sources/multicoil/interface.h

   1 #define NUMBER_METHODS 7
   2 #define NUMBER_PREPROCESSORS 5
   3 #define MAX_ALGOR_NUMBER 32
   4 #define USABLE_ALGOR_NUMBER 32   /* MAX_TABLE_NUMBER*8  where 8 is from      */
   5                                  /* 4 methods with 2 possible "offset types" */
   6 /*#define USABLE_ALGOR_NUMBER 8 */  /* 4 methods with 2 possible "offset types" */
   7
   8
   9 #define LENGTH_OF_COIL 0   /** For the dimer-trimer likelihood algorithm. */
  10 #define ONCE_PER_COIL 1
  11
  12     /*  Currently: DimerTrimerSingle, DimerTrimerPair,
  13                    TableDiffSingle where score coil once
  14                    TableDiffSingle where score coil length coil times
  15                    TableDiffPair where score coil once
  16                    TableDiffPair where score coil lenth coil times for like. */
  17
  18 /** Think of Single=0, Once=0, Length=1, Pair=2 and just add up.... **/
  19 /*
  20 enum {TableDiffSingleOnce, TableDiffSingleLength,
  21         TableDiffPairOnce, TableDiffPairLength,
  22         DTSingleLike, DTPairLike};
  23 */
  24
  25 enum {TDRes, TDCoil};     /*  For computing which number likelihood line to
  26                                  use in TableDiff method. */
  27                           /* The algorithm line number is 2*TD? + pairs. */
  28
  29 enum {MultiCoil, PairCoil, NEWCOILS, HMMCoil, ActualCoil,
  30         /** TableDiffRes, TableDiffCoil, **/
  31         PairCoilDiff, PairCoilDiffAvg, STOCK_PAIR};
  32
  33 /*  Can use pairs or singles for first 3.  Singles for PairCoil is NEWCOIL. */
  34 enum {Raw, Percent};
  35
  36 extern char *methodname[];
  37 extern int main_method;
  38
  39 /******The following are declared in sc2seq_interface.c ****/
  40 extern double many_pprobs[MAX_TABLE_NUMBER][NUM_RES_TYPE][POSNUM],
  41         many_pprobp[MAX_TABLE_NUMBER][NUM_RES_TYPE][NUM_RES_TYPE][POSNUM][POSNUM];
  42 extern double many_weights[MAX_TABLE_NUMBER][AANUM][POSNUM],
  43              many_weightp[MAX_TABLE_NUMBER][AANUM][AANUM][POSNUM][POSNUM];
  44
  45
  46 extern double (*pprobs)[POSNUM];
  47 extern double (*pprobp)[NUM_RES_TYPE][POSNUM][POSNUM];
  48 extern double (*weights)[POSNUM];
  49 extern double (*weightp)[AANUM][POSNUM][POSNUM];
  50 /*********************************************************/
  51
  52 void output_seq(char lib[MAXFUNCTNUM],
  53                 char multi_lib[MAX_TABLE_NUMBER][MAXFUNCTNUM],
  54                 double *m,double *b,
  55                 double *m_single, double *b_single,
  56                 int mode,
  57                 double log_bound,FILE *flog,
  58                 FILE *fout_coils,
  59                 FILE *fout,
  60                 int avg_max,
  61                 int main_method, int main_preprocessor_method,
  62                 int main_table);
  63
  64
  65
  66
  67
  68
  69
  70