sources/multicoil/switches.h

   1 /* switches.h defines all the switches that the user can type in at the  */
   2 /* command line to do various options with the program.                  */
   3 /* SC2SEQ and SCSTOCK keep track of what algorithm the program is running.*/
   4
   5 #ifndef __switches_h__
   6 #define __switches_h__ 1
   7
   8
   9 #define SC2SEQ   1
  10 #define SCSTOCK  2
  11
  12
  13
  14 /* Switches Definitions */
  15 #define FUNCTNUM_SWITCH "-f"
  16 #define POS_SWITCH "-pos"
  17 #define VER_SWITCH "-v"
  18 #define PRN_SWITCH "-p"
  19 #define TST_SWITCH0 "-1"
  20 #define TST_SWITCH1 "-2"
  21 #define VIEW_SWITCH "-g"
  22 #define NOT_PROLINE_FREE_SWITCH "-P"
  23 #define DEBUG_SWITCH "-d"  /* Used to print out coils in log file.  */
  24                            /* If the option is written a "-d + <int>"     */
  25                            /* then that means to only print out coils     */
  26                            /* from the .pos file, and to print residues   */
  27                            /* in the range [bound, bound+int] in capitals */
  28                            /* where bound comes from -p option            */
  29 #define PLUS_SWITCH "+" /*  This switch is currently used to indicate that */
  30                         /*  only coils in .pos file should be printed out  */
  31                         /*  by -d.  It could be a multipurpose switch to   */
  32                         /*  augment other modes.                           */
  33 #define MINUS_SWITCH "-"    /* Switch to indicate not to print correct coils */
  34 #define PLUS_MINUS_SWITCH "+-"
  35 #define CONFIG_SWITCH "-config"
  36
  37
  38 #define VER_MODE   1
  39 #define PRN_MODE   2
  40 #define TST_MODE0  4
  41 #define TST_MODE1  512
  42 #define POS_MODE   8
  43 #define VIEW_MODE  16
  44 #define DEBUG_MODE 32
  45 #define PLUS_MODE 64
  46 #define MINUS_MODE 128
  47 #define PROLINE_FREE_MODE 256
  48 #define MAX_WINDOW_BEFORE_COMBINE_MODE 1024
  49 #define ABOVE_BOUND_MODE 2048   /* Only print txt file stuff above bound. */
  50 #define NO_GUI 4096
  51 #define WEIGHTED_PROBS 8192    /*  Uses statistical signif in computing */
  52                                /*  residue prob. from tables.           */
  53 #define RAW_OUT 16384          /*  Outputs raw scores instead of likes for */
  54                                /*  multicoil. **/
  55 #define USE_LIKE_LINE   32768  /* For PairCoil, if use like line or do the */
  56                                /* actual probability formula.              */
  57 #define POS_STYLE_LOG 65536 /* If 0 will use singles in trimer scorer */
  58 #define ONLY_COILED_CLASSES 131072 /* If in this mode then multicoil      */
  59                       /*  like will be like[class]/total_pos[like] (i.e.  */
  60                       /*  for class dimer it will be the prob a coil is   */
  61                       /*  dimer vs.  trimer. */
  62 #define PAIRCOIL_PAIRS 262144     /* Determines if do PairCoil or SingleCoil */
  63                                   /* Should fix to 1 if not in TEST_VERSION */
  64 #define LIB_AT_COMMAND_LINE 524288
  65 #define WEB_OUT_MODE 1048576
  66
  67 #endif   /* __switches_h__ */
  68
  69
  70
  71
  72
  73
  74
  75
  76
  77
  78
  79
  80
  81
  82
  83
  84
  85
  86
  87
  88
  89
  90
  91
  92
  93
  94
  95
  96
  97
  98
  99