sources/multicoil/multicoil_config

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   2 #  NOTE:  Output options can be "turned off" by placing a "#" symbol in front #
   3 #         of the line declaring the location of the output file.              #
   4 #  Output locations are by default a directory.  However, you can ouptut to   #
   5 #         a file name by entering the name in this config file, i.e.:         #
   6 #       change       log dir = <DIRECTORY NAME>                               #
   7 #       to           log = <FILE NAME>                                        #
   8 #  Important:  DIRECTORY NAMES should end with the character "/".             #
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  13 #       The scoring methods include:  MultiCoil, PairCoil, NEWCOILS, HMMCoil #
  14 #       For more advanced users (me) using pos mode, is also ActualCoil.     #
  15 method = MultiCoil
  16 prn = .5        #The bound controls what is classified as a coiled coils.
  17 no GUI          #Including the "no GUI" option allows for the creation of
  18                 #ouput files without going through the on screen interface.
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  22 #       The window length determines how many residues contribute to each    #
  23 #       score computation.                                                   #
  24 #       If the window lengths are changed, then different conversion files   #
  25 #       will be used from the conversion directory (see below).              #
  26 #       Currently sizes 28 and 21 are allowed.  Size 28 is recommended.      #
  27 window length = 28
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  31 #       These values determine which distances are used as scoring           #
  32 #       dimensions by the programs.  MultiCoil only allows at most 6 scoring #
  33 #       dimensions total for the 2 scoring tables (1=dimer, 2=trimer).       #
  34 multi_lib dim 1 = 3 4 5
  35 multi_lib dim 2 = 2 3 4
  36 #pair_lib = 1 2 4
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  41 #       The printfile is the postscript file for a hard copy of the          #
  42 #       graphical display (obtained by pressing the "print" button.          #
  43 #       The default size of the printed display holds 300-350 residues per   #
  44 #       line, but the user can increase this by entering the number with the #
  45 #       residues per line command.  The "one print line" command can also be #
  46 #       used to fit the entire
  47 #       the display is around 300-350, but that can be changed with the      #
  48 #       "ps res per line" option or the "one print line" option to customize #
  49 #       your hard copy (the output picture will be fit to the page).         #
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  53 #       Sequences scoring above the bound (set above) are output to the log  #
  54 #       file.  The "Show Seq" option causes the sequence and the predicted   #
  55 #       coiled coil registers to be printed out.  Otherwise, only the scores #
  56 #       and locations of the high scoring regions are output.                #
  57 Show Seq
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  60 #       Sequence scores (seq scores) give a single dimeric and trimeric      #
  61 #       to the entire sequence (based on a weighted average or residue       #
  62 #       scores).  If the "Just Scores" option is enabled, then the scores    #
  63 #       will NOT be labelled by the identification tags (seq code and name). #
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  67 #   Only one method for outputting "out" file can be done at a time.        #
  68 #   Using "out" method, gives a file of positions, scores, and registers.   #
  69 #   Using "sparse_out" gives a list of the dimer and trimer probabilities   #
  70 #          scoring above the bound without any labels (useful for plotting).#
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  72 #out dir = ~/MULTICOIL/TEST_RUNS/
  73 #sparse_out dir = ~/MULTICOIL/TEST_RUNS/
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  78 #       Gaussian files are precomputed data files used to convert the        #
  79 #       MultiCoil scores into prediction probabilities.                      #
  80 #       The likelihood files convert the PairCoil Scores into Probabilities. #
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  84 #       Table 1 is the table of data to estimate the residues probabilities  #
  85 #       in DIMERIC coiled coils.  Table 2 is for TRIMERIC coiled coils.      #
  86 table1 = ../cgi-bin/lib/dimer28.txt
  87 table2 =  ../cgi-bin/lib/trimer28.txt
  88 genbnk = ../cgi-bin/lib/genbnk.txt
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  90 gauss_param combo = ../cgi-bin/lib/gauss_parameters_combo28
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  92 log = data.log
  93 out = data.out