sources/multicoil/scconst.h

   1 /*  Bonnie Berger, David Wilson and Theodore Tonchev 1992  */
   2 /*      C Header File: modified Ethan Wolf 1995      */
   3 /*  scconst.h contains constants used throughout the program and for  */
   4 /*  defining array sizes.                                             */
   5 #include "options.h"   /* Need this since use ifdef COMPUTE_GAUSSIAN_VERSION */
   6
   7 #ifndef __scconst_h__
   8 #define __scconst_h__ 1
   9
  10
  11 #define Pi 3.1415927
  12
  13 /*  HUGE_VAL should be defined in math.h.  This value here is a different */
  14 /*  value. */
  15
  16 /*
  17 #ifndef HUGE_VAL
  18 #define HUGE_VAL 32767
  19 #endif
  20 */
  21
  22 #define DEFOFFSET  3
  23 /*  Default value for functnum = number of pair distances to use.  */
  24 #define DEFAULT_FUNCTNUM    3
  25
  26 /* Table Calc Constants */
  27 #define LOG0VAL    -2800
  28
  29 /* Window sizes in scscore.c  determine how big a window to consider. */
  30
  31 #define STOCKWINDOW    28
  32 #define PAIRWINDOW     30
  33 #define MINWINDOW 28
  34
  35 extern int WINDOW;
  36
  37 /** For giving 0 frequency events a non-zero estimated prob. **/
  38 #define DEFAULT_SCALE0 3
  39
  40 extern double SCALE0;
  41
  42 #define AANUM      20
  43
  44 /* #define AnyRes  AANUM */
  45 #define POSNUM     7
  46 #define MAXLINE    1040
  47 #define MAXSEQLEN  8000
  48 #define MAXFUNCTNUM 7
  49 #define MAXNUMCOILS 120
  50
  51 /* General Constants */
  52
  53 #ifdef SMALL_MEMORY
  54   #define MAX_NUM_SCORE_DIM 6
  55 #else
  56   #define MAX_NUM_SCORE_DIM 14
  57 #endif
  58
  59 #define NUM_DIM_IN_ORIG_MATRIX 14
  60
  61 #define NUMBER_TABLES 2
  62 #define MAX_TABLE_NUMBER 2   /* Same as NUMBER_TABLES. **/
  63 #define MAX_CLASS_NUMBER 3
  64 #define NUMBER_CLASSES 3
  65
  66 /** This stuff is used when trying to choose optimal init_prob of di/trimers */
  67 #define GRID_SIZE_DIMER 30
  68 #define GRID_SIZE_TRIMER 30
  69 #define DIMER_GRID_STEP .0015
  70 #define TRIMER_GRID_STEP .001
  71 #define MIN_DIMER_PROB 0
  72 #define MIN_TRIMER_PROB 0
  73
  74 #define MIN(A,B) ((A)<(B)?(A):(B))
  75 #define MAX(A,B) ((A)>(B)?(A):(B))
  76
  77 /* The residues in the order that the tables use, the order that Stock used. */
  78 enum { Leucine,
  79        Isoleucine,
  80        Valine,
  81        Methionine,
  82        Phenylalanine,
  83        Tyrosine,
  84        Glycine,
  85        Alanine,
  86        Lysine,
  87        Arginine,
  88        Histidine,
  89        GlutamicAcid,
  90        AsparticAcid,
  91        Glutamine,
  92        Asparagine,
  93        Serine,
  94        Threonine,
  95        Cysteine,
  96        Tryptophan,
  97        Proline,
  98        AnyRes,
  99        Glutamix,
 100        Asparagix,
 101        Undefined
 102      };
 103
 104 #define NUM_RES_TYPE Undefined
 105
 106 #endif   /* __scconst_h__ */
 107
 108
 109 /*       End of Code       */
 110
 111