sources/multicoil/scio.h

   1 /*  Bonnie Berger, David Wilson and Theodore Tonchev 1992  */
   2 /*      C Header File       */
   3 /*  If __scio_h__ is NOT yet defined, scio.h defines the function   */
   4 /*  names in scio.c.  These functions are for reading/writing data, */
   5 /*  inputting sequences, and converting between residue names and   */
   6 /*  numbers, and between position letters and numbers.              */
   7
   8
   9 #ifndef __scio_h__
  10 #define __scio_h__ 1
  11
  12 #include "scconst.h"
  13
  14 /* Function Prototypes */
  15 FILE *sopen(char*, char*);
  16 void sclose(FILE *);
  17
  18 void open_file(FILE **, char*, char*);
  19
  20 void writegenfreq(FILE* fl,
  21                   long totals[], long freqs[AANUM],
  22                   long totalp[POSNUM], long freqp[AANUM][AANUM][POSNUM],
  23                   FILE* flog);
  24
  25 void readgenfreq(FILE* fl,
  26                  long totals[], long freqs[AANUM],
  27                  long totalp[POSNUM], long freqp[AANUM*AANUM*POSNUM],
  28                  FILE* flog);
  29
  30 void writeposfreq(FILE* fl,
  31                   long totals[POSNUM], long freqs[AANUM][POSNUM],
  32                   long totalp[POSNUM][POSNUM],
  33                   long freqp[AANUM][AANUM][POSNUM][POSNUM],
  34                   FILE* flog);
  35
  36 void readposfreq(FILE* fl,
  37                  long totals[POSNUM], long freqs[AANUM*POSNUM],
  38                  long totalp[POSNUM*POSNUM],
  39                  long freqp[AANUM*AANUM*POSNUM*POSNUM],
  40                  FILE* flog);
  41
  42 int getseq(FILE* fl, char seq[MAXSEQLEN], int* offset, int* seqlen,
  43            char *title);
  44
  45 #include "sc.h"
  46
  47 int  getseq2 (FILE* fl, Sequence *sequence);
  48
  49
  50 char aanum(char ch);
  51 char aanum2(char ch);
  52 char numaa(char ch);
  53
  54 char posnum(char ch);
  55
  56 char numpos(char ch);
  57
  58 #endif   /* __scio_h__ */
  59
  60 /*       End of Code       */
  61
  62