sources/ncoils/ncoils.h

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include <math.h>
   4
   5 #define AAs "A_CDEFGHI_KLMN_PQRST_VW_Y_"
   6 #define PI  3.1415
   7
   8 /* Include file for Ncoils */
   9
  10 struct hept_pref {
  11         float **m;              /* 20 x 7 amino acid heptad weights */
  12         float smallest;         /* Smallest of the above */
  13         int n;                  /* statistical fitting data (weighted) */
  14         struct fit_dat *f;
  15 };
  16
  17 struct fit_dat {
  18         int win;                /* Window length */
  19         float m_cc, sd_cc;      /* mean/sd for coiled-coils */
  20         float m_g,  sd_g;       /* mean/sd for globular */
  21         float sc;               /* scaling factor */
  22         int w;                  /* 1= weighted, 0=un-weighted */
  23 };
  24
  25
  26 struct hept_pref *read_matrix(FILE *MAT);
  27 void exit_error();
  28 void pred_coils(char *seq,char *ident,char *title,struct hept_pref *h,int win,int which,
  29    int weighted,int fasta,float min_P, int *t, int *tc, int min_segs);