sources/multicoil/initialization_cuts.c

   1 void compute_multivariate_num_differ_dim(int *number_differ_score_dim,
   2             int number_differ_lib,
   3             int differ_functnum, int *old_num_dim_differ,
   4             int which_differentiator)
   5 {
   6
   7
   8
   9     *number_differ_score_dim= number_differ_lib;
  10
  11     if (( *number_differ_score_dim > 1) || (differ_functnum==1))
  12       *old_num_dim_differ= 7;
  13     else    /** Used heuristic method to combine distance scores.  **/
  14       *old_num_dim_differ= 1;
  15
  16     if (which_differentiator == 2) {
  17       (*number_differ_score_dim) *= 2;
  18       (*old_num_dim_differ) *=2;
  19     }
  20            /** Each dimension gets a pair of scores... the max and min. **/
  21 }
  22
  23
  24
  25
  26 from initialize()
  27   differ_gauss_param[0] = ',';
  28
  29
  30 /*****************Round 2 of cuts. ****/
  31 void initialize(int *number_classes, int *number_multi_lib0, int window_length[MAX_TABLE_NUMBER],  double scale0s[MAX_TABLE_NUMBER], double scale0p[MAX_TABLE_NUMBER], FILE *fpin0, char *likelihoods00, char *pir_name0, char *print,   char gauss_param[2][MAXLINE], int *mode,double prior_freq_single[MAX_TABLE_NUMBER], double prior_freq_pair[MAX_TABLE_NUMBER],   int structural_pos[POSNUM+1])
  32
  33 changed to
  34
  35 void initialize( int *number_multi_lib0, int window_length[MAX_TABLE_NUMBER],  double scale0s[MAX_TABLE_NUMBER], double scale0p[MAX_TABLE_NUMBER], FILE *fpin0, char *likelihoods00, char *pir_name0, char *print,   char gauss_param[2][MAXLINE], int *mode)
  36
  37
  38 CUT
  39   *number_classes=0;
  40     prior_freq_single[i]=0;
  41     prior_freq_pair[i]=0;
  42   for (i=0; i< POSNUM; i++)
  43     structural_pos[i] = i;
  44   structural_pos[POSNUM] = -1;
  45
  46
  47 cut
  48 /*** If number_multi_lib > 1 or there is only 1 functnum (singleton dist) **/
  49 /*** then each distance is a dimension.  Otherwise, the distances are     **/
  50 /*** combined heuristically in 1 library, so there is only one scoring dim **/
  51
  52
  53 void compute_multivariate_num_dim(int mode, int *number_score_dim,
  54             int number_multi_lib[MAX_TABLE_NUMBER],
  55             int multi_functnum[MAX_TABLE_NUMBER], int number_tables,
  56             int new_num_dim_table[2], int old_num_dim_table[2])
  57 {
  58   int the_table;
  59
  60   if (mode & MULTI_TRIMER_PAIRS) {
  61     *number_score_dim=0;
  62     for (the_table=0; the_table< number_tables; the_table++)
  63       (*number_score_dim) += number_multi_lib[the_table];
  64
  65     new_num_dim_table[0] = number_multi_lib[0];
  66     new_num_dim_table[1] = number_multi_lib[1];
  67     if ((number_multi_lib[0] > 1) || (multi_functnum[0]==1))
  68       old_num_dim_table[0]= 7;
  69     else
  70       old_num_dim_table[0]= 1;
  71
  72     if ((number_multi_lib[1] > 1) || (multi_functnum[1]==1))
  73       old_num_dim_table[1]=7;
  74     else
  75       old_num_dim_table[1]=1;
  76   }
  77   else {       /** Only 1 score dimension for trimers, ignore lib */
  78     (*number_score_dim) = number_multi_lib[0] + 1;  /* 1 for trimer singles */
  79
  80     new_num_dim_table[0] = number_multi_lib[0];
  81     new_num_dim_table[1] = 1;
  82     old_num_dim_table[1]=1;
  83     if ((number_multi_lib[0] > 1) || (multi_functnum[0]==1))
  84       old_num_dim_table[0]= 7;
  85     else
  86       old_num_dim_table[0]= 1;
  87   }
  88 }
  89
  90
  91 Added
  92
  93 int old_num_dim(int number_multi_lib, int number_of_distances) {
  94
  95   if ( (number_multi_lib > 1) || (number_of_distances == 1))
  96     return(7);
  97   else return(1);
  98 }
  99
 100
 101
 102 in initialize()
 103 added
 104   init_class_prob[0] = .015;   /* Dimer probability*/
 105   init_class_prob[1] = .009;   /* Trimer probablity*/
 106   init_class_prob[2] = .976;   /*  Non-coiled prob. *