sources/multicoil/options.h

   1 /* options.h contains all the compile time decisions as for what form of   *
   2  * the scoring algorithm to use.                                           *
   3  */
   4
   5 #ifndef __options_h__
   6 #define __options_h__ 1
   7
   8 /***/
   9 /* #define DEBUG_PRINTOUT */
  10 /***/
  11 #define SHOW_DISCLAIMER
  12 #define NOT_PROB
  13
  14 /** #define NoGenProline        **/   /** Make genbnk prob of proline 0 **/
  15
  16 #define TEST_VERSION       /** Puts in extra options that aren't available **/
  17                            /** in the program release.                     **/
  18 /**/
  19 #define SMALL_MEMORY
  20 /***/
  21
  22 #define AVG_WEIRD_PROBS
  23 #define BONNIE_END_EFFECTS
  24                              /* Controls how handle windows that go beyond */
  25                              /* the end of the sequence.  **/
  26
  27 /* #define MinDist */   /*  The algorithm for computing residue propensities */
  28 #define AvgDist         /*  in scscore.c is determined by which is #defined. */
  29
  30
  31 #define LOGSCALE        /* If LOGSCALE then STOCK scores are given according */
  32                         /* to their scoring system. Otherwise, use           */
  33                         /* e^STOCK/28.                                       */
  34
  35 #define STOCKSTOCK       /*  Uses the stock programs singles probabilities */
  36                          /*  as computed from their data sets, not ours.   */
  37                          /*  This allows us to compare with the actual runs*/
  38                          /*  of stock's program.                           */
  39 /*#define STOCKOUR*/     /*  Uses the singles probability to be the prob.  */
  40                          /*  of the positives normalized by genbnk.  This  */
  41                          /*  allows us to compare with stock's method on   */
  42                          /*  different positive data sets.                 */
  43
  44
  45
  46 /*** For computing residue propensities in scscore.c.                  */
  47 #ifdef MinDist
  48 #define SCOREIDENTITY HUGE_VAL
  49 #define SCOREACCUMULATE(GSC,SC) if ((GSC) > (SC)) (GSC) = (SC)
  50 #endif
  51 #ifdef AvgDist
  52 #define SCOREIDENTITY 0
  53 #define SCOREACCUMULATE(GSC,SC) (GSC) += (SC)/functnum
  54 #endif
  55
  56 /*  For determining the singles probabilities when scoring STOCK method.  */
  57 #ifdef STOCKOUR
  58 #define RELATIVE(RESIDUE,REGISTER) (pprobs[RESIDUE][REGISTER] -gprobs[RESIDUE])
  59 #endif
  60 #ifdef STOCKSTOCK
  61 #define RELATIVE(RESIDUE,REGISTER) (relative[RESIDUE][REGISTER])
  62 #endif
  63
  64
  65 #endif   /* __options_h__ */
  66