
 110
 111
 112
 113