sources/multicoil/likelihood.h

   1 void usage();
   2
   3
   4
   5 #define PERCENT_COILED .02    /** DEFAULT VALUE ASSUMES 5% of residues are */
   6                               /** in coiled coils.  */
   7
   8 #define ALGORITHM_SWITCH "-a"  /** with parameter "method" which says which
   9                          method to use to compute the likelihood **/
  10 #define MEAN_SWITCH "-m"     /** Consider the histogram boxes to be centered
  11                              at the mean of the scores in that box.        **/
  12 #define PERCENT_COIL_SWITCH "-p" /** Given -p %, find the mean by finding  **/
  13                                  /** the score such that                   **/
  14                                  /** n_halfgauss/n[histogram] = %          **/
  15 #define SCATTER_SWITCH "-s"  /** Type "-s scatter_outfile.ps score.log"    **/
  16                              /** where score.log is output from scboth -v  **/
  17 #define NO_HEADER_SWITCH "-no_head"
  18                              /** In ps file just output list of points **/
  19                              /** but no postscript header, trailer.        **/
  20
  21 #define RATIO_BOX_SWITCH "BoxRatio"
  22 #define RATIO_TRAP_SWITCH "TrapRatio"
  23 #define STOCK_SWITCH "stock"
  24 #define RATIO_BOXES_GT_SWITCH "BoxesGTRatio"
  25 #define FRACTION_POS_SWITCH "FracPos"
  26 #define LEAST_SQ_PARAM_SWITCH "-lsq"
  27
  28 #define RATIO_BOX_METHOD 1
  29 #define RATIO_TRAP_METHOD 2
  30 #define STOCK_METHOD 4
  31 #define RATIO_BOXES_GT_METHOD 8
  32 #define FRACTION_POS_METHOD 16
  33 #define MEAN_MODE 32
  34 #define PERCENT_COIL_MODE 64
  35 #define SCATTER_MODE 128
  36 #define NO_HEADER_MODE 256
  37
  38 #define DEFAULT_SWITCH RATIO_TRAP_SWITCH
  39 #define DEFAULT_METHOD RATIO_TRAP_METHOD
  40
  41 #define DEFAULT_LOW .2
  42 #define DEFAULT_HIGH .8
  43 #define DEFAULT_ERROR .03
  44
  45 #define MINSCORE -2000
  46
  47
  48